PDB-4zmh: Crystal structure of a five-domain GH115 alpha-Glucuronidase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zmh

タイトル

Crystal structure of a five-domain GH115 alpha-Glucuronidase from the Marine Bacterium Saccharophagus degradans 2-40T

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / glycosyl hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate metabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharophagus degradans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Nocek, B. / Cui, H. / Wang, W. / Savchenko, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of a Five-domain GH115 alpha-Glucuronidase from the Marine Bacterium Saccharophagus degradans 2-40T.
著者: Wang, W. / Yan, R. / Nocek, B.P. / Vuong, T.V. / Di Leo, R. / Xu, X. / Cui, H. / Gatenholm, P. / Toriz, G. / Tenkanen, M. / Savchenko, A. / Master, E.R.

履歴

登録	2015年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月18日	Group: Structure summary
改定 1.3	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zmh.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zmh.ent.gz	941.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zmh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zmh_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zmh_full_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示
XML形式データ	4zmh_validation.xml.gz	98.3 KB	表示
CIF形式データ	4zmh_validation.cif.gz	144 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zmh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	9655 1m56-d 1m57-d 2hau-d 5weh-d 0940 4g7n-2 2hav-d 4dur-d 6mdz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

215 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.442, 124.294, 180.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 107154.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-975 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharophagus degradans (バクテリア) 株: 2-40 / ATCC 43961 / DSM 17024 / 遺伝子: Sde_1755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q21JW4

-
非ポリマー , 5種, 2190分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M sodium dihydrogen phosphate, 20%PEG3350, 0.1M citric acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→40 Å / Num. obs: 188525 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1834	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.93→38.148 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1701	9196	5.01 %
R_work	0.1383	-	-
obs	0.1399	183413	93.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→38.148 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14860	0	38	2181	17079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.171	21083
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.153	5630
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2244
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2743

