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- PDB-4zia: Crystal Structure of STAT3 N-terminal domain -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 4zia
タイトルCrystal Structure of STAT3 N-terminal domain
要素Signal transducer and activator of transcription 3
キーワードTRANSCRIPTION / STAT N-terminal domain
機能・相同性
機能・相同性情報


STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / MET activates STAT3 / Interleukin-37 signaling / Interleukin-10 signaling / PTK6 Activates STAT3 / Signaling by ALK / Interleukin-21 signaling / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interleukin-15 signaling ...STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / MET activates STAT3 / Interleukin-37 signaling / Interleukin-10 signaling / PTK6 Activates STAT3 / Signaling by ALK / Interleukin-21 signaling / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interleukin-15 signaling / RNA sequestering activity / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-23 signaling / Interleukin-27 signaling / Interleukin-6 signaling / radial glial cell differentiation / negative regulation of primary miRNA processing / Downstream signal transduction / Interleukin-35 Signalling / retinal rod cell differentiation / Interleukin-7 signaling / Signaling by SCF-KIT / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / T-helper 17 type immune response / negative regulation of neuron migration / PKR-mediated signaling / negative regulation of inflammatory response to wounding / primary miRNA binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / cellular response to interleukin-17 / T-helper 17 cell lineage commitment / response to leptin / regulation of feeding behavior / sexual reproduction / interleukin-9-mediated signaling pathway / nuclear glucocorticoid receptor binding / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to hypoxia / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / interleukin-2-mediated signaling pathway / acetylation-dependent protein binding / cellular response to leptin stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / interleukin-23-mediated signaling pathway / postsynapse to nucleus signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / astrocyte differentiation / regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / phosphorylation / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / eating behavior / temperature homeostasis / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / lncRNA binding / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / somatic stem cell population maintenance / regulation of multicellular organism growth / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / energy homeostasis / positive regulation of phagocytosis / signaling adaptor activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of autophagy / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein sequestering activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / acute-phase response / positive regulation of interleukin-8 production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / mRNA transcription by RNA polymerase II / modulation of chemical synaptic transmission / cytokine-mediated signaling pathway / chromatin DNA binding / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / Schaffer collateral - CA1 synapse / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / positive regulation of angiogenesis / protein import into nucleus / positive regulation of tumor necrosis factor production / glucose homeostasis / response to estradiol / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / protein phosphatase binding / transcription regulator complex
類似検索 - 分子機能
Transcription Factor, Stat-4 / STAT transcription factor, N-terminal domain / STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain ...Transcription Factor, Stat-4 / STAT transcription factor, N-terminal domain / STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / NICKEL (II) ION / Signal transducer and activator of transcription 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hu, T. / Chopra, R.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2015
タイトル: Impact of the N-Terminal Domain of STAT3 in STAT3-Dependent Transcriptional Activity.
著者: Hu, T. / Yeh, J.E. / Pinello, L. / Jacob, J. / Chakravarthy, S. / Yuan, G.C. / Chopra, R. / Frank, D.A.
履歴
登録2015年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 3
B: Signal transducer and activator of transcription 3
C: Signal transducer and activator of transcription 3
D: Signal transducer and activator of transcription 3
E: Signal transducer and activator of transcription 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2048
ポリマ－76,0755
非ポリマー1293
水1,13563
1
A: Signal transducer and activator of transcription 3
B: Signal transducer and activator of transcription 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4893
ポリマ－30,4302
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
2
C: Signal transducer and activator of transcription 3
D: Signal transducer and activator of transcription 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4763
ポリマ－30,4302
非ポリマー461
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
3
E: Signal transducer and activator of transcription 3
ヘテロ分子

E: Signal transducer and activator of transcription 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4794
ポリマ－30,4302
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_646y+1,x-1,-z+7/41
Buried area2050 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.012, 109.012, 154.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-201-

NI

21E-201-

MG

31B-310-

HOH

41C-204-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Signal transducer and activator of transcription 3 / Acute-phase response factor


分子量: 15215.049 Da / 分子数: 5 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 3-127) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Stat3, Aprf / プラスミド: pNAT40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42227
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 26131 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 1BGF

1bgf


解像度: 2.7→20 Å / FOM work R set: 0.8022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 1329 5.1 %
Rwork0.2362 24802 -
obs-26131 100 %
溶媒の処理Bsol: 46.352 Å2
原子変位パラメータBiso max: 113.94 Å2 / Biso mean: 59.0826 Å2 / Biso min: 15.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.27 Å20 Å20 Å2
2---5.27 Å20 Å2
3---10.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5081 0 5 63 5149
Biso mean--48.74 41.99 -
残基数----601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.081
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0752
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3272.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7-2.740.3816560.3598913969
2.74-2.770.3716540.3376933987
2.77-2.810.4425550.3317932987
2.81-2.850.467490.3175931980
2.85-2.90.3263400.3028946986
2.9-2.950.3513590.30159461005
2.95-30.3061460.3039929975
3-3.050.2896430.2818939982
3.05-3.110.399520.2812940992
3.11-3.170.3213450.3034944989
3.17-3.240.3358390.2643944983
3.24-3.320.2441650.23989571022
3.32-3.40.2596620.2493913975
3.4-3.490.2808520.259501002
3.49-3.590.2607520.22769541006
3.59-3.710.2642520.22219551007
3.71-3.840.2618500.2032932982
3.84-3.990.2383650.21549441009
3.99-4.170.2176520.20349591011
4.17-4.390.2075510.19259681019
4.39-4.660.2408450.19389611006
4.66-5.020.2458610.20579611022
5.02-5.510.2719450.24829811026
5.51-6.290.2866390.279510001039
6.29-7.840.325520.232710181070
7.84-200.2018480.186810521100
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5fmt.paramfmt.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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