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- PDB-4zn4: Crystal structure of Sqt1 from Chaetomium thermophilum solved by MR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zn4
タイトルCrystal structure of Sqt1 from Chaetomium thermophilum solved by MR
要素sqt1
キーワードCHAPERONE / ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily ...: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Ahmed, Y.L. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Co-translational capturing of nascent ribosomal proteins by their dedicated chaperones.
著者: Pausch, P. / Singh, U. / Ahmed, Y.L. / Pillet, B. / Murat, G. / Altegoer, F. / Stier, G. / Thoms, M. / Hurt, E. / Sinning, I. / Bange, G. / Kressler, D.
履歴
登録2015年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sqt1
B: sqt1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3475
ポリマ－114,0672
非ポリマー2803
水5,495305
1
A: sqt1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3144
ポリマ－57,0341
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: sqt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0341
ポリマ－57,0341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.566, 94.823, 94.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 sqt1


分子量: 57033.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0010920 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0S0R0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.6M (NH4)2SO4 and 100 mM MES pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.60508 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.60508 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→47.41 Å / Num. obs: 67775 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 33.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 325940
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.94-1.994.10.7271.91851744780.7130.39796.9
9.1-47.415.20.03536.636416980.9980.01698.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation47.41 Å2.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ow8

3ow8


解像度: 1.94→47.411 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 3420 5.05 %
Rwork0.1713 --
obs0.173 67715 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→47.411 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6019 0 17 305 6341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2028430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5532144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054956
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.96770.28451500.29042575X-RAY DIFFRACTION96
1.9677-1.99710.31631500.27542648X-RAY DIFFRACTION98
1.9971-2.02830.30421490.25522667X-RAY DIFFRACTION98
2.0283-2.06160.27771200.23942691X-RAY DIFFRACTION98
2.0616-2.09710.26451170.23382669X-RAY DIFFRACTION98
2.0971-2.13520.28851350.21782583X-RAY DIFFRACTION96
2.1352-2.17630.25491380.21292641X-RAY DIFFRACTION97
2.1763-2.22070.22061320.19322683X-RAY DIFFRACTION98
2.2207-2.2690.23241420.19212659X-RAY DIFFRACTION99
2.269-2.32180.23551330.19042695X-RAY DIFFRACTION99
2.3218-2.37990.22981330.18532692X-RAY DIFFRACTION99
2.3799-2.44420.23391580.18612689X-RAY DIFFRACTION99
2.4442-2.51610.26561460.19432673X-RAY DIFFRACTION99
2.5161-2.59730.23121280.18092732X-RAY DIFFRACTION99
2.5973-2.69010.21861290.19322691X-RAY DIFFRACTION100
2.6901-2.79780.25411640.2012701X-RAY DIFFRACTION99
2.7978-2.92520.24251390.18432693X-RAY DIFFRACTION99
2.9252-3.07940.20731560.18532668X-RAY DIFFRACTION99
3.0794-3.27220.22441670.17872683X-RAY DIFFRACTION99
3.2722-3.52480.1921670.16092678X-RAY DIFFRACTION99
3.5248-3.87940.17291470.15362673X-RAY DIFFRACTION99
3.8794-4.44040.15491290.13172722X-RAY DIFFRACTION99
4.4404-5.5930.15531380.12752746X-RAY DIFFRACTION99
5.593-47.42560.17291530.15642743X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.4545 Å / Origin y: 71.0445 Å / Origin z: 22.705 Å
111213212223313233
T0.2084 Å20.0644 Å20.0022 Å2-0.233 Å20.0346 Å2--0.1718 Å2
L0.3513 °2-0.2976 °2-0.1047 °2-0.6753 °20.1404 °2--0.0606 °2
S0.1012 Å °0.1521 Å °0.0472 Å °-0.0926 Å °-0.0978 Å °-0.0722 Å °-0.0017 Å °-0.0213 Å °-0.0004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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