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- PDB-4zil: Crystal structure of Rv2466c and oxidoreductase from Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zil
タイトルCrystal structure of Rv2466c and oxidoreductase from Mycobacterium tuberculosis in its reduced state
要素DSBA oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mycothiol-dependent nitroreductase Rv2466c / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin-like reductase Rv2466c
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.507 Å
データ登録者Albesa-Jove, D. / Urresti, S. / Comino, N. / Tersa, M. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Redox State Regulates the Conformation of Rv2466c to Activate the Antitubercular Prodrug TP053.
著者: Albesa-Jove, D. / Comino, N. / Tersa, M. / Mohorko, E. / Urresti, S. / Dainese, E. / Chiarelli, L.R. / Pasca, M.R. / Manganelli, R. / Makarov, V. / Riccardi, G. / Svergun, D.I. / Glockshuber, R. / Guerin, M.E.
履歴
登録2015年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Structure summary
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DSBA oxidoreductase
B: DSBA oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2043
ポリマ－49,1792
非ポリマー241
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.649, 46.814, 104.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DSBA oxidoreductase


分子量: 24589.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (H37Rv) (結核菌)
遺伝子: Rv2466c, RVBD_2466c, LH57_13485, P425_02568 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: O53193
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M Magnesium chloride, and 17% (w/v) PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.507→40.26 Å / Num. all: 60530 / Num. obs: 60530 / % possible obs: 98.29 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 11.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09497 / Net I/σ(I): 10.47
反射 シェル解像度: 1.507→1.561 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6503 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / % possible all: 85.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NXI

4nxi


解像度: 1.507→40.256 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 15.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1762 3035 5.01 %Random selection
Rwork0.1314 ---
obs0.1337 60530 98.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.507→40.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3272 0 1 426 3699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1534836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.91259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5068-1.53030.2509950.23131719X-RAY DIFFRACTION67
1.5303-1.55540.26121260.17282678X-RAY DIFFRACTION100
1.5554-1.58220.23881440.15862619X-RAY DIFFRACTION100
1.5822-1.6110.21821430.14632666X-RAY DIFFRACTION100
1.611-1.6420.20951280.13292637X-RAY DIFFRACTION100
1.642-1.67550.21241530.12412651X-RAY DIFFRACTION100
1.6755-1.71190.20591310.11852637X-RAY DIFFRACTION100
1.7119-1.75170.20081430.11992619X-RAY DIFFRACTION100
1.7517-1.79550.18551390.11742665X-RAY DIFFRACTION100
1.7955-1.84410.18141230.11582666X-RAY DIFFRACTION100
1.8441-1.89840.17041420.11222635X-RAY DIFFRACTION100
1.8984-1.95960.16671410.11732656X-RAY DIFFRACTION100
1.9596-2.02970.18041380.11362680X-RAY DIFFRACTION100
2.0297-2.11090.17811390.11072615X-RAY DIFFRACTION100
2.1109-2.2070.17631420.11222651X-RAY DIFFRACTION100
2.207-2.32330.17011410.11322655X-RAY DIFFRACTION100
2.3233-2.46890.1771430.11592662X-RAY DIFFRACTION100
2.4689-2.65950.16711400.12562641X-RAY DIFFRACTION99
2.6595-2.9270.18841450.13392676X-RAY DIFFRACTION99
2.927-3.35040.17271360.13862668X-RAY DIFFRACTION100
3.3504-4.22040.15051330.12652686X-RAY DIFFRACTION100
4.2204-40.27070.14581700.17022713X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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