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.9523	0.2412	144	0.2245	2541	X-RAY DIFFRACTION	41
1.9523-1.9753	0.2419	239	0.2179	4793	X-RAY DIFFRACTION	78
1.9753-1.9994	0.2465	320	0.2028	5078	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9994-2.0247	0.2531	283	0.1985	5388	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0247-2.0513	0.2165	295	0.1925	5575	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0513-2.0794	0.2123	326	0.1827	5680	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0794-2.1092	0.21	300	0.1694	5719	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1092-2.1406	0.2047	306	0.1675	5854	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1406-2.1741	0.1932	314	0.157	5893	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1741-2.2097	0.1774	326	0.1561	5952	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2097-2.2478	0.1843	283	0.1518	6027	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2478-2.2887	0.1783	307	0.1447	5989	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2887-2.3327	0.1771	292	0.141	6059	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3327-2.3803	0.1736	343	0.1366	6009	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3803-2.4321	0.1618	324	0.1369	6044	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4321-2.4886	0.1776	331	0.135	6037	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4886-2.5508	0.161	297	0.1333	6062	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5508-2.6198	0.1842	310	0.1349	6090	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6198-2.6969	0.1681	360	0.1367	6054	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6969-2.7839	0.1898	354	0.1356	6066	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7839-2.8834	0.1675	324	0.1341	6089	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8834-2.9988	0.1733	312	0.1362	6092	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9988-3.1352	0.1737	295	0.1327	6139	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1352-3.3004	0.1672	313	0.1298	6148	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3004-3.507	0.1481	327	0.1271	6094	X-RAY DIFFRACTION	98
3.507-3.7776	0.1586	296	0.1249	6184	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7776-4.1573	0.1401	315	0.1111	6147	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1573-4.7579	0.1274	326	0.1029	6151	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7579-5.9907	0.1476	311	0.1193	6150	X-RAY DIFFRACTION	97
5.9907-38.1551	0.1684	323	0.1613	6113	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5564	0.0968	0.0077	0.5471	0.111	0.51	-0.0906	-0.1402	0.3841	0.0693	-0.0522	0.0935	-0.2922	-0.1051	0.0749	0.2596	0.0683	-0.099	0.1818	-0.1173	0.3663	32.5544	115.8392	106.9936
2	1.4333	-0.5851	-0.2325	0.4774	-0.1884	1.2574	-0.0056	0.295	0.2874	-0.2165	-0.1049	-0.1702	-0.1556	0.1988	0.087	0.2635	-0.0389	-0.0306	0.2318	0.1169	0.3163	50.9935	109.7472	77.3618
3	0.4874	0.1109	0.1499	0.5864	0.0966	0.3461	-0.0447	-0.0661	0.1341	0.0446	-0.013	0.0458	-0.035	-0.0321	0.0549	0.097	0.0165	-0.0195	0.129	-0.0278	0.1042	31.2533	85.5982	97.0663
4	0.7336	0.3132	0.1709	1.0249	0.0652	0.5777	0.1192	-0.233	-0.1745	0.2459	-0.0968	-0.0564	0.1939	-0.1256	-0.0274	0.1932	0.0004	0.0146	0.1932	0.0265	0.1029	31.6534	57.2185	107.0397
5	0.8726	-0.1975	0.3409	1.3706	-0.4002	0.7691	-0.0062	-0.0652	-0.0195	0.0539	-0.0185	-0.1799	0.0483	0.0571	0.0261	0.1145	0.0243	-0.0114	0.1368	-0.0101	0.104	50.7089	70.6999	104.2511
6	0.6284	-0.054	0.0239	0.9464	0.4119	0.8456	-0.0627	0.2028	-0.1746	-0.3535	-0.0017	0.1938	0.0192	-0.1864	0.0537	0.2493	-0.0835	-0.0289	0.2606	-0.0546	0.1851	-0.8399	12.499	45.8535
7	0.9174	0.0113	-0.1482	1.2015	0.2178	0.4915	-0.0401	-0.0884	-0.0523	0.0809	0.0412	-0.0308	0.0465	0.0078	-0.0017	0.1317	-0.031	-0.0075	0.1419	-0.0061	0.1104	8.3727	20.1204	68.5505
8	1.531	0.2319	-0.1318	0.7326	-0.3786	1.3201	0.0969	-0.3192	-0.2675	0.4276	0.0237	-0.5643	0.117	0.3057	-0.1211	0.2752	0.0281	-0.1192	0.2336	-0.0147	0.3617	24.9764	10.3474	77.1878
9	0.2251	0.3816	0.1609	0.9543	0.3013	0.2762	-0.0714	0.074	-0.0054	-0.2286	0.0875	-0.0514	-0.0914	0.036	-0.0126	0.1655	-0.0417	0.0124	0.1607	-0.0196	0.1109	16.7607	45.7316	62.9925
10	0.2571	0.0794	0.06	0.6117	0.1153	0.7189	-0.2423	0.2722	0.057	-0.5339	0.0846	-0.2358	-0.3367	-0.0036	-0.0838	0.5146	-0.2222	0.1274	0.3218	0.0113	0.1983	33.1528	76.2985	56.0237
11	1.7367	-1.1177	-0.3209	1.0534	0.4954	0.4242	-0.0054	0.2415	-0.1587	-0.2654	0.0365	-0.2951	-0.0069	0.1921	0.0555	0.3347	-0.1227	0.2322	0.3632	-0.1586	0.3697	37.525	35.4747	48.3767
12	0.8876	0.2632	-0.3882	0.4851	-0.0356	0.6339	0.0348	0.0931	-0.1141	-0.3105	0.1821	-0.6078	-0.1823	0.4024	0.0414	0.1996	-0.2008	0.2328	0.3968	-0.2117	0.4686	42.2902	44.3965	56.6221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 41 through 290 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 291 through 364 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 365 through 703 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 704 through 844 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 845 through 974 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 41 through 184 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 185 through 305 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 306 through 402 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 403 through 703 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 704 through 808 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 809 through 849 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 850 through 975 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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