PDB-4zg4: Myosin Vc Pre-powerstroke

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zg4

タイトル

Myosin Vc Pre-powerstroke

要素

myosin-Vc

キーワード

MOTOR PROTEIN / myosin / pre-powerstroke

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle transport along actin filament / myosin complex / microfilament motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / vesicle / calmodulin binding / extracellular exosome / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Ropars, V. / Pylypenko, O. / Sweeney, L. / Houdusse, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Force-producing ADP state of myosin bound to actin.
著者: Wulf, S.F. / Ropars, V. / Fujita-Becker, S. / Oster, M. / Hofhaus, G. / Trabuco, L.G. / Pylypenko, O. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A.M. / Schroder, R.R.

履歴

登録	2015年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zg4.cif.gz	805.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zg4.ent.gz	673.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zg4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zg4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4zg4_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	4zg4_validation.cif.gz	76.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zg4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2vomS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5n6a-d 5hmp-1 1w9k-d 2hdi-d 3myh-d 4e7z-1 4pjk-d 3myk-d 1yv3-d 4h2x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (11) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (7) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (11)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (7)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)
#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

B: myosin-Vc

E: myosin-Vc

ヘテロ分子

177 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: myosin-Vc

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: myosin-Vc

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.280, 67.320, 133.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BE

#1: タンパク質	myosin-Vc 分子量: 87913.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO5C 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NQX4

-
非ポリマー , 5種, 608分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-VO4 / VANADATE ION 分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO₄
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG8k, 50 mM MES, pH 6.5, 1% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→49.536 Å / Num. obs: 81862 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.25
反射シェル	解像度: 2.36→2.5 Å / R_merge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vom

2vom

解像度: 2.36→49.536 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	4093	5 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1749	81819	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→49.536 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10951	0	70	601	11622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11282
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.73	15335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.645	4050
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1716
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1995

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3602-2.388	0.2834	131	0.2477	2479	X-RAY DIFFRACTION	91
2.388-2.4171	0.258	141	0.2302	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4171-2.4477	0.2522	138	0.2172	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4477-2.4799	0.2892	141	0.2126	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4799-2.5139	0.2418	141	0.2077	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5139-2.5498	0.2434	139	0.2082	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5498-2.5878	0.2534	142	0.199	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5878-2.6283	0.2418	141	0.1864	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6283-2.6714	0.2292	140	0.1801	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6714-2.7174	0.222	141	0.1826	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7174-2.7668	0.2464	140	0.1889	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7668-2.82	0.2266	140	0.1791	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.8776	0.2339	142	0.1846	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8776-2.9402	0.2666	142	0.1888	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9402-3.0086	0.2442	140	0.1991	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0086-3.0838	0.2265	141	0.1999	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0838-3.1671	0.2302	143	0.1877	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1671-3.2603	0.2595	140	0.1892	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2603-3.3655	0.2288	142	0.1865	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3655-3.4858	0.2243	140	0.1793	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4858-3.6253	0.22	141	0.1731	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6253-3.7903	0.2094	143	0.1669	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7903-3.99	0.1995	142	0.1664	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-4.2399	0.2089	143	0.1488	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2399-4.567	0.1766	141	0.1416	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.567-5.0262	0.1902	143	0.1385	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0262-5.7526	0.2082	143	0.1642	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7526-7.244	0.2054	144	0.1971	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
7.244-49.5466	0.1785	148	0.1651	2775	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6844	0.3523	-0.0981	0.7156	0.2121	0.8568	0.0759	0.2047	0.395	0.0076	-0.1134	-0.1761	-0.2094	0.3108	0	0.4983	-0.1003	-0.0265	0.5606	0.1249	0.6301	31.2311	20.0165	12.9627
2	0.7621	0.6515	-0.3102	0.6902	-0.235	0.8645	-0.0202	0.2249	-0.0268	-0.0007	-0.0467	-0.0045	-0.0392	0.0414	-0	0.4552	0.0108	-0.007	0.4862	-0.0087	0.4137	6.5793	-2.5724	9.056
3	1.2849	0.0723	-0.1166	0.796	0.0913	0.1994	0.0485	0.2334	-0.2165	0.0716	-0.0459	0.1435	0.1209	-0.2232	-0	0.5305	-0.0401	0.012	0.4002	-0.0722	0.4915	-6.8221	-17.1684	19.017
4	1.7769	0.7578	-0.3209	1.0784	-0.0633	0.6637	0.1026	-0.0794	-0.2666	0.1823	-0.1393	-0.2648	0.082	0.2413	0	0.4833	0.0265	-0.0587	0.4569	0.0279	0.4547	20.1426	-5.4678	23.5659
5	0.006	0.0172	-0.006	0.0227	-0.0541	0.0488	0.5475	1.0015	-0.1562	-0.995	-0.2965	-0.5484	-0.1443	0.0311	0	1.1305	0.1864	0.1452	1.7985	-0.1269	1.3014	55.6089	5.9401	1.1864
6	0.0072	0.1018	-0.1397	0.4211	-0.0902	0.3035	0.1657	0.0472	0.0423	0.0797	0.175	0.2786	0.4039	-0.3047	0	0.7211	-0.1767	-0.0033	0.7812	0.2121	0.7308	-46.2622	-29.1908	58.7183
7	0.7796	0.5203	0.4132	1.4682	-0.559	1.2352	-0.0108	-0.08	-0.0221	-0.0431	0.2451	0.3377	0.0263	-0.4762	0.0003	0.3772	0.0013	-0.0008	0.5851	0.0902	0.5197	-42.3441	-1.8962	32.4731
8	0.5322	0.1173	-0.6435	1.2692	-0.2511	0.8491	0.0431	0.3438	0.039	-0.0811	0.0365	-0.1053	-0.2644	-0.0473	0.0004	0.5746	0.0058	-0.0178	0.3935	0.0621	0.5073	-19.6417	15.3466	25.4915
9	1.7399	0.4859	-0.1995	1.2989	-0.6226	1.3459	0.0026	-0.3408	0.1346	0.3997	0.1251	0.2048	-0.3259	-0.3562	-0	0.5971	0.0993	0.0699	0.6036	-0.016	0.4694	-33.2992	3.9881	48.7385
10	0.081	0.0607	-0.0139	0.0812	-0.0731	0.0548	0.4276	0.1225	-0.1159	-0.6281	-0.327	0.6158	0.0818	0.229	-0.0001	0.8819	0.162	0.0309	1.7985	0.0864	1.2559	-76.0821	-7.7688	59.1357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 166 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 167 through 298 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 299 through 390 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 391 through 684 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 685 through 752 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 1 through 103 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 104 through 298 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 299 through 390 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 391 through 682 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 683 through 754 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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