PDB-4zi5: Crystal Structure of Dienelactone Hydrolase-like Promiscuous Phos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zi5

タイトル

Crystal Structure of Dienelactone Hydrolase-like Promiscuous Phospotriesterase P91 from Metagenomic Libraries

要素

P91

キーワード

HYDROLASE / Metagenomic Libraries / alpha/beta Hydrolase / Promiscuity / Phosphotriesterase

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Colin, P.-Y. / Fischer, G. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Ultrahigh-throughput discovery of promiscuous enzymes by picodroplet functional metagenomics.
著者: Colin, P.Y. / Kintses, B. / Gielen, F. / Miton, C.M. / Fischer, G. / Mohamed, M.F. / Hyvonen, M. / Morgavi, D.P. / Janssen, D.B. / Hollfelder, F.

履歴

登録	2015年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zi5.cif.gz	114.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zi5.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zi5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zi5_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zi5_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	4zi5_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	4zi5_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4zi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4zi5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f67S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s0h-d 1h0b-d 3cu2-d 5zm4-1 2yek-d 2xmh-3 2bdq-d 4a9o-d 4dhe-d 7k3d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P91

B: P91

ヘテロ分子

53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.613, 73.414, 113.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 237 / Label seq-ID: 12 - 250

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	P91 分子量: 26867.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pASKIBA5+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: aryldialkylphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 % / 解説: shard-like plates
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH=8.5, 0.2M MgCl2, 20% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.91882 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91882 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.702→61.57 Å / Num. obs: 45156 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.702→1.708 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.454 / % possible all: 55.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
XDS	(VERSION January 10	データ削減
Aimless	(version 0.3.8)	データスケーリング
PHASER		位相決定
autoPROC		データ削減
CCP4	6.4	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F67

3f67

解像度: 1.702→61.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.654 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20744	2180	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18263	-	-	-
obs	0.18385	42939	87.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.248 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.48 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.702→61.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3586	0	3	456	4045

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 28118 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	137	-
R_work	0.318	2650	-
obs	-	-	73.83 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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