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万見
- PDB-4zht: Crystal structure of UDP-GlcNAc 2-epimerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zht
タイトルCrystal structure of UDP-GlcNAc 2-epimerase
要素Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
キーワードISOMERASE / Inhibitor / Complex / Epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GNE causes sialuria, NK and IBM2 / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (hydrolysing) / N-acetylglucosamine biosynthetic process / N-acetylneuraminate biosynthetic process / N-acylmannosamine kinase activity / N-acylmannosamine kinase / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / glycosylation / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process ...Defective GNE causes sialuria, NK and IBM2 / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (hydrolysing) / N-acetylglucosamine biosynthetic process / N-acetylneuraminate biosynthetic process / N-acylmannosamine kinase activity / N-acylmannosamine kinase / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / glycosylation / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / Sialic acid metabolism / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase,UDP-hydrolysing / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-mannopyranose / Chem-NCC / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Chen, S.C. / Yang, C.S. / Ko, T.P. / Chen, Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Mechanism and inhibition of human UDP-GlcNAc 2-epimerase, the key enzyme in sialic acid biosynthesis.
著者: Chen, S.C. / Huang, C.H. / Lai, S.J. / Yang, C.S. / Hsiao, T.H. / Lin, C.H. / Fu, P.K. / Ko, T.P. / Chen, Y.
履歴
登録2015年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
B: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
C: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
D: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,59613
ポリマ－188,3014
非ポリマー4,2969
水5,963331
1
A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
B: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子

A: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
B: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,37512
ポリマ－188,3014
非ポリマー4,0748
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area19750 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area49730 Å2
手法PISA
2
C: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
D: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子

C: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
D: Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,81814
ポリマ－188,3014
非ポリマー4,51710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area20480 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area49470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.041, 98.102, 154.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-667-

HOH

21B-644-

HOH

31B-662-

HOH

41B-664-

HOH

51C-635-

HOH

61C-648-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGCYSCYSAA8 - 3888 - 388
21ARGARGCYSCYSBB8 - 3888 - 388
12ASNASNPHEPHEAA7 - 3877 - 387
22ASNASNPHEPHECC7 - 3877 - 387
13ARGARGPHEPHEAA8 - 3898 - 389
23ARGARGPHEPHEDD8 - 3898 - 389
14ARGARGPHEPHEBB8 - 3878 - 387
24ARGARGPHEPHECC8 - 3878 - 387
15ARGARGCYSCYSBB8 - 3888 - 388
25ARGARGCYSCYSDD8 - 3888 - 388
16ARGARGPHEPHECC8 - 3878 - 387
26ARGARGPHEPHEDD8 - 3878 - 387

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase / UDP-GlcNAc-2-epimerase/ManAc kinase


分子量: 47075.207 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1-405 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNE, GLCNE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9Y223, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (hydrolysing)
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-NCC / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-5-N-ACETYLNEURAMINIC ACID / CMP-Neu5Ac


分子量: 614.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N4O16P
#4: 糖 ChemComp-BM7 / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-mannopyranose / N-acetyl-beta-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-mannose / 2-(acetylamino)-2-deoxy-beta-D-mannopyranose / N-アセチル-β-D-マンノサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DManpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-mannopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.1, 19% PEG 3350
PH範囲: 7.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→30 Å / Num. obs: 43536 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 14.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.69→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 27.699 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22509 2183 5 %RANDOM
Rwork0.18881 ---
obs0.19061 41334 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.448 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.97 Å20 Å20.74 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----2.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.69→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12071 0 279 331 12681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01912587
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0212234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.64217034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.405328155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.86551528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95723.736554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.096152106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4311588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9744.4016124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9734.4016123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3356.67648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3356.6017649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.334.7526463
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.334.7526464
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7837.0189387
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.56835.33913387
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.55535.29413367
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A491620.07
12B491620.07
21A493360.06
22C493360.06
31A496260.06
32D496260.06
41B492040.06
42C492040.06
51B495000.06
52D495000.06
61C491620.07
62D491620.07
LS精密化 シェル解像度: 2.694→2.764 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 151 -
Rwork0.293 2940 -
obs--96.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8026-0.1184-0.79461.15090.08851.9916-0.01610.26780.1219-0.19070.0840.0091-0.32-0.1171-0.06790.6671-0.0541-0.07090.12840.00050.02430.423968.528752.6858
21.99810.0542-0.50141.30660.32841.2272-0.09210.3719-0.2967-0.2066-0.02920.32810.0283-0.50180.12130.4835-0.0488-0.13610.2278-0.04620.1524-31.634850.914566.3786
31.36550.07070.45232.39740.56261.87960.0933-0.0523-0.28490.20040.1798-0.4825-0.29280.2569-0.27320.2117-0.0871-0.02330.1417-0.05190.158215.98938.348513.3363
41.0892-0.12340.44623.37640.29932.32290.4062-0.242-0.39640.93060.03190.07060.4457-0.1476-0.43810.4686-0.1254-0.21270.10760.17510.30470.1063.302120.8672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 390
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 389
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 388
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 390

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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