ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Aimless | | データスケーリング | SHARP | | 位相決定 | PHENIX | | 精密化 | PDB_EXTRACT | 3.15 | データ抽出 | XDS | | データ削減 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→53.986 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.26 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1675 | 3535 | 4.9 % |
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Rwork | 0.1467 | 68604 | - |
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obs | 0.1477 | 72139 | 89.42 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 52.17 Å2 / Biso mean: 15.8101 Å2 / Biso min: 8.53 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→53.986 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1550 | 0 | 38 | 206 | 1794 |
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Biso mean | - | - | 24.13 | 23.76 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 207 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 1727 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.174 | 2341 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.047 | 247 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 312 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d11.273 | 642 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.2-1.2164 | 0.2459 | 118 | 0.2134 | 2384 | 2502 | 79 | 1.2164-1.2338 | 0.2237 | 134 | 0.2073 | 2410 | 2544 | 80 | 1.2338-1.2522 | 0.2365 | 110 | 0.1851 | 2433 | 2543 | 80 | 1.2522-1.2718 | 0.2118 | 133 | 0.1773 | 2403 | 2536 | 80 | 1.2718-1.2927 | 0.1836 | 124 | 0.1655 | 2455 | 2579 | 81 | 1.2927-1.315 | 0.1963 | 140 | 0.1659 | 2485 | 2625 | 82 | 1.315-1.3389 | 0.2165 | 131 | 0.1569 | 2467 | 2598 | 83 | 1.3389-1.3646 | 0.2025 | 117 | 0.1464 | 2572 | 2689 | 84 | 1.3646-1.3925 | 0.1755 | 110 | 0.1387 | 2525 | 2635 | 83 | 1.3925-1.4228 | 0.1584 | 147 | 0.1331 | 2582 | 2729 | 85 | 1.4228-1.4559 | 0.1643 | 126 | 0.1316 | 2603 | 2729 | 86 | 1.4559-1.4923 | 0.1461 | 135 | 0.1275 | 2666 | 2801 | 87 | 1.4923-1.5326 | 0.1564 | 129 | 0.1227 | 2664 | 2793 | 88 | 1.5326-1.5777 | 0.1563 | 164 | 0.1253 | 2706 | 2870 | 89 | 1.5777-1.6287 | 0.1619 | 147 | 0.1178 | 2738 | 2885 | 90 | 1.6287-1.6869 | 0.1414 | 136 | 0.1212 | 2795 | 2931 | 92 | 1.6869-1.7544 | 0.1386 | 159 | 0.1255 | 2868 | 3027 | 93 | 1.7544-1.8343 | 0.1426 | 168 | 0.1344 | 2871 | 3039 | 95 | 1.8343-1.931 | 0.1483 | 153 | 0.135 | 3004 | 3157 | 97 | 1.931-2.052 | 0.1634 | 163 | 0.1336 | 3008 | 3171 | 99 | 2.052-2.2104 | 0.1745 | 158 | 0.1428 | 3117 | 3275 | 100 | 2.2104-2.4328 | 0.1635 | 148 | 0.1493 | 3122 | 3270 | 100 | 2.4328-2.7849 | 0.2053 | 155 | 0.1662 | 3144 | 3299 | 100 | 2.7849-3.5085 | 0.1755 | 161 | 0.1599 | 3192 | 3353 | 100 | 3.5085-54.0404 | 0.1503 | 169 | 0.148 | 3390 | 3559 | 100 |
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