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Yorodumi- PDB-4zm1: Shigella flexneri lipopolysaccharide O-antigen chain-length regul... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zm1 | ||||||
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Title | Shigella flexneri lipopolysaccharide O-antigen chain-length regulator WzzBSF - wild type | ||||||
Components | Chain length determinant protein | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / lipopolysaccharide / chain-length / virulence / serospecificity | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Shigella flexneri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Ericsson, D.J. / Chang, C.-W. / Lonhienne, T. / Casey, L. / Benning, F. / Kobe, B. / Tran, E.N.H. / Morona, R. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: Structural and Biochemical Analysis of a Single Amino-Acid Mutant of WzzBSF That Alters Lipopolysaccharide O-Antigen Chain Length in Shigella flexneri. Authors: Chang, C.W. / Tran, E.N. / Ericsson, D.J. / Casey, L.W. / Lonhienne, T. / Benning, F. / Morona, R. / Kobe, B. #1: Journal: J. Bacteriol. / Year: 2010 Title: Mutagenesis and chemical cross-linking suggest that Wzz dimer stability and oligomerization affect lipopolysaccharide O-antigen modal chain length control. Authors: Papadopoulos, M. / Morona, R. #2: Journal: Microbiology (Reading, Engl.) / Year: 2014 Title: Relationship between O-antigen chain length and resistance to colicin E2 in Shigella flexneri. Authors: Tran, E.N. / Papadopoulos, M. / Morona, R. #3: Journal: J. Bacteriol. / Year: 2015 Title: Mutational analysis of the Shigella flexneri O-antigen polymerase Wzy: identification of Wzz-dependent Wzy mutants. Authors: Nath, P. / Tran, E.N. / Morona, R. #4: Journal: Microbiology (Reading, Engl.) / Year: 2015 Title: Mutational analysis of the major periplasmic loops of Shigella flexneri Wzy: identification of the residues affecting O antigen modal chain length control, and Wzz-dependent polymerization activity. Authors: Nath, P. / Morona, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zm1.cif.gz | 297.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zm1.ent.gz | 244.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zm1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4zm1_validation.pdf.gz | 459.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4zm1_full_validation.pdf.gz | 467.4 KB | Display | |
Data in XML | 4zm1_validation.xml.gz | 26 KB | Display | |
Data in CIF | 4zm1_validation.cif.gz | 35.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4zm5C 3b8pS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27566.908 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 54-291 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri (bacteria) / Gene: wzzB, cld, rol, SF2089, S2210 / Variant: serotype Y wzz::kanr / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P37792 #2: Chemical | ChemComp-CIT / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.7 Details: 12.5mg/mL protein, 15% PEG400, 15% Peg 8000, 0.1M MgCl, pH 7.7 (0.1M Newman buffer Citric Acid:HEPES:CHES) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2011 |
Radiation | Monochromator: Double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.42→90.63 Å / Num. all: 32168 / Num. obs: 28733 / % possible obs: 93.7 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 52.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.42→2.51 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.282 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 61 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3B8P Resolution: 2.55→31.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9446 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.487 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.447 / SU Rfree Blow DPI: 0.248 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.256
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Displacement parameters | Biso mean: 69.87 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.404 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.55→31.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.55→2.65 Å / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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