PDB-4zg3: In-vacuum long-wavelength crystallography

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zg3

タイトル

In-vacuum long-wavelength crystallography

要素

Thaumatin-1

ソーマチン

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

thaumatin (ソーマチン) / in vacuum

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Wagner, A. / Duman, R. / Henderson, K. / Mykhaylyk, V.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: In-vacuum long-wavelength macromolecular crystallography.
著者: Wagner, A. / Duman, R. / Henderson, K. / Mykhaylyk, V.

履歴

登録	2015年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zg3.cif.gz	97.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zg3.ent.gz	78.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zg3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zg3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6srj-d 6srp-d 5yyr-d 5tcl-d 1rqw-d 3ald-d 3dzn-d 6srq-d 3qy5-d 3n03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin-1

ヘテロ分子

22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.842, 57.842, 150.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin-1 / ソーマチン / Thaumatin I 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.5 M K/Na Tartrate, 0.05 M ADA, ph6.8, 20 % glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 45 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 1.378 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.378 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→150.37 Å / Num. obs: 138112 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 79.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.2→53.986 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1675	3535	4.9 %
R_work	0.1467	68604	-
obs	0.1477	72139	89.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.17 Å² / B_iso mean: 15.8101 Å² / B_iso min: 8.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→53.986 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1550	0	38	206	1794
B_iso mean	-	-	24.13	23.76	-
残基数	-	-	-	-	207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.174	2341
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	247
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.273	642

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.2164	0.2459	118	0.2134	2384	2502	79
1.2164-1.2338	0.2237	134	0.2073	2410	2544	80
1.2338-1.2522	0.2365	110	0.1851	2433	2543	80
1.2522-1.2718	0.2118	133	0.1773	2403	2536	80
1.2718-1.2927	0.1836	124	0.1655	2455	2579	81
1.2927-1.315	0.1963	140	0.1659	2485	2625	82
1.315-1.3389	0.2165	131	0.1569	2467	2598	83
1.3389-1.3646	0.2025	117	0.1464	2572	2689	84
1.3646-1.3925	0.1755	110	0.1387	2525	2635	83
1.3925-1.4228	0.1584	147	0.1331	2582	2729	85
1.4228-1.4559	0.1643	126	0.1316	2603	2729	86
1.4559-1.4923	0.1461	135	0.1275	2666	2801	87
1.4923-1.5326	0.1564	129	0.1227	2664	2793	88
1.5326-1.5777	0.1563	164	0.1253	2706	2870	89
1.5777-1.6287	0.1619	147	0.1178	2738	2885	90
1.6287-1.6869	0.1414	136	0.1212	2795	2931	92
1.6869-1.7544	0.1386	159	0.1255	2868	3027	93
1.7544-1.8343	0.1426	168	0.1344	2871	3039	95
1.8343-1.931	0.1483	153	0.135	3004	3157	97
1.931-2.052	0.1634	163	0.1336	3008	3171	99
2.052-2.2104	0.1745	158	0.1428	3117	3275	100
2.2104-2.4328	0.1635	148	0.1493	3122	3270	100
2.4328-2.7849	0.2053	155	0.1662	3144	3299	100
2.7849-3.5085	0.1755	161	0.1599	3192	3353	100
3.5085-54.0404	0.1503	169	0.148	3390	3559	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)