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- PDB-4zm0: Antitoxin Phd from phage P1 in complex with its operator DNA inve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zm0
タイトルAntitoxin Phd from phage P1 in complex with its operator DNA inverted repeat
要素
  • Antitoxin phd
  • DNA/RNA (5'-D(CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA/RNA (5'-D(CP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*T)-3')
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / toxin-antitoxin / DNA binding / intrinsic disorder / conditional cooperativity / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
YefM-like domain / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / DNA / DNA (> 10) / Antitoxin phd
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
ベルギー
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: An intrinsically disordered entropic switch determines allostery in Phd-Doc regulation.
著者: Garcia-Pino, A. / De Gieter, S. / Talavera, A. / De Greve, H. / Efremov, R.G. / Loris, R.
履歴
登録2015年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32016年6月29日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin phd
B: Antitoxin phd
C: Antitoxin phd
D: Antitoxin phd
E: DNA/RNA (5'-D(CP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*T)-3')
F: DNA/RNA (5'-D(CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
G: DNA/RNA (5'-D(CP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*T)-3')
H: DNA/RNA (5'-D(CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,95911
ポリマ－49,6928
非ポリマー2673
水00
1
A: Antitoxin phd
B: Antitoxin phd
G: DNA/RNA (5'-D(CP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*T)-3')
H: DNA/RNA (5'-D(CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0906
ポリマ－24,8464
非ポリマー2442
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
2
C: Antitoxin phd
D: Antitoxin phd
E: DNA/RNA (5'-D(CP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*T)-3')
F: DNA/RNA (5'-D(CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8695
ポリマ－24,8464
非ポリマー231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.980, 165.980, 156.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質
Antitoxin phd / Addiction protein pdh / Prevent host death protein


分子量: 8143.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The C-terminal region of the protein is intrinsically disordered
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
遺伝子: phd / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06253
#2: DNA鎖 DNA/RNA (5'-D(CP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*T)-3')


分子量: 4270.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
#3: DNA鎖 DNA/RNA (5'-D(CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 4288.817 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG1000 / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→49.1 Å / Num. obs: 22065 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 21.6 % / Biso Wilson estimate: 64.42 Å2 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 3.17→3.28 Å / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 5.7 / Mean I/σ(I) obs: 0.42 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HS2

3hs2


解像度: 3.17→49.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9224 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9356 / SU R Cruickshank DPI: 0.351 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.365 / SU Rfree Blow DPI: 0.279 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.275
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 1104 5 %RANDOM
Rwork0.2227 ---
obs0.2239 22064 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 167.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.547 Å20 Å20 Å2
2--21.547 Å20 Å2
3----43.094 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.285 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1649 1092 17 0 2758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012906HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.054138HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d867SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes303HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2906HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion390SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3105SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.17→3.33 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 139 5.02 %
Rwork0.256 2631 -
all0.2564 2770 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0024-0.58163.27793.859-3.04468.6879-0.14950.2281-0.3923-0.10460.0191-0.25411.13740.2070.13040.3062-0.3040.0477-0.0048-0.1431-0.308562.8073-53.8924-5.1619
29.99851.95614.48854.5993-1.50817.6054-0.2808-0.7817-1.10790.28760.79340.61721.248-0.5301-0.51260.3454-0.31920.11430.0121-0.1364-0.383159.5988-55.7086-0.345
314.6474-0.4858-1.27285.89451.55572.7138-0.2791-1.14770.21220.77310.1263-0.5595-0.7640.41780.15280.226-0.417-0.34930.00560.1493-0.345914.6609-83.2185-0.6146
410.20650.2816-1.40049.92732.75386.5612-0.484-0.10220.48250.2144-0.0579-0.2548-0.7363-0.88640.54180.1216-0.3555-0.2861-0.16640.1743-0.153110.7524-84.4813-5.623
51.31612.0349-0.12692.78991.69493.96430.08650.2488-0.5344-0.1293-0.2855-0.8596-0.09531.00640.199-0.0388-0.67670.08880.04210.21420.42627.8701-90.6044-15.1638
69.6301-0.2155-1.17426.8703-4.38375.8955-0.27580.6006-0.4427-0.092-0.0378-0.60170.38871.47750.3136-0.0407-0.6785-0.07980.04070.30490.357729.5821-88.7424-14.0721
73.5347-4.91022.25346.40514.40691.46050.29130.1082-0.1649-0.40280.06391.1275-0.2404-1.3957-0.3553-0.0718-0.6605-0.1820.07180.04530.027443.0108-51.0112-14.0536
84.14760.217-1.3975-1.05360.22471.1180.12620.1317-0.5298-0.4429-0.12250.93940.486-0.9763-0.00370.0156-0.591-0.25230.12240.04230.053845.5322-49.4421-15.0284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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