[日本語] English
万見
- PDB-4zk4: Crystal structure of a chimeric acetylcholine binding protein fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zk4
タイトルCrystal structure of a chimeric acetylcholine binding protein from Aplysia californica (Ac-AChBP) containing loop C from the human alpha 3 nicotinic acetylcholine receptor in complex with 7-(5-isopropoxy-pyridin-3-yl)-1-methyl-1,7-diaza-spiro[4.4]nonane
要素soluble acetylcholine receptor, neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 chimera
キーワードACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / AChBP / nicotinic / receptor / acetylcholine
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / regulation of smooth muscle contraction / neuromuscular synaptic transmission ...regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / regulation of smooth muscle contraction / neuromuscular synaptic transmission / behavioral response to nicotine / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / acetylcholine binding / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of dendrite morphogenesis / plasma membrane raft / membrane depolarization / monoatomic ion transport / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / locomotory behavior / response to nicotine / transmembrane signaling receptor activity / nervous system development / monoatomic ion transmembrane transport / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / nuclear speck / ciliary basal body / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / dendrite / nucleolus / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TII / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Bobango, J. / Wu, J. / Talley, T.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a chimeric acetylcholine binding protein from Aplysia californica (Ac-AChBP) containing loop C from the human alpha 3 nicotinic acetylcholine receptor in complex ...タイトル: Crystal structure of a chimeric acetylcholine binding protein from Aplysia californica (Ac-AChBP) containing loop C from the human alpha 3 nicotinic acetylcholine receptor in complex with 7-(5-isopropoxy-pyridin-3-yl)-1-methyl-1,7-diaza-spiro[4.4]nonane.
著者: Bobango, J. / Wu, J. / Talley, T.T.
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_keywords.text
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: soluble acetylcholine receptor, neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 chimera
B: soluble acetylcholine receptor, neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 chimera
C: soluble acetylcholine receptor, neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 chimera
D: soluble acetylcholine receptor, neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 chimera
E: soluble acetylcholine receptor, neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,27515
ポリマ－131,0015
非ポリマー1,27410
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14740 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area41960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.662, 78.205, 120.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
soluble acetylcholine receptor, neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 chimera


分子量: 26200.197 Da / 分子数: 5
断片: UNP residues 18-198 + 215-236 from Aplysia californica linked by loop C (UNP residues 215-230) from Homo sapiens
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CHRNA3, NACHRA3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8, UniProt: P32297

-
非ポリマー , 5種, 449分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-TII / (5R)-1-methyl-7-[5-(propan-2-yloxy)pyridin-3-yl]-1,7-diazaspiro[4.4]nonane


分子量: 275.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N3O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.7% PEG400, 0.085 M HEPES sodium, pH 7.5, 1.7 M ammonium sulfate, 15% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 88 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 110948 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 25.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 2.82 / Net I/av σ(I): 40.746 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 812969
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.8850.58452941.03995.9
1.88-1.9260.52254951.00698.9
1.92-1.957.20.44255081.006100
1.95-1.997.50.38655511.08100
1.99-2.047.50.30855101.049100
2.04-2.087.50.26455131.106100
2.08-2.147.60.22855651.228100
2.14-2.197.60.19955591.32100
2.19-2.267.60.18255111.385100
2.26-2.337.60.15855361.543100
2.33-2.417.60.13755671.692100
2.41-2.517.60.1355891.826100
2.51-2.637.60.11455292.094100
2.63-2.767.60.10355422.548100
2.76-2.947.60.09656073.424100
2.94-3.167.60.08855494.782100
3.16-3.487.60.07955576.581100
3.48-3.997.50.07156017.483100
3.99-5.027.40.05656396.809100
5.02-507.40.04457266.04599.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2BYN, 2BYP, 2BYR, 2BYS, 2PGZ, 3C79, 3C84

2byn

2byp

2byr

2bys

2pgz

3c79

3c84


解像度: 1.901→49.135 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2125 5132 5 %
Rwork0.1811 97506 -
obs0.1826 102638 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.51 Å2 / Biso mean: 32.2759 Å2 / Biso min: 11.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.901→49.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7974 0 148 439 8561
Biso mean--43.72 31.94 -
残基数----1034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0148269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31811315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5412842
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9013-1.92290.26541620.21013092325496
1.9229-1.94550.26231880.197432393427100
1.9455-1.96920.26441590.190932273386100
1.9692-1.99420.24131740.192232443418100
1.9942-2.02040.23651500.187532693419100
2.0204-2.04810.22341570.17531993356100
2.0481-2.07730.22761560.181433113467100
2.0773-2.10830.2251560.182432393395100
2.1083-2.14130.22281700.181232233393100
2.1413-2.17640.2211780.180632123390100
2.1764-2.21390.24231640.176232583422100
2.2139-2.25420.21231840.181132173401100
2.2542-2.29750.2111540.18232793433100
2.2975-2.34440.22521790.187432423421100
2.3444-2.39540.2311850.173632363421100
2.3954-2.45110.19571620.178232913453100
2.4511-2.51240.22891820.185332243406100
2.5124-2.58040.21212040.19231793383100
2.5804-2.65630.23171920.188932213413100
2.6563-2.7420.24191660.195232833449100
2.742-2.840.21931650.199132533418100
2.84-2.95370.26912000.199332323432100
2.9537-3.08810.25191770.206732573434100
3.0881-3.25090.24431720.198132573429100
3.2509-3.45450.21991730.187132623435100
3.4545-3.72120.21921550.180933243479100
3.7212-4.09550.18431700.165132593429100
4.0955-4.68770.15181480.146432923440100
4.6877-5.90440.17111760.155633163492100
5.9044-49.15190.18531740.195733693543100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る