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万見
- PDB-4zin: Genetically encoded Phenyl Azide Photochemistry Drive Positive an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zin
タイトルGenetically encoded Phenyl Azide Photochemistry Drive Positive and Negative Functional Modulation of a Red Fluorescent Protein
要素MCherry fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / mCherry / Photoactivation / Photodeactivation / Coloration / Fluorescence / Microscopy / Phenyl Azide / Non-canonical amino acids / Optogenetics / Synchrotron
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MCherry fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Anaplasma marginale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Reddington, S.C. / Driezis, S. / Hartley, A.M. / Watson, P.D. / Rizkallah, P.J. / Jones, D.D.
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2015
タイトル: Genetically encoded phenyl azide photochemistry drives positive and negative functional modulation of a red fluorescent protein
著者: Reddington, S.C. / Driezis, S. / Hartley, A.M. / Watson, P.D. / Rizkallah, P.J. / Jones, D.D.
履歴
登録2015年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_related / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MCherry fluorescent protein
B: MCherry fluorescent protein
C: MCherry fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,98410
ポリマ－74,3463
非ポリマー6387
水7,206400
1
A: MCherry fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9743
ポリマ－24,7821
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MCherry fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9743
ポリマ－24,7821
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MCherry fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0364
ポリマ－24,7821
非ポリマー2543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.280, 103.430, 150.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MCherry fluorescent protein


分子量: 24781.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaplasma marginale (バクテリア)
遺伝子: mCherry / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5DSL3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: Sitting drop / PH範囲: 7.9-8.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→51.71 Å / Num. obs: 79561 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 567722
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.67-1.717.20.8142.44145857700.7720.324100
7.47-51.716.40.03830.6659610240.9970.01699.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.77 Å51.72 Å
Translation4.77 Å51.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H5O

2h5o


解像度: 1.67→51.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2562 / WRfactor Rwork: 0.2102 / FOM work R set: 0.7972 / SU B: 5.909 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1144 / SU Rfree: 0.1152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 3874 4.9 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.208 75603 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.2 Å2 / Biso mean: 29.43 Å2 / Biso min: 13.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.38 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---2.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→51.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5235 0 34 400 5669
Biso mean--58.63 37.11 -
残基数----651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0195394
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.121.9857241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.925311660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0975642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.86924.699249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84115945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3581524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8391.932586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8291.9292585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4712.8873222
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 257 -
Rwork0.285 5508 -
all-5765 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.0184 Å / Origin y: -6.618 Å / Origin z: -33.0201 Å
111213212223313233
T0.1084 Å20.023 Å20.0202 Å2-0.0429 Å20.0081 Å2--0.0072 Å2
L0.1733 °20.0747 °20.0516 °2-0.3625 °2-0.1267 °2--0.0836 °2
S0.0066 Å °0.0699 Å °0.0131 Å °-0.0284 Å °0.0015 Å °0.0283 Å °0.005 Å °0.0316 Å °-0.0081 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 300
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 300
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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