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万見
- PDB-4zjz: Crystal structure of a benzoate coenzyme A ligase with Benzoyl-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zjz
タイトルCrystal structure of a benzoate coenzyme A ligase with Benzoyl-AMP
要素Benzoate-coenzyme A ligase
キーワードLIGASE / Substrate Specificity / Kinetics
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoate-CoA ligase / benzoate-CoA ligase activity / CoA-ligase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12820 / Benzoate-CoA ligase family / Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase ...Rossmann fold - #12820 / Benzoate-CoA ligase family / Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Chem-OOB / Benzoate-CoA ligase / Benzoate-coenzyme A ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Strom, S. / Nosrati, M. / Thornburg, C. / Walker, K.D. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Kinetically and Crystallographically Guided Mutations of a Benzoate CoA Ligase (BadA) Elucidate Mechanism and Expand Substrate Permissivity.
著者: Thornburg, C.K. / Wortas-Strom, S. / Nosrati, M. / Geiger, J.H. / Walker, K.D.
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Data collection / Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Data collection / Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoate-coenzyme A ligase
B: Benzoate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,65216
ポリマ－113,5842
非ポリマー2,06814
水11,656647
1
A: Benzoate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7347
ポリマ－56,7921
非ポリマー9426
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Benzoate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9189
ポリマ－56,7921
非ポリマー1,1268
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.615, 95.611, 95.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Benzoate-coenzyme A ligase


分子量: 56792.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
遺伝子: badA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93TK0, UniProt: Q6NC13*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-OOB / 5'-O-[(R)-(benzoyloxy)(hydroxy)phosphoryl]adenosine / 5′-アデニル酸ベンゾイル


タイプ: RNA OH 5 prime terminus / 分子量: 451.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N5O8P
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 15 % PEG 3350, 0.1 M Tris pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 112317 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V7B

2v7b


解像度: 1.7→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.867 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19204 5437 5 %RANDOM
Rwork0.15175 ---
obs0.15375 103134 96.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.812 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7842 0 140 647 8629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0228228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.261.98111222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29251048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9222.81331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.195151202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8871557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2010.21235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0216335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.431.55184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26928299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64433044
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7554.52916
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 329 -
Rwork0.239 6406 -
obs--81.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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