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万見
- PDB-4zhd: Siderocalin-mediated recognition and cellular uptake of actinides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zhd
タイトルSiderocalin-mediated recognition and cellular uptake of actinides
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードMetal Binding Protein/inhibitor / Metal Binding Protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4OZ / PLUTONIUM ION / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Allred, B.E. / Rupert, P.B. / Gauny, S.S. / An, D.D. / Ralston, C.Y. / Sturzbecher-Hoehne, M. / Strong, R.K. / Abergel, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Siderocalin-mediated recognition, sensitization, and cellular uptake of actinides.
著者: Allred, B.E. / Rupert, P.B. / Gauny, S.S. / An, D.D. / Ralston, C.Y. / Sturzbecher-Hoehne, M. / Strong, R.K. / Abergel, R.J.
履歴
登録2015年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年9月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,06013
ポリマ－62,1023
非ポリマー1,95810
水1,72996
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3204
ポリマ－20,7011
非ポリマー6193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2283
ポリマ－20,7011
非ポリマー5272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5126
ポリマ－20,7011
非ポリマー8115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.589, 114.589, 118.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-337-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPAA6 - 1768 - 178
21ASPASPBB6 - 1768 - 178
12THRTHRAA4 - 1766 - 178
22THRTHRCC4 - 1766 - 178
13ASPASPBB6 - 1768 - 178
23ASPASPCC6 - 1768 - 178

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / ...NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin LCN2 / p25


分子量: 20700.564 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 23-197 / 変異: C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P80188

-
非ポリマー , 5種, 106分子

#2: 化合物 ChemComp-4PU / PLUTONIUM ION


分子量: 244.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pu
#3: 化合物 ChemComp-4OZ / methyl N-(2,3-dihydroxybenzoyl)-O-formyl-L-serinate


タイプ: peptide-like / 分子量: 283.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 / 詳細: NaCl, Li2SO4, Acetate, Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 49864 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.804 / Net I/av σ(I): 38.243 / Net I/σ(I): 22.1 / Num. measured all: 472916
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.097.30.36823411.62395.3
2.09-2.129.10.30424791.568100
2.12-2.169.70.27924621.58100
2.16-2.219.80.24624851.63499.9
2.21-2.269.70.22824711.78999.9
2.26-2.319.80.20324571.84899.9
2.31-2.379.70.17924841.82399.9
2.37-2.439.70.15624971.89199.8
2.43-2.59.70.13724901.93799.8
2.5-2.589.70.12424832.00599.8
2.58-2.689.70.10924732.03399.6
2.68-2.789.70.08924952.06299.5
2.78-2.919.70.08225062.17299.4
2.91-3.069.70.06824791.87499.4
3.06-3.259.70.06125071.80299.2
3.25-3.519.60.05425091.75899.1
3.51-3.869.60.05525231.53498.9
3.86-4.429.50.05825271.65498.5
4.42-5.569.20.04725491.64198.1
5.56-508.90.03726471.76595.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0049位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LM6

1lm6


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2299 / WRfactor Rwork: 0.2149 / FOM work R set: 0.8567 / SU B: 6.901 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.1621 / SU Rfree: 0.1429 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 2526 5.1 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.2047 47305 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116 Å2 / Biso mean: 44.457 Å2 / Biso min: 18.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4144 0 85 96 4325
Biso mean--59.2 37.9 -
残基数----521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.024358
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.9755925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75439328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1765526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59924.188191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8415702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6871518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7172.2012089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7112.22088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5233.2752608
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A9397
12B9397
21A9498
22C9498
31B9636
32C9636
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 188 -
Rwork0.223 3357 -
all-3545 -
obs--97.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6265-1.25360.35383.1680.31131.99260.17290.10.05570.0333-0.1149-0.0669-0.0608-0.1752-0.05810.0670.06310.01840.0866-0.0030.085630.223774.819457.5249
22.8729-0.75690.35393.80570.91083.05450.10870.11470.05590.0771-0.12220.2317-0.1693-0.34410.01340.2953-0.0501-0.00160.3931-0.00340.215753.701897.500633.7849
32.8171-0.43690.22542.0247-0.37012.555-0.020.1268-0.1871-0.1292-0.0171-0.00840.265-0.03340.03710.0339-0.00750.01180.0125-0.01870.028747.179946.648342.0043
4000000000.00010000000.24920.0408-0.00150.30630.05430.27627.864576.944465.6131
5000000000.000300-0.0002-0.00050.000200.7305-0.03950.09320.68350.08990.563356.369105.773935.7936
60000000-0.00010.000400.0001-0.0004-0.00010.0001-0.00010.1708-0.21820.06130.449-0.50421.087448.264938.553742.0537
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 177
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 177
4X-RAY DIFFRACTION4A200
5X-RAY DIFFRACTION5B200
6X-RAY DIFFRACTION6C200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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