PDB-4zm5: Shigella flexneri lipopolysaccharide O-antigen chain-length regul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zm5

タイトル

Shigella flexneri lipopolysaccharide O-antigen chain-length regulator WzzBSF - A107P mutant

要素

Chain length determinant protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / lipopolysaccharide / chain-length / virulence / serospecificity

機能・相同性

機能・相同性情報

lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Ericsson, D.J. / Chang, C.-W. / Lonhienne, T. / Casey, L. / Benning, F. / Kobe, B. / Tran, E.N.H. / Morona, R.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of a Single Amino-Acid Mutant of WzzBSF That Alters Lipopolysaccharide O-Antigen Chain Length in Shigella flexneri.
著者: Chang, C.W. / Tran, E.N. / Ericsson, D.J. / Casey, L.W. / Lonhienne, T. / Benning, F. / Morona, R. / Kobe, B.

履歴

登録	2015年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zm5.cif.gz	291.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zm5.ent.gz	238.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zm5_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zm5_full_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示
XML形式データ	4zm5_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	4zm5_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zm1C 3b8pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zm1-d 4e2h-d 4bfb-d 3ry3-d 3do9-d 2oxh-d 5m6a-d 0927 4fmt-d 6o1f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chain length determinant protein

B: Chain length determinant protein

C: Chain length determinant protein

ヘテロ分子

82.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.570, 62.460, 90.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chain length determinant protein / Polysaccharide antigen chain regulator 分子量: 27592.945 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 54-293 / 変異: A107P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 株: RMA4053 / 遺伝子: wzzB, cld, rol, SF2089, S2210 / Variant: serotype Y wzz::kanr / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37792
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 18% peg400, 18% peg8k, 0.1M MgCl2, 0.1 M citric-acid/HEPES/CHES buffer (pH 7.3)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月24日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→90.01 Å / Num. obs: 57620 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 48.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.223 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot	0.7	モデル構築
BUSTER	2.10.0	精密化
PHASER	2.3.0	位相決定
XSCALE	July 4, 2012	データスケーリング
XDS	July 4, 2012	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B8P

3b8p

解像度: 2.47→32.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9307 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9055 / SU R Cruickshank DPI: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.374 / SU R_free Blow DPI: 0.249 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.255

