PDB-4zjq: Crystal structure of AcrB deletion mutant in complex with antibio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zjq

タイトル

Crystal structure of AcrB deletion mutant in complex with antibiotic in P21 space group

要素

Multidrug efflux pump subunit AcrB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.592 Å

データ登録者

Ababou, A. / Koronakis, V.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structures of Gate Loop Variants of the AcrB Drug Efflux Pump Bound by Erythromycin Substrate.
著者: Ababou, A. / Koronakis, V.

履歴

登録	2015年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zjq.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zjq.ent.gz	953.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zjq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zjq_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zjq_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	4zjq_validation.xml.gz	247.2 KB	表示
CIF形式データ	4zjq_validation.cif.gz	325.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zitC 4zivC 4ziwC 4zjlC 4zjoC 2gifS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yil-d 1oye-1 1t9u-1 6z12-d 2v50-1 3aod-d 2v50-2 4ziw-1 2hrt-2 1oy9-1 5t0o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

D: Multidrug efflux pump subunit AcrB

E: Multidrug efflux pump subunit AcrB

F: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

684 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
342 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Multidrug efflux pump subunit AcrB

E: Multidrug efflux pump subunit AcrB

F: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
342 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.055, 154.575, 215.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B 分子量: 113085.523 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#2: 化合物	ChemComp-ERY / ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン分子量: 733.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₆₇NO₁₃ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.61 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.59→125.83 Å / Num. obs: 114348 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 3.59→3.79 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GIF

2gif

解像度: 3.592→19.963 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3187	5678	5.01 %
R_work	0.2458	-	-
obs	0.2494	113282	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.592→19.963 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47312	0	385	0	47697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	48629
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.795	66044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.73	17568
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	7827
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	8381

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5917-3.6322	0.4053	154	0.3368	3002	X-RAY DIFFRACTION	84
3.6322-3.6747	0.4085	199	0.3247	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6747-3.7193	0.3921	188	0.3121	3625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7193-3.766	0.3904	193	0.3158	3564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.766-3.8152	0.3785	174	0.2984	3593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8152-3.8671	0.3577	207	0.2853	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8671-3.922	0.3533	187	0.2741	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.922-3.9801	0.3164	182	0.2757	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9801-4.0418	0.3855	206	0.2753	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0418-4.1075	0.3685	183	0.27	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1075-4.1777	0.3417	187	0.257	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1777-4.2529	0.3556	200	0.258	3555	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2529-4.3339	0.3235	186	0.2602	3623	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3339-4.4214	0.3387	183	0.2609	3639	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4214-4.5165	0.3548	193	0.2583	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5165-4.6203	0.3212	182	0.2576	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6203-4.7343	0.3775	204	0.271	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7343-4.8605	0.3167	187	0.2557	3613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8605-5.0014	0.3389	190	0.2364	3635	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0014-5.1601	0.3058	195	0.2421	3587	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1601-5.3412	0.3173	191	0.2553	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3412-5.5506	0.3444	194	0.2454	3642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5506-5.7973	0.3268	192	0.2467	3610	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7973-6.0947	0.3434	193	0.2454	3604	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0947-6.4644	0.3403	192	0.2471	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4644-6.9439	0.3208	190	0.2316	3623	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9439-7.6074	0.2926	186	0.2057	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6074-8.6294	0.2451	190	0.1849	3678	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6294-10.5945	0.2253	188	0.1821	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
10.5945-19.9638	0.2898	182	0.2525	3578	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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