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- PDB-4zjm: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis LpqH (Rv3763) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zjm
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis LpqH (Rv3763)
要素(Lipoprotein LpqH) x 7
キーワードUNKNOWN FUNCTION / lipoprotein / virulence / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host immune response / bacterial extracellular vesicle / biological process involved in interaction with host / peptidoglycan-based cell wall / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / host cell surface receptor binding / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
19kDa lipoprotein antigen / Mycobacterium 19 kDa lipoprotein antigen / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.851 Å
データ登録者Arbing, M.A. / Chan, S. / Kuo, E. / Harris, L.R. / Zhou, T.T. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)23616-002-06 F3:02 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)TBSGC R01 (A1068135) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)TBSGC P01 (AI095208) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis LpqH (Rv3763)
著者: Arbing, M.A. / Chan, S. / Kuo, E. / Harris, L.R. / Zhou, T.T. / Eisenberg, D.
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein LpqH
B: Lipoprotein LpqH
C: Lipoprotein LpqH
D: Lipoprotein LpqH
E: Lipoprotein LpqH
F: Lipoprotein LpqH
G: Lipoprotein LpqH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,28728
ポリマ－83,3427
非ポリマー1,94521
水32418
1
A: Lipoprotein LpqH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3335
ポリマ－11,9561
非ポリマー3764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipoprotein LpqH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4757
ポリマ－11,9021
非ポリマー5726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lipoprotein LpqH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0673
ポリマ－11,8751
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lipoprotein LpqH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0073
ポリマ－11,8751
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Lipoprotein LpqH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0943
ポリマ－11,9021
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Lipoprotein LpqH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0943
ポリマ－11,9021
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Lipoprotein LpqH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2174
ポリマ－11,9291
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.370, 100.370, 239.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 7種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質 Lipoprotein LpqH / 19 kDa lipoprotein antigen


分子量: 11956.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpqH, Rv3763, MTV025.111 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: P9WK61
#2: タンパク質 Lipoprotein LpqH / 19 kDa lipoprotein antigen


分子量: 11902.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpqH, Rv3763, MTV025.111 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: P9WK61
#3: タンパク質 Lipoprotein LpqH / 19 kDa lipoprotein antigen


分子量: 11875.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpqH, Rv3763, MTV025.111 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: P9WK61
#4: タンパク質 Lipoprotein LpqH / 19 kDa lipoprotein antigen


分子量: 11875.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpqH, Rv3763, MTV025.111 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: P9WK61
#5: タンパク質 Lipoprotein LpqH / 19 kDa lipoprotein antigen


分子量: 11902.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpqH, Rv3763, MTV025.111 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: P9WK61
#6: タンパク質 Lipoprotein LpqH / 19 kDa lipoprotein antigen


分子量: 11902.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpqH, Rv3763, MTV025.111 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: P9WK61
#7: タンパク質 Lipoprotein LpqH / 19 kDa lipoprotein antigen


分子量: 11929.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpqH, Rv3763, MTV025.111 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: P9WK61

-
非ポリマー , 4種, 39分子

#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2:1 ratio of protein to reservoir solution (2 M ammonium sulfate). 200 nanoliter drop size. Protein buffer: 50 mM HEPES, pH 7.8, 150 mM NaCl.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→19.832 Å / Num. obs: 29240 / % possible obs: 99.87 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 69.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1181 / Net I/σ(I): 15.22
反射 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.494 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 98.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XIN

4xin


解像度: 2.851→19.832 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 2920 10.01 %Random
Rwork0.202 ---
obs0.2064 29178 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.4885 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.851→19.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5374 0 104 18 5496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1277528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1041879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046915
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006975
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.851-2.89770.39731320.3591187X-RAY DIFFRACTION97
2.8977-2.94750.41681370.34371227X-RAY DIFFRACTION99
2.9475-3.00090.43661330.31991197X-RAY DIFFRACTION99
3.0009-3.05840.33351380.31491242X-RAY DIFFRACTION100
3.0584-3.12060.381370.30181227X-RAY DIFFRACTION100
3.1206-3.18820.36851350.26841212X-RAY DIFFRACTION100
3.1882-3.2620.30551370.25761236X-RAY DIFFRACTION100
3.262-3.34330.3041380.22811254X-RAY DIFFRACTION100
3.3433-3.43320.26131350.2211216X-RAY DIFFRACTION100
3.4332-3.53370.29151380.21491233X-RAY DIFFRACTION100
3.5337-3.64710.22951380.20491247X-RAY DIFFRACTION100
3.6471-3.77650.24381380.19731230X-RAY DIFFRACTION100
3.7765-3.92660.22361390.18121256X-RAY DIFFRACTION100
3.9266-4.10380.23381390.16631246X-RAY DIFFRACTION100
4.1038-4.31810.2271400.16991266X-RAY DIFFRACTION100
4.3181-4.58550.17671410.15131260X-RAY DIFFRACTION100
4.5855-4.93450.17631390.14131253X-RAY DIFFRACTION100
4.9345-5.42190.20321420.15181276X-RAY DIFFRACTION100
5.4219-6.18550.23891440.20411297X-RAY DIFFRACTION100
6.1855-7.7160.26291460.2341316X-RAY DIFFRACTION100
7.716-19.8320.22141540.19471380X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38050.0672-0.7352.3551-1.42412.13360.1407-0.1816-0.0292-0.2313-0.0333-0.17060.02790.1580.00070.76180.06690.07060.46110.00530.689473.07390.7201103.2534
22.8088-0.1011-1.53621.21420.48263.9868-0.1245-0.03420.1289-0.14340.00640.10570.0117-0.09410.00020.7959-0.08060.03260.4850.00010.722873.328163.077897.5488
32.8799-0.0567-0.19312.88310.32852.48360.07440.2802-0.0691-0.3529-0.15690.3010.1237-0.92980.00010.8520.01170.03690.78540.01380.740157.49485.764496.7846
42.93960.60520.02312.3188-0.03762.8146-0.44-0.23360.36380.4060.78230.7302-0.4659-0.77150.02721.02510.5140.25631.1440.18310.967746.6511115.9858100.9651
52.84930.31540.30472.7035-1.35382.2420.1411-0.52910.44560.8935-0.18110.0751-1.1505-0.05390.00091.45880.2310.15870.7728-0.12590.823662.1548120.3606108.3719
63.80680.7591-0.62083.76430.07924.0217-0.00030.3842-0.1858-0.2386-0.22880.5905-0.127-0.91380.00170.698-0.0231-0.0320.956-0.06450.867449.463675.0577112.5901
73.69871.8034-1.58882.2591-1.40653.5350.1477-0.17920.2367-0.2974-0.01940.0571-0.3338-0.1704-0.00060.6384-0.02310.07490.7959-0.1290.726858.854188.5516133.698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 29:139 )A29 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 27:138 )B27 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 28:138 )C28 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 28:137 )D28 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 28:142 )E28 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 27:139 )F27 - 139
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND RESID 28:139 )G28 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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