PDB-4zm1: Shigella flexneri lipopolysaccharide O-antigen chain-length regul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zm1

タイトル

Shigella flexneri lipopolysaccharide O-antigen chain-length regulator WzzBSF - wild type

要素

Chain length determinant protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / lipopolysaccharide / chain-length / virulence / serospecificity

機能・相同性

機能・相同性情報

lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Ericsson, D.J. / Chang, C.-W. / Lonhienne, T. / Casey, L. / Benning, F. / Kobe, B. / Tran, E.N.H. / Morona, R.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of a Single Amino-Acid Mutant of WzzBSF That Alters Lipopolysaccharide O-Antigen Chain Length in Shigella flexneri.
著者: Chang, C.W. / Tran, E.N. / Ericsson, D.J. / Casey, L.W. / Lonhienne, T. / Benning, F. / Morona, R. / Kobe, B.

履歴

登録	2015年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zm1.cif.gz	297.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zm1.ent.gz	244.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zm1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zm1_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zm1_full_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示
XML形式データ	4zm1_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	4zm1_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zm5C 3b8pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zm5-d 4e2h-d 3ry3-d 4bfb-d 2oxh-d 5m6a-d 4fmt-d 3do9-d 4lvn-d 6o1f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chain length determinant protein

B: Chain length determinant protein

C: Chain length determinant protein

ヘテロ分子

82.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.890, 61.310, 90.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chain length determinant protein / Polysaccharide antigen chain regulator 分子量: 27566.908 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 54-291 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: wzzB, cld, rol, SF2089, S2210 / Variant: serotype Y wzz::kanr / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37792
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 12.5mg/mL protein, 15% PEG400, 15% Peg 8000, 0.1M MgCl, pH 7.7 (0.1M Newman buffer Citric Acid:HEPES:CHES)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→90.63 Å / Num. all: 32168 / Num. obs: 28733 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 52.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.42→2.51 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 1.282 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
Coot	0.7	モデル構築
PHENIX	2.4.0	位相決定
XSCALE	July 4, 2012	データスケーリング
XDS	July 4, 2012	データ削減
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B8P

3b8p

解像度: 2.55→31.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9446 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.487 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.447 / SU R_free Blow DPI: 0.248 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.256

