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- PDB-4zfq: Structure of M. tuberculosis (3,3) L,D-Transpeptidase, LdtMt5. (M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zfq
タイトルStructure of M. tuberculosis (3,3) L,D-Transpeptidase, LdtMt5. (Meropenen-adduct form)
要素L,D-transpeptidase 5
キーワードTRANSFERASE / peptidoglycan linkage / cell wall biosynthesis / carbapenems / Mycobaterium tuberculosis / L.D-transpeptidases
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DWZ / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L,D-transpeptidase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.799 Å
データ登録者Basta, L. / Ghosh, A. / Lamichhane, G. / Bianchet, M.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Loss of a Functionally and Structurally Distinct ld-Transpeptidase, LdtMt5, Compromises Cell Wall Integrity in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Brammer Basta, L.A. / Ghosh, A. / Pan, Y. / Jakoncic, J. / Lloyd, E.P. / Townsend, C.A. / Lamichhane, G. / Bianchet, M.A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Targeting the cell wall of Mycobacterium tuberculosis: structure and mechanism of L,D-transpeptidase 2.
著者: Erdemli, S.B. / Gupta, R. / Bishai, W.R. / Lamichhane, G. / Amzel, L.M. / Bianchet, M.A.
履歴
登録2015年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 1.32022年2月2日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5304
ポリマ－47,9331
非ポリマー5983
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.393, 99.393, 193.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 L,D-transpeptidase 5 / LDT 5 / Ldt(Mt5)


分子量: 47932.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: MT0501 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WKV2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-DWZ / (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / Meropenem, bound form


分子量: 385.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 85 mM sodium citrate, pH 5.6, 25.5% PEG 4,000, 170 mM ammonium acetate, and 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.799→30 Å / Num. obs: 14630 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.4 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 53.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z7A

4z7a


解像度: 2.799→29.044 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 734 5.07 %
Rwork0.2301 --
obs0.2324 14486 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.799→29.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2645 0 30 43 2718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2463776
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.249965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7991-3.0150.37591510.27492663X-RAY DIFFRACTION99
3.015-3.3180.3251440.27562696X-RAY DIFFRACTION100
3.318-3.79730.32361380.23912700X-RAY DIFFRACTION99
3.7973-4.78070.23911370.20982754X-RAY DIFFRACTION99
4.7807-29.0460.24851640.21832939X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1651-0.48661.39413.1548-0.97084.26630.00410.7125-0.0125-0.6216-0.0051-0.02070.84260.6072-0.00011.01420.1576-0.13820.85230.10440.6675-32.3638-27.6028-6.6527
23.0977-1.16310.72613.223-1.55082.76560.04180.0999-0.23840.2679-0.7296-0.67170.48591.3518-0.04510.6084-0.072-0.01740.83160.32310.7941-31.1163-3.3328-35.2759
34.44131.3174-1.32524.6369-0.97473.38990.4047-0.1340.47280.369-0.6-0.2655-0.83190.8302-0.0450.6936-0.29350.00160.66440.14270.7156-36.088519.1743-47.1985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 63:154))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 157:262) or (resseq 394:416))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 263:393))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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