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- PDB-4zhr: Structure of HIV-1 RT Q151M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zhr
タイトルStructure of HIV-1 RT Q151M mutant
要素
  • RT p51 subunit
  • RT p66 subunit
キーワードTRANSFERASE / HIV-1 reverse transcriptase / closed conformation / Q151M
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Nakamura, A. / Tamura, N. / Yasutake, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Health, Labour and Welfare 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the HIV-1 reverse transcriptase Q151M mutant: insights into the inhibitor resistance of HIV-1 reverse transcriptase and the structure of the nucleotide-binding pocket of ...タイトル: Structure of the HIV-1 reverse transcriptase Q151M mutant: insights into the inhibitor resistance of HIV-1 reverse transcriptase and the structure of the nucleotide-binding pocket of Hepatitis B virus polymerase.
著者: Nakamura, A. / Tamura, N. / Yasutake, Y.
履歴
登録2015年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RT p66 subunit
B: RT p51 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,9412
ポリマ－115,9412
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area46790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.737, 145.737, 118.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 RT p66 subunit


分子量: 64677.332 Da / 分子数: 1 / 変異: Q151M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pCDF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL
参照: UniProt: P12497*PLUS, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 RT p51 subunit


分子量: 51264.039 Da / 分子数: 1 / 変異: T215I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL
参照: UniProt: P12497*PLUS, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The gene encoding HIV-1 RT used in this study is originated from the HIV-1 clone pNL4-3 (GenBank ...The gene encoding HIV-1 RT used in this study is originated from the HIV-1 clone pNL4-3 (GenBank ID, M19921.2).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 9% PEG 8000, 0.2M imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 44912 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RTH

1rth


解像度: 2.601→47.704 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 2258 5.03 %
Rwork0.2031 --
obs0.2049 44866 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→47.704 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7871 0 0 38 7909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54110980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9953063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0221189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.601-2.65760.33811400.30442596X-RAY DIFFRACTION99
2.6576-2.71940.31351350.28262634X-RAY DIFFRACTION100
2.7194-2.78740.34131370.27582627X-RAY DIFFRACTION100
2.7874-2.86280.34471370.25672661X-RAY DIFFRACTION100
2.8628-2.9470.28651320.27052631X-RAY DIFFRACTION100
2.947-3.04210.29351540.26072643X-RAY DIFFRACTION100
3.0421-3.15080.32981370.26312644X-RAY DIFFRACTION100
3.1508-3.27690.33581510.25832654X-RAY DIFFRACTION100
3.2769-3.4260.32231370.25412645X-RAY DIFFRACTION100
3.426-3.60660.25861610.24482646X-RAY DIFFRACTION100
3.6066-3.83250.26691440.22262660X-RAY DIFFRACTION100
3.8325-4.12820.24341250.19652654X-RAY DIFFRACTION100
4.1282-4.54340.20611400.17642692X-RAY DIFFRACTION100
4.5434-5.20010.19921460.16812686X-RAY DIFFRACTION100
5.2001-6.54890.21331520.18952709X-RAY DIFFRACTION100
6.5489-47.71160.15551300.14882826X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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