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2245	1430	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1933	-	-	-
obs	0.1948	28725	98.26 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.6396 Å²	0 Å²	0.5648 Å²
2-	-	2.144 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.4957 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.404 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.55→31.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5633	0	15	58	5706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	5724	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	7756	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2774	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		213	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		785	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5724	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.64
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.4
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		771	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6635	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.65 Å / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2514	146	5.01 %
R_work	0.2344	2767	-
all	0.2353	2913	-
obs	-	-	98.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2907	0.1411	-1.8907	2.0828	1.199	6.3737	-0.1009	-0.2179	0.1417	0.2581	0.2201	0.0216	0.016	-0.0888	-0.1191	0.0101	0.0241	-0.0537	-0.2901	-0.0005	-0.3442	-15.4681	-17.2581	-37.494
2	-0.1366	-0.5285	1.032	0	3.2275	9.4642	0.0372	0.0134	0.0231	-0.0447	-0.0666	-0.1755	-0.4434	-0.5737	0.0294	0.5042	-0.1146	0.009	-0.1781	-0.0741	-0.1991	-20.9026	1.7641	-8.8689
3	0.3928	-1.8998	4.1374	15.2483	0.0228	8.8973	-0.1792	0.0131	0.482	0.4145	-0.1579	-0.1868	-1.1646	0.4722	0.3371	0.5131	0.067	-0.2	-0.2568	-0.0059	-0.2597	-16.4419	16.308	27.8726
4	0.5093	-3.2626	-3.7857	4.8403	6.5773	8.8608	0.08	-0.1502	0.1645	-0.0057	0.32	-0.4194	-0.7466	0.8488	-0.3999	0.5049	-0.2276	0.0316	-0.0479	-0.2398	-0.1133	-12.1978	3.1825	-13.7414
5	-0.9984	-0.7402	8.6427	0.1794	-1.4114	5.2584	-0.066	0.2396	-0.7298	-0.334	-0.011	0.1088	0.4146	-0.114	0.0769	0.3625	-0.075	-0.0025	-0.1386	-0.0742	-0.2062	-10.6907	-24.8866	-54.864
6	1.6994	-0.3171	-1.3039	2.3613	0.1244	4.607	-0.1698	0.417	-0.1723	-0.1588	0.2629	-0.1275	-0.0677	-0.4272	-0.0931	0.0184	-0.1126	-0.0362	-0.0532	-0.065	-0.3432	-32.6133	-21.5667	-22.4085
7	2.4508	0.2551	-0.2408	1.0316	-1.9753	7.2479	-0.2153	0.479	-0.0212	-0.2135	0.0072	0.2898	0.3093	-1.4429	0.2082	0.0697	-0.1643	-0.067	0.2286	-0.1498	-0.181	-35.7221	-24.0579	-32.3201
8	1.5531	1.6252	3.1752	1.9408	5.1946	10.8469	0.0448	0.0108	0.0542	-0.0245	-0.1415	-0.0505	0.6278	-0.5805	0.0967	0.1404	-0.0468	-0.0485	-0.0956	-0.039	-0.2512	-28.7348	-11.0176	10.0829
9	1.8767	-0.2971	1.9624	1.5461	-0.0196	7.5944	-0.2773	-0.0528	0.329	-0.0231	-0.0912	0.0946	-0.3986	-0.1201	0.3685	-0.0073	0.0451	-0.0294	-0.3253	-0.0048	-0.3042	-19.9665	2.9294	25.6919
10	2.4411	1.4675	4.0718	0	-4.997	4.4362	0.118	0.2305	0.104	0.3672	-0.1315	0.165	-0.4637	-0.688	0.0134	0.1371	0.0661	-0.0317	0.2464	-0.1023	-0.1533	-35.4043	-16.9132	-33.2067
11	1.2543	-0.6083	0.69	0	0.4737	10.7323	-0.3141	0.097	-0.2112	-0.0553	0.0177	0.1479	0.9095	-0.356	0.2965	0.1953	-0.2351	0.0302	-0.2471	-0.0666	-0.3145	-28.931	-36.2385	-10.487
12	2.2654	2.7325	3.9045	3.714	4.9139	8.5082	0.0549	0.3458	-0.3278	0.1076	0.3001	-0.317	0.884	0.4278	-0.355	0.2158	0.027	-0.015	-0.2501	-0.0419	-0.239	-16.5476	-26.5116	18.3725
13	5.2659	3.0644	1.976	5.1436	0.0897	2.0114	-0.1723	-0.1269	0.1599	0.1306	-0.0042	-0.0888	-0.4293	0.0609	0.1765	0.1464	0.0162	-0.0612	-0.1757	-0.0326	-0.2243	-4.0726	0.1063	42.8669
14	3.9163	-3.8516	1.8277	8.3542	-0.32	9.9219	-0.0906	0.2524	-0.1674	-0.3715	-0.0547	0.6137	0.2803	-0.4555	0.1453	0.1837	0.0583	-0.0495	-0.158	-0.0125	-0.2843	-23.3939	-20.4815	17.9701
15	6.1758	0.1438	3.4477	2.6851	-1.8822	0.4741	-0.2389	0.3338	-0.4791	0.226	0.3575	0.2572	0.5496	-1.2083	-0.1186	0.0714	-0.4561	0.0833	0.107	-0.1215	-0.3515	-38.83	-37.8635	-15.004

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|5 - 102 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|103 - 152 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|153 - 191 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|192 - 232 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|233 - 239 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|3 - 70 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|71 - 107 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|108 - 151 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|152 - 220 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|221 - 240 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ C\|5 - 99 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ C\|100 - 152 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ C\|153 - 201 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ C\|202 - 222 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ C\|223 - 240 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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