PDB-4zjo: Crystal structure of AcrB triple mutant in complex with antibioti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zjo

タイトル

Crystal structure of AcrB triple mutant in complex with antibiotic in P21 space group

要素

Multidrug efflux pump subunit AcrB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Ababou, A. / Koronakis, V.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structures of Gate Loop Variants of the AcrB Drug Efflux Pump Bound by Erythromycin Substrate.
著者: Ababou, A. / Koronakis, V.

履歴

登録	2015年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zjo.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zjo.ent.gz	958.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zjo_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zjo_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	4zjo_validation.xml.gz	238.2 KB	表示
CIF形式データ	4zjo_validation.cif.gz	317.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zitC 4zivC 4ziwC 4zjlC 4zjqC 2gifS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zjl-2 4zit-1 4zjq-2 5lq3-1 4ziv-1 4ziw-1 4zjq-1 5t0o-d 5yil-d 3aob-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

D: Multidrug efflux pump subunit AcrB

E: Multidrug efflux pump subunit AcrB

F: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

686 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Multidrug efflux pump subunit AcrB

E: Multidrug efflux pump subunit AcrB

F: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.184, 156.769, 218.168
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B 分子量: 113426.883 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#2: 化合物	ChemComp-ERY / ERYTHROMYCIN A 分子量: 733.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₆₇NO₁₃ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.58 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→108.89 Å / Num. obs: 117756 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 3.6→3.79 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GIF

2gif

解像度: 3.6→19.957 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3067	5825	4.99 %
R_work	0.2378	-	-
obs	0.2414	116818	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→19.957 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47491	0	385	0	47876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	48813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.747	66296
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.55	17609
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	7859
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	8417

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5995-3.6402	0.4047	174	0.3258	3540	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6402-3.6827	0.4134	195	0.3131	3672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6827-3.7274	0.3681	196	0.2983	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7274-3.7742	0.3454	184	0.2884	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7742-3.8235	0.3574	212	0.2813	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8235-3.8756	0.3479	201	0.2815	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8756-3.9305	0.3623	194	0.2722	3673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9305-3.9887	0.3496	182	0.2889	3723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9887-4.0505	0.3721	208	0.2816	3661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0505-4.1164	0.31	187	0.2717	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1164-4.1867	0.348	193	0.2677	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1867-4.2621	0.3171	192	0.2576	3685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2621-4.3433	0.3161	207	0.2578	3689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3433-4.431	0.3213	192	0.2438	3685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.431-4.5263	0.3041	200	0.2496	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5263-4.6303	0.3198	186	0.2501	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6303-4.7446	0.3186	205	0.2442	3712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7446-4.871	0.3242	182	0.2415	3680	X-RAY DIFFRACTION	100
4.871-5.0122	0.3218	196	0.2373	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0122-5.1712	0.3379	192	0.2438	3722	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1712-5.3526	0.3101	196	0.25	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3526-5.5625	0.3652	193	0.2449	3699	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5625-5.8097	0.2986	195	0.2377	3739	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8097-6.1077	0.3134	203	0.2288	3683	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1077-6.478	0.3045	196	0.2256	3731	X-RAY DIFFRACTION	100
6.478-6.9584	0.3025	197	0.2127	3731	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9584-7.623	0.2742	193	0.1889	3738	X-RAY DIFFRACTION	100
7.623-8.6466	0.2162	186	0.1643	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6466-10.6137	0.1778	191	0.1661	3740	X-RAY DIFFRACTION	99
10.6137-19.9569	0.3196	197	0.2444	3722	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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