PDB-4zkk: The novel double-fold structure of d(GCATGCATGC)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zkk

タイトル

The novel double-fold structure of d(GCATGCATGC)

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')

キーワード

DNA / folded / minor-groove tetrad / bi-loop / triplet

機能・相同性

: / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Thirugnanasambandam, A. / Karthik, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The novel double-folded structure of d(GCATGCATGC): a possible model for triplet-repeat sequences
著者: Thirugnanasambandam, A. / Karthik, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N.

履歴

登録	2015年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zkk.cif.gz	22.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zkk.ent.gz	14.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6okw-d 2m6n-d 5l8a-2 4pzq-1 2kxk-d 4uj0-2 6mj7-d 2n2x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

3.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.640, 34.640, 89.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-103- CO
2	1	A-224- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPAPTPGPCPAPTPGPC)-3') 分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.73 % / 解説: hexagonal bipyramidal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1 mM DNA, 50 mM sodium cacodylate buffer, 10 mM cobalt chloride and equilibrated against 40% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.604 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月19日 / 詳細: Bent collimating mirror & toroid
放射	モノクロメーター: Si(III) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.604 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 5358 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 32 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 36.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MxCuBE	2	データ収集
MOSFLM	7.0.9	data processing
PHENIX	1.9_1692	位相決定
MOSFLM	7.0.9	データ削減
Aimless	0.2.14	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.801→24.927 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2463	541	10.1 %	Random selection
R_work	0.2291	-	-	-
obs	0.2309	5358	95.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→24.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	202	3	24	229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	226
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.557	347
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	32.259	96
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	39
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	10

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8006-1.9817	0.294	124	0.2809	1079	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9817-2.2683	0.3283	138	0.2766	1227	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2683-2.8572	0.278	139	0.2697	1254	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8572-24.9292	0.22	140	0.2015	1257	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0159	-0.0408	0.0183	0.1048	-0.0495	0.0238	0.0784	0.0005	0.0068	-0.0595	-0.0981	0.0549	0.1063	-0.0031	0.0129	0.0044	-0.0627	-0.0873	0.5506	0.087	0.1922	6.0117	10.5724	-0.0368
2	0.048	0.0175	-0.0025	0.011	0.0109	0.0187	0.0854	-0.0473	-0.0229	0.0084	-0.0772	-0.1228	0.1072	0.0362	0.0661	-0.0821	0.1266	-0.0991	0.8955	0.0515	0.2443	11.1029	10.2505	0.9608
3	0.0475	0.0203	0.0236	0.0827	-0.0151	0.0213	0.0346	-0.1705	-0.0299	-0.0734	0.1023	-0.155	0.061	0.1609	0.0259	0.1375	0.0626	0.0003	0.4396	-0.0138	0.3585	12.8246	12.1571	-10.6452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 3 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 5 through 7 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 8 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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