PDB-4zmt: Crystal structure of human P-cadherin (ss-X-dimer-long)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zmt

タイトル

Crystal structure of human P-cadherin (ss-X-dimer-long)

要素

Cadherin-3

キーワード

CELL ADHESION / dimerization / conformational change

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of tyrosinase activity / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of melanin biosynthetic process / cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / catenin complex / retina homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Kudo, S. / Tsumoto, K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Adhesive Dimerization of Human P-Cadherin Catalyzed by a Chaperone-like Mechanism
著者: Kudo, S. / Caaveiro, J.M. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2015年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zmt.cif.gz	486 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zmt.ent.gz	401.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zmt_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zmt_full_validation.pdf.gz	476.9 KB	表示
XML形式データ	4zmt_validation.xml.gz	41.7 KB	表示
CIF形式データ	4zmt_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zmlC 4zmnSC 4zmoC 4zmpC 4zmqC 4zmvC 4zmwC 4zmxC 4zmyC 4zmzC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zmq-d 3k5s-d 4zmv-d 4zmx-d 4nup-1 5w25-1 2jjz-d 6wih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (13) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cadherin-3

B: Cadherin-3

C: Cadherin-3

D: Cadherin-3

E: Cadherin-3

F: Cadherin-3

ヘテロ分子

153 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Cadherin-3

B: Cadherin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Cadherin-3

D: Cadherin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Cadherin-3

F: Cadherin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.210, 105.830, 90.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	0 - 212	1 - 213
2	1	LEU	LEU	B	B	0 - 212	1 - 213
1	2	ASP	ASP	A	A	0 - 213	1 - 214
2	2	ASP	ASP	C	C	0 - 213	1 - 214
1	3	ASP	ASP	A	A	0 - 213	1 - 214
2	3	ASP	ASP	D	D	0 - 213	1 - 214
1	4	LEU	LEU	A	A	0 - 212	1 - 213
2	4	LEU	LEU	E	E	0 - 212	1 - 213
1	5	VAL	VAL	A	A	0 - 209	1 - 210
2	5	VAL	VAL	F	F	0 - 209	1 - 210
1	6	LEU	LEU	B	B	0 - 212	1 - 213
2	6	LEU	LEU	C	C	0 - 212	1 - 213
1	7	ALA	ALA	B	B	0 - 214	1 - 215
2	7	ALA	ALA	D	D	0 - 214	1 - 215
1	8	ASN	ASN	B	B	0 - 215	1 - 216
2	8	ASN	ASN	E	E	0 - 215	1 - 216
1	9	VAL	VAL	B	B	0 - 209	1 - 210
2	9	VAL	VAL	F	F	0 - 209	1 - 210
1	10	ASP	ASP	C	C	0 - 213	1 - 214
2	10	ASP	ASP	D	D	0 - 213	1 - 214
1	11	LEU	LEU	C	C	0 - 212	1 - 213
2	11	LEU	LEU	E	E	0 - 212	1 - 213
1	12	VAL	VAL	C	C	0 - 209	1 - 210
2	12	VAL	VAL	F	F	0 - 209	1 - 210
1	13	ALA	ALA	D	D	0 - 214	1 - 215
2	13	ALA	ALA	E	E	0 - 214	1 - 215
1	14	VAL	VAL	D	D	0 - 209	1 - 210
2	14	VAL	VAL	F	F	0 - 209	1 - 210
1	15	VAL	VAL	E	E	0 - 209	1 - 210
2	15	VAL	VAL	F	F	0 - 209	1 - 210

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Cadherin-3 / Placental cadherin / P-cadherin 分子量: 25450.221 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 108-338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH3, CDHP / プラスミド: Champion pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22223
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 3,550 200 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→43.31 Å / Num. obs: 43436 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZMN

4zmn

解像度: 2.7→42.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 36.593 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.171 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24941	2190	5 %	RANDOM
R_work	0.22823	-	-	-
obs	0.22933	41234	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.351 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.4 Å²	0 Å²	-1.68 Å²
2-	-	-2.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→42.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9578	0	18	19	9615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	9778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	9077
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.95	13294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.234	3	21044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.966	5	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.264	25.757	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.227	15	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.331	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10972
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.195	2.936	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.196	2.936	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.037	4.402	6197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.037	4.402	6198
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.295	3.087	4805
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.295	3.087	4806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.188	4.565	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.503	22.717	9623
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.503	22.717	9624
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11858	0.09
1	2	B	11858	0.09
2	1	A	11965	0.08
2	2	C	11965	0.08
3	1	A	11727	0.09
3	2	D	11727	0.09
4	1	A	11715	0.1
4	2	E	11715	0.1
5	1	A	9041	0.11
5	2	F	9041	0.11
6	1	B	11870	0.09
6	2	C	11870	0.09
7	1	B	11642	0.1
7	2	D	11642	0.1
8	1	B	11779	0.1
8	2	E	11779	0.1
9	1	B	9014	0.11
9	2	F	9014	0.11
10	1	C	11735	0.09
10	2	D	11735	0.09
11	1	C	11659	0.11
11	2	E	11659	0.11
12	1	C	8999	0.11
12	2	F	8999	0.11
13	1	D	11665	0.1
13	2	E	11665	0.1
14	1	D	8931	0.11
14	2	F	8931	0.11
15	1	E	8905	0.12
15	2	F	8905	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	156	-
R_work	0.384	2998	-
obs	-	-	96.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0156	0.4499	0.1728	3.1327	0.6408	1.1403	0.0316	-0.0163	0.0293	0.0342	-0.0367	0.1258	-0.0064	-0.0057	0.0051	0.0115	-0.0054	0.0275	0.1	0.022	0.0825	14.4268	-3.6677	40.6387
2	1.7773	-1.1781	1.08	2.9021	-1.5772	2.4138	0.0306	0.0855	-0.02	-0.0886	-0.0599	0.0669	0.0185	-0.0334	0.0292	0.046	-0.0336	0.043	0.0872	-0.0772	0.0774	19.0667	-4.0528	22.1372
3	2.9004	0.2816	-1.9476	0.5712	-0.3022	2.0352	-0.0943	0.1816	0.0345	-0.064	-0.0026	0.0244	-0.1139	0.0001	0.0969	0.3106	0.0099	-0.0573	0.1414	-0.028	0.181	33.7093	31.7569	10.8609
4	1.6079	0.5924	0.8077	1.3929	0.7583	1.0494	-0.1136	0.1425	0.2397	-0.0531	0.1199	0.0542	-0.15	0.179	-0.0063	0.3526	0.0117	-0.024	0.3228	0.0817	0.219	28.0029	35.1892	-7.0298
5	0.2149	-0.3379	0.3023	3.2811	-2.0235	1.7729	-0.0147	-0.0045	-0.0142	-0.0293	-0.0071	-0.0213	-0.0076	-0.0791	0.0218	0.1351	-0.0244	-0.0515	0.2021	0.0258	0.2114	-18.7436	23.0868	32.5145
6	1.8591	-0.315	0.0238	3.2671	0.6656	1.4009	0.0929	-0.1727	-0.4127	-0.2054	-0.0271	0.2099	0.0038	-0.1453	-0.0658	0.3021	-0.0735	-0.1364	0.321	0.1437	0.3982	-31.8076	22.5426	21.2938

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 213
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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