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- PDB-4ziy: Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ziy
タイトルStructure of UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase from Acinetobacter baumannii
要素UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2 / 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate-D-alanyl-D-alanine ligase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase / MurE/MurF, N-terminal domain / MurE/MurF, N-terminal / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal ...: / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase / MurE/MurF, N-terminal domain / MurE/MurF, N-terminal / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase from Acinetobacter baumannii
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Clifton, M.C. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6006
ポリマ－51,8841
非ポリマー7175
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.090, 86.090, 131.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase


分子量: 51883.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア)
株: AB5075-UW / 遺伝子: murF, A591_A0258 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0A2TK68, UniProt: A0A0D5YEC3*PLUS, UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MCSG1 screen G4: 20% PEG 3350, 200mM Na-tartrate; AcbaC.00137.c.B1.PS02364 at 22.7mg/ml with 3mM MgCl2 and AMPPNP; Cryo: 20% EG + compounds; tray: 262682g4; puck rrn3-1; iodide data set was ...詳細: MCSG1 screen G4: 20% PEG 3350, 200mM Na-tartrate; AcbaC.00137.c.B1.PS02364 at 22.7mg/ml with 3mM MgCl2 and AMPPNP; Cryo: 20% EG + compounds; tray: 262682g4; puck rrn3-1; iodide data set was prepared by soaking a crystal from the same well in reservoir with 10%EG and 250mM NaI, and 20% EG and 500mM NaI

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.5418
シンクロトロンAPS 21-ID-G20.97856
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU SATURN 944+1CCD2015年4月17日
RAYONIX MX-3002CCD2015年4月17日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2[111]
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.978561
Reflection数: 227924 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.1 / D res high: 2.45 Å / Num. obs: 39759 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
10.965043610.027
7.7510.9681410.028
6.337.75106510.041
5.486.33123810.056
4.95.48142710.052
4.474.9154210.045
4.144.47171010.049
3.874.14183110.053
3.653.87194510.063
3.463.65204110.07
3.33.46216310.085
3.163.3229210.108
3.043.16233610.134
2.933.04249110.161
2.832.93250010.206
2.742.83260410.24
2.662.74274610.291
2.582.66277710.324
2.512.58284110.361
2.452.51296010.428
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 48643 / Num. obs: 48617 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 34.238 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.45 / Num. measured all: 359513
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.85-1.97.50.9280.5313.526494354635460.571100
1.9-1.950.960.3794.8725830346734660.408100
1.95-2.010.9750.2866.3425220337533750.307100
2.01-2.070.9870.2168.1824556328232820.232100
2.07-2.140.9910.17210.223553314431440.185100
2.14-2.210.9930.13712.4823221310131010.147100
2.21-2.290.9960.10815.4222072294529450.115100
2.29-2.390.9960.116.8721581288428840.107100
2.39-2.490.9970.0820.6620383272527250.086100
2.49-2.620.9980.06923.919863265626550.074100
2.62-2.760.9980.0626.5318579249524950.064100
2.76-2.930.9980.05430.2617689238223820.058100
2.93-3.130.9990.04635.0316636224322430.05100
3.13-3.380.9990.04139.1715335208820880.044100
3.38-3.70.9990.03643.4914027192319230.039100
3.7-4.140.9990.03546.412895178617840.03899.9
4.14-4.780.9990.03448.0611253156715660.03699.9
4.78-5.850.9990.03447.159441133713360.03799.9
5.85-8.270.9990.03347.037297106310630.035100
8.27-500.9980.03344.5435886346140.03696.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
ARP3.15モデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(dev_2006: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→37.682 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2021 2486 5.12 %Random selection
Rwork0.1734 ---
obs0.1749 48541 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.07 Å2 / Biso mean: 47.4615 Å2 / Biso min: 17.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→37.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3330 0 44 315 3689
Biso mean--38.8 45.16 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9664747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1191264
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8501-1.88570.26491190.260125472666100
1.8857-1.92420.26661350.2325172652100
1.9242-1.9660.28191380.211925402678100
1.966-2.01170.22131280.196425322660100
2.0117-2.0620.21911340.186725252659100
2.062-2.11780.21961340.186225292663100
2.1178-2.18010.23731500.17925042654100
2.1801-2.25040.22151260.177625502676100
2.2504-2.33090.22151350.175325702705100
2.3309-2.42420.22321090.172625512660100
2.4242-2.53450.19881560.176125512707100
2.5345-2.66810.20461700.181924892659100
2.6681-2.83520.21231420.178225592701100
2.8352-3.0540.21411310.182425892720100
3.054-3.36120.22751520.177325622714100
3.3612-3.84710.19311360.15625852721100
3.8471-4.84530.14231510.138826292780100
4.8453-37.68960.20081400.18532726286699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.76950.2123-0.24942.35550.35134.5460.0812-0.1209-0.2703-0.091-0.0868-0.15050.156-0.0115-0.00340.1844-0.019-0.01670.10450.01460.1936-9.523720.542627.3327
21.24380.7479-0.75641.2256-0.93371.84860.0692-0.00940.06310.0330.02630.0306-0.046-0.1214-0.08510.15760.02930.01480.182-0.0120.16433.393241.905618.1102
31.9087-0.07570.20281.3294-0.60872.57530.06720.25960.1229-0.04070.21120.30880.0901-0.7568-0.20890.2359-0.03010.01930.42540.08030.22520.808347.09480.6461
43.3023-0.7932-1.12072.46090.613.49790.1587-0.28610.62870.3984-0.10750.7907-0.3147-1.4465-0.0550.68290.03250.24231.38630.11590.8431-21.584356.98461.7798
52-4.327422-2.2881.99990.09160.1235-0.02150.9164-0.0503-0.69390.84380.7586-0.03670.909-0.42470.03231.3327-0.32291.6242-27.631941.6333-7.1031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 80 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 277 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 278 through 346 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 347 through 463 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 464 through 465 )A0

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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