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1592	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1951	-	-	-
obs	0.1975	31641	97.66 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.8315 Å²	0 Å²	-1.0701 Å²
2-	-	-0.2274 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.0589 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.363 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.47→32.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5556	0	2	141	5699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	5637	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	7639	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2729	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		209	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		772	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5637	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.67
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.25
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		758	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6446	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.47→2.55 Å / Total num. of bins used: 16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2987	146	5 %
R_work	0.2294	2775	-
all	0.2326	2921	-
obs	-	-	97.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4446	0.7305	-1.3719	1.6048	-0.2471	4.8554	-0.08	-0.1905	-0.0235	-0.1992	-0.0407	-0.1073	-0.0364	0.5833	0.1207	-0.2401	0.0104	0.0319	-0.0284	0.055	-0.1726	69.9673	6.958	70.4539
2	0.9826	-0.8854	1.9466	0	-3.0025	5.5891	0.059	-0.0699	-0.0192	-0.1676	-0.1525	0.0149	0.2344	0.1692	0.0935	0.1437	0.0211	-0.0121	-0.0779	0.0571	-0.0795	67.3029	17.3969	38.9563
3	1.2966	-0.4434	2.1233	2.2983	-0.6656	6.3691	-0.1238	0.2447	0.2865	-0.5464	0.0016	0.0747	0.0089	0.106	0.1222	-0.1518	-0.03	0.0504	-0.1627	0.05	-0.1646	52.2152	34.9158	3.2253
4	2.2222	-0.5029	3.9482	0.5552	-1.446	7.6412	-0.0514	-0.0824	0.0103	0.332	-0.0759	-0.0361	-0.2713	0.0421	0.1272	0.1908	-0.012	0.0149	-0.0209	0.0181	-0.0116	60.0297	31.4416	26.1539
5	0.1469	0.6928	-1.1253	0	3.5041	2.5549	-0.126	-0.5283	-0.1152	-0.1525	0.2058	-0.0715	-0.0499	0.5384	-0.0797	-0.2324	0.0007	0.0268	0.1242	0.1154	-0.1918	71.5198	10.089	81.5869
6	1.4566	0.6924	-0.8118	1.6203	-0.9075	3.8111	-0.0884	0.1455	0.1184	-0.1671	0.1395	0.1208	-0.1015	0.094	-0.0511	-0.196	0.0164	0.0209	-0.2427	-0.0175	-0.1974	52.2283	13.2107	81.7631
7	0.177	0.3077	1.0146	0.0064	-2.6293	4.1033	0.0425	-0.0146	0.0601	-0.2323	-0.0738	0.1053	-0.1484	0.5407	0.0313	0.3044	0.0217	0.0486	-0.2086	-0.0006	-0.1226	58.4278	30.1334	59.2036
8	4.0387	-1.4886	2.5717	6.715	0.0186	4.0465	0.0131	0.0466	0.3597	0.1855	-0.2723	0.1574	-0.9041	0.0785	0.2592	0.2198	-0.0519	-0.0257	-0.0654	0.027	0.0046	56.6871	45.8697	19.0655
9	1.9944	1.4049	-6.8275	3.5833	-0.2589	2.1517	-0.0879	0.3694	0.1283	-0.3741	0.1268	0.2264	-0.3665	-0.3616	-0.0389	0.3602	0.0416	0.0264	0.0804	0.2621	-0.0018	51.3741	37.8526	55.3649
10	2.3556	2.2558	-2.9923	0	1.4709	1.2222	0.0114	-0.1724	-0.1411	0.1231	-0.0096	0.133	0.1649	-0.1936	-0.0018	-0.1102	0.0147	0.0231	-0.1698	0.0172	-0.2027	45.6663	11.1277	90.8957
11	0.9757	0.2875	1.5033	0.6876	-1.9041	8.6464	-0.0998	0.0287	-0.1141	-0.319	-0.002	0.0148	1.1635	0.2379	0.1017	0.2226	0.1429	0.1044	-0.1121	0.011	-0.1577	65.5823	-6.1107	55.2352
12	1.0934	-2.8105	2.4846	3.516	-4.8122	5.6786	0.0064	-0.1847	-0.0795	-0.0461	0.1713	0.2145	0.5449	-0.2634	-0.1778	0.2961	-0.0343	0.0028	-0.0942	0.0376	-0.0967	53.3329	2.8216	28.3737
13	6.4758	-0.4459	1.5204	1.6843	0.2118	2.6108	-0.2068	0.2307	0.1039	-0.4072	0.0047	0.2628	-0.1085	0.0182	0.2021	-0.132	0.0173	-0.0018	-0.1838	0.0012	-0.1294	38.4629	32.215	0.9812
14	2.1236	-1.4715	2.3749	2.2019	-3.626	10.4489	-0.0771	-0.2873	0.0014	0.4322	-0.1264	-0.0172	0.2079	0.1294	0.2035	0.0757	-0.0236	0.0541	-0.0854	0.0294	-0.0882	56.0073	13.5923	20.9738
15	5.0432	0.4621	3.7327	0	1.6662	0.9036	-0.058	-0.028	-0.1789	-0.115	0.139	-0.0284	0.3114	0.507	-0.081	0.1253	0.3542	0.1555	0.0804	0.1502	-0.1504	74.1123	-8.3944	58.9081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ B\|5 - 105 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|106 - 147 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|148 - 167 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|168 - 224 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|225 - 241 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|5 - 102 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|103 - 145 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|146 - 193 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|194 - 224 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|225 - 240 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ C\|5 - 102 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ C\|103 - 146 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ C\|147 - 191 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ C\|192 - 221 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ C\|222 - 240 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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