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- PDB-4zki: The crystal structure of Histidine Kinase YycG with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zki
タイトルThe crystal structure of Histidine Kinase YycG with ADP
要素Histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Histidine Kinase / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to phosphate starvation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...: / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / histidine kinase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum JDM1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.401 Å
データ登録者Cai, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Conformational dynamics of the essential sensor histidine kinase WalK
著者: Cai, Y. / Su, M. / Ahmad, A. / Hu, X. / Sang, J. / Kong, L. / Chen, X. / Wang, C. / Shuai, J. / Han, A.
履歴
登録2015年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
B: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7343
ポリマ－63,3072
非ポリマー4271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.499, 96.034, 119.351
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase / YycG


分子量: 31653.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 370-624 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum JDM1 (バクテリア)
株: JDM1 / 遺伝子: hpk1, JDM1_0052 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C6VIM1, UniProt: A0A0M3KKX3*PLUS, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 1.0 M Ammonium Sulfate, 1% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 8921 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u7o

4u7o


解像度: 3.401→48.819 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 449 5.06 %Random selection
Rwork0.2014 ---
obs0.2025 8881 99.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.401→48.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3555 0 27 0 3582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4374915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2411362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.401-3.89290.27071500.22782733X-RAY DIFFRACTION99
3.8929-4.9040.21291490.18712777X-RAY DIFFRACTION100
4.904-48.82380.20741500.19982922X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27040.3019-0.23350.6952-0.52640.32370.09580.0323-0.0495-0.25650.1239-0.0572-0.03960.07860.00980.4760.0495-0.00280.5624-0.0170.589111.1961-5.0018-21.0471
20.73570.25790.07410.5140.40650.3143-0.1207-0.0991-0.0330.18130.10640.0365-0.0579-0.0398-0.01480.34670.03780.04510.39390.04430.41432.1681-27.4879-28.8591
30.17690.06990.10590.3026-0.16050.1208-0.3244-0.49170.25310.37780.4611-0.4029-0.0218-0.17090.00030.52220.098-0.01480.44010.01040.46939.25580.3432-10.2924
40.7593-0.0582-0.21330.1243-0.02170.7638-0.48810.39780.18320.06710.2615-0.0381-0.6690.0333-0.21530.7263-0.0435-0.07670.49690.0670.534515.56370.49392.4149
50.599-0.6508-0.86042.7260.36521.45110.1308-0.0189-0.01510.07130.1732-0.82280.16160.14840.13550.4025-0.1024-0.10070.3960.02260.301917.9701-5.208111.4295
60.3161-0.25170.15880.45380.20810.29910.24080.1025-0.2427-0.2765-0.2068-0.19310.74370.1795-0.02710.8675-0.0763-0.08290.4679-0.00330.590823.0733-13.67574.5947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 372 through 447 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 448 through 610 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 384 through 440 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 441 through 517 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 518 through 542 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 543 through 610 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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