PDB-4ziw: Crystal structure of AcrB deletion mutant in P21 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ziw

タイトル

Crystal structure of AcrB deletion mutant in P21 space group

要素

Multidrug efflux pump subunit AcrB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / AcrB / RND efflux pump / Bacterial multidrug resistance / Export mechanism

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.399 Å

データ登録者

Ababou, A. / Koronakis, V.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structures of Gate Loop Variants of the AcrB Drug Efflux Pump Bound by Erythromycin Substrate.
著者: Ababou, A. / Koronakis, V.

履歴

登録	2015年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ziw.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ziw.ent.gz	952.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ziw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ziw_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ziw_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4ziw_validation.xml.gz	241.2 KB	表示
CIF形式データ	4ziw_validation.cif.gz	323.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4ziw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4ziw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zitC 4zivC 4zjlC 4zjoC 4zjqC 2gifS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3aob-d 2v50-2 4zjq-1 1t9t-1 1oye-1 4zlj-1 4zit-2 4zjl-2 7kgg-d 6vkt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

D: Multidrug efflux pump subunit AcrB

E: Multidrug efflux pump subunit AcrB

F: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

682 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
341 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Multidrug efflux pump subunit AcrB

E: Multidrug efflux pump subunit AcrB

F: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
341 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.073, 157.781, 219.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B 分子量: 113085.523 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.24 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.399→109.55 Å / Num. obs: 142337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.4 % / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 17.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GIF

2gif

解像度: 3.399→19.998 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3493	7070	5 %
R_work	0.2749	-	-
obs	0.2787	141395	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.399→19.998 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47319	0	213	0	47532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	48455
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.89	65801
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.799	17538
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	7773
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	8380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3987-3.4371	0.3836	228	0.3365	4335	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4371-3.4774	0.4403	224	0.3432	4487	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4774-3.5195	0.4438	251	0.3504	4442	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5195-3.5638	0.4318	216	0.3317	4453	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5638-3.6105	0.3926	240	0.3206	4498	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6105-3.6596	0.3823	246	0.3102	4471	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6596-3.7116	0.4298	238	0.3241	4481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7116-3.7666	0.3801	233	0.3042	4475	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7666-3.8251	0.3823	242	0.2994	4424	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8251-3.8874	0.3915	223	0.3045	4481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8874-3.9539	0.3724	210	0.3021	4493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9539-4.0252	0.3893	253	0.3022	4464	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0252-4.102	0.3656	240	0.2954	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
4.102-4.185	0.3822	230	0.3002	4449	X-RAY DIFFRACTION	100
4.185-4.2751	0.3791	232	0.3012	4543	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2751-4.3735	0.3732	229	0.293	4456	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3735-4.4817	0.3737	237	0.291	4507	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4817-4.6015	0.3582	246	0.2843	4436	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6015-4.7351	0.3582	244	0.2744	4510	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7351-4.8858	0.3698	234	0.29	4462	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8858-5.0577	0.3834	226	0.2809	4488	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0577-5.2567	0.362	254	0.2801	4489	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2567-5.4912	0.364	234	0.283	4493	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4912-5.7741	0.3772	244	0.2718	4487	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7741-6.1261	0.3605	229	0.2713	4515	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1261-6.5834	0.3888	234	0.2667	4499	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5834-7.2175	0.3365	245	0.248	4514	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2175-8.1983	0.2809	234	0.2105	4523	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1983-10.1023	0.2358	248	0.1988	4534	X-RAY DIFFRACTION	100
10.1023-19.9981	0.2924	226	0.2521	4436	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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