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- PDB-4zlp: Crystal Structure of Notch3 Negative Regulatory Region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zlp
タイトルCrystal Structure of Notch3 Negative Regulatory Region
要素Neurogenic locus notch homolog protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / Notch / Mutation / Disease / Autoinhibiton
機能・相同性
機能・相同性情報


glomerular capillary formation / Defective LFNG causes SCDO3 / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / Noncanonical activation of NOTCH3 / neuroblast differentiation / Pre-NOTCH Processing in Golgi / neuron fate commitment / artery morphogenesis / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Notch-HLH transcription pathway ...glomerular capillary formation / Defective LFNG causes SCDO3 / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / Noncanonical activation of NOTCH3 / neuroblast differentiation / Pre-NOTCH Processing in Golgi / neuron fate commitment / artery morphogenesis / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of neuron differentiation / forebrain development / Notch signaling pathway / axon guidance / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of miRNA transcription / signaling receptor activity / receptor complex / cadherin binding / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #320 / Alpha-Beta Plaits - #3310 / Neurogenic locus Notch 3 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #320 / Alpha-Beta Plaits - #3310 / Neurogenic locus Notch 3 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Neurogenic locus notch homolog protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.479 Å
データ登録者Xu, X. / Blacklow, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA092433 to Stephen C Blacklow 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Insights into Autoregulation of Notch3 from Structural and Functional Studies of Its Negative Regulatory Region.
著者: Xu, X. / Choi, S.H. / Hu, T. / Tiyanont, K. / Habets, R. / Groot, A.J. / Vooijs, M. / Aster, J.C. / Chopra, R. / Fryer, C. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2015年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 3
B: Neurogenic locus notch homolog protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,79815
ポリマ－60,1932
非ポリマー1,60513
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.482, 64.310, 83.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-5225-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 3 / Notch 3


分子量: 30096.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTCH3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTi- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UM47

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 159分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 20% isopropanol, 20% PEG4000, and 0.1 M tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月17日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.479→49.18 Å / Num. obs: 22317 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 13.27
反射 シェル解像度: 2.479→2.57 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 99.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.479→49.176 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2036 1141 5.11 %Random selection
Rwork0.1781 ---
obs0.1795 22314 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.479→49.176 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3450 0 96 148 3694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0514920
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6211313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4792-2.5920.30911470.24882612X-RAY DIFFRACTION100
2.592-2.72870.24751190.21722637X-RAY DIFFRACTION100
2.7287-2.89960.24251180.21562654X-RAY DIFFRACTION100
2.8996-3.12350.2551370.19452646X-RAY DIFFRACTION100
3.1235-3.43770.20631410.18032639X-RAY DIFFRACTION100
3.4377-3.9350.16941580.15912627X-RAY DIFFRACTION100
3.935-4.95690.18631720.14682651X-RAY DIFFRACTION100
4.9569-49.18580.18391490.17222707X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2027-0.5854-0.41985.3201-0.35123.8033-0.1045-0.04590.72490.07480.0795-0.9399-0.42750.48950.01670.2695-0.02050.00980.27750.01120.5835116.057642.2597-39.4432
21.8109-1.94541.98886.2577-1.52163.90330.0325-0.0439-0.2143-0.0810.01310.11660.287-0.0279-0.02140.1821-0.01930.02680.1857-0.00480.2637101.874525.9561-40.054
32.97450.8733-0.95712.9072-0.82571.04090.0357-0.2624-0.1260.2894-0.0331-0.39120.0020.1230.00140.20260.0302-0.05710.1934-0.02890.228116.918313.3926-28.6964
44.08660.0229-0.6762.15330.57424.1007-0.03940.19590.26580.18970.1724-0.6577-0.17290.4997-0.07890.24290.0063-0.04560.22280.03610.4052128.769119.6587-34.5939
52.99280.22970.79163.08470.29462.1050.00630.14730.1766-0.19740.0425-0.40620.05360.0538-0.02770.20720.0302-0.01660.15550.00080.2458114.618821.5659-39.7406
66.0431-0.64-1.02173.89470.8364.2556-0.116-2.01720.53551.70110.04720.2932-0.1472-0.28990.06361.66880.00480.11651.4665-0.05180.699997.30516.837419.066
75.3921-0.0464-1.27353.43720.60535.005-0.6378-1.45750.18941.43830.35740.00480.27650.22870.23211.20860.00130.0361.2010.02470.4469100.4419-0.780115.8872
86.56230.0074-1.45253.76511.59684.7845-0.3246-1.2203-0.34520.98460.1708-0.42060.30580.7860.11451.03410.0118-0.26551.0660.14780.6031114.9472-5.24828.8759
92.9747-0.0001-2.29534.33970.22284.71840.1125-0.56380.04340.97060.0504-0.2520.29140.50890.07620.5015-0.0154-0.03820.40620.02480.2519108.97323.2887-13.1239
103.1544-0.9747-1.63483.02460.03984.6807-0.1294-0.3467-0.51080.6645-0.23770.73580.5115-0.89020.2880.6663-0.1750.11660.6936-0.0440.444293.8903-2.0887-6.0592
112.9566-0.27790.54246.83510.0455.73130.0311-1.044-0.21951.1998-0.1113-0.08880.7423-0.02260.10970.9599-0.05730.10010.76940.10970.4233102.2389-3.39382.328
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1385 through 1425 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1426 through 1468 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1469 through 1539 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1540 through 1587 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1588 through 1637 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1392 through 1407 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1408 through 1425 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1426 through 1462 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1463 through 1498 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1499 through 1587 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1588 through 1633 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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