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万見
- PDB-4zgv: The Crystal Structure of the Ferredoxin Receptor FusA from Pectob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zgv
タイトルThe Crystal Structure of the Ferredoxin Receptor FusA from Pectobacterium atrosepticum SCRI1043
要素Ferredoxin receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Beta-barrel / TonB-dependent receptor / Iron-transporter / Outer membrane
機能・相同性TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / cell outer membrane / TonB-dependent receptor plug domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Grinter, R. / Josts, I. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Walker, D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of the bacterial plant-ferredoxin receptor FusA.
著者: Grinter, R. / Josts, I. / Mosbahi, K. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Bonvin, A.M. / Milner, J.J. / Kelly, S.M. / Byron, O. / Smith, B.O. / Walker, D.
履歴
登録2015年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin receptor
B: Ferredoxin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,2018
ポリマ－195,5732
非ポリマー1,6286
水362
1
A: Ferredoxin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1226
ポリマ－97,7871
非ポリマー1,3365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferredoxin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0792
ポリマ－97,7871
非ポリマー2921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.274, 79.886, 137.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin receptor


分子量: 97786.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
株: SCRI 1043 / ATCC BAA-672 / 遺伝子: ECA0878 / プラスミド: pETFA1043 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6D8U4
#2: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.23 %
解説: Long thin needles, up to 1 mM by 50 uM. Very fragile, bent easily, difficult to handle
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 11-14 % PVP, 14 % PEG 2000 MME, 0.1 Tris, 0.05 M MgCl2 pH 7.5, with a FusA concentration of 15 mg.ml-1 in 50 mM Tris, 200 mM NaCl, 0.8-1 % (v/v) beta-OG, 0.4 % LDAO pH 7.9, at 289 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月7日
放射モノクロメーター: Silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.95 Å / Num. obs: 49734 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→48.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 58.57 / SU ML: 0.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.464 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2511 5.1 %RANDOM
Rwork0.21834 ---
obs0.221 47173 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.354 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å20 Å2-0.13 Å2
2--4.16 Å2-0 Å2
3----2.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12900 0 112 2 13014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213378
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0211872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.93318164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.041327331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.69651616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.55624.414691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.156152052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9051570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02115568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0095.4396470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0065.4396469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9378.1638084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9378.1638085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3945.8526908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3885.8526908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6368.64410081
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.32144.27514428
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.32344.28214429
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 159 -
Rwork0.374 3453 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2278-0.04080.05180.55940.06831.06320.04510.19520.2854-0.1202-0.1704-0.0318-0.12970.07430.12530.04070.0260.00550.27450.02450.093537.575318.708748.896
21.07840.1327-0.70220.94360.29431.40880.14840.3230.0831-0.1319-0.16690.2319-0.1743-0.38450.01850.04920.0478-0.02680.3682-0.01840.0915-28.957418.82521.311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A59 - 867
2X-RAY DIFFRACTION2B59 - 867

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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