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- PDB-4zes: Blood dendritic cell antigen 2 (BDCA-2) complexed with methyl-man... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zes
タイトルBlood dendritic cell antigen 2 (BDCA-2) complexed with methyl-mannoside
要素C-type lectin domain family 4 member C
キーワードCarbohydrate-binding protein / C-type lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


antifungal innate immune response / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / secretory granule membrane / carbohydrate binding / adaptive immune response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation ...antifungal innate immune response / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / secretory granule membrane / carbohydrate binding / adaptive immune response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / C-type lectin domain family 4 member C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Jegouzo, S.A.F. / Feinberg, H. / Dungarwalla, T. / Drickamer, K. / Weis, W.I. / Taylor, M.E.
資金援助 英国, 米国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust093599 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P41RR001209 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Novel Mechanism for Binding of Galactose-terminated Glycans by the C-type Carbohydrate Recognition Domain in Blood Dendritic Cell Antigen 2.
著者: Jegouzo, S.A. / Feinberg, H. / Dungarwalla, T. / Drickamer, K. / Weis, W.I. / Taylor, M.E.
履歴
登録2015年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.version
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member C
B: C-type lectin domain family 4 member C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8308
ポリマ－34,3132
非ポリマー5176
水7,638424
1
A: C-type lectin domain family 4 member C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3913
ポリマ－17,1561
非ポリマー2342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: C-type lectin domain family 4 member C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4395
ポリマ－17,1561
非ポリマー2834
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.713, 69.576, 117.506
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 4 member C / Blood dendritic cell antigen 2 / BDCA-2 / C-type lectin superfamily member 7 / Dendritic lectin


分子量: 17156.270 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 67-213 / 変異: S67A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CLEC4C, BDCA2, CLECSF11, CLECSF7, DLEC, HECL, UNQ9361/PRO34150
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WTT0
#2: 糖 ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: protein solution comprising 5 mg/ml BDCA-2, 5 mM CaCl2, 10 mM Tris-Cl, pH 8.0, 25 mM NaCl and 50 mM methyl mannoside. The reservoir solution contained 0.2 M MgCl2, 20% polyethylene glycol 3.35K, mannoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→28.88 Å / Num. obs: 38138 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 19.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 243418
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.65-1.684.90.6032.5868817820.7490.29496.5
9.03-28.885.50.0343.515512840.9990.01496.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIXdev_1760精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.65→28.88 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 -5 %
Rwork0.1733 36178 -
obs0.1753 38083 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.73 Å2 / Biso mean: 26.0717 Å2 / Biso min: 9.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→28.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2404 0 53 414 2871
Biso mean--27.83 34.02 -
残基数----294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0253509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.089950
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.69030.28221300.23622472X-RAY DIFFRACTION98
1.6903-1.7360.2881350.21662557X-RAY DIFFRACTION100
1.736-1.78710.2971330.21192544X-RAY DIFFRACTION100
1.7871-1.84480.23321340.19352551X-RAY DIFFRACTION100
1.8448-1.91070.22771340.18452539X-RAY DIFFRACTION100
1.9107-1.98720.21931370.18092591X-RAY DIFFRACTION100
1.9872-2.07760.20211340.17742542X-RAY DIFFRACTION100
2.0776-2.18710.231350.17612578X-RAY DIFFRACTION100
2.1871-2.32410.20851360.16982584X-RAY DIFFRACTION100
2.3241-2.50340.2081360.18062584X-RAY DIFFRACTION100
2.5034-2.75520.24321360.18712589X-RAY DIFFRACTION100
2.7552-3.15340.22891390.18012631X-RAY DIFFRACTION100
3.1534-3.97130.20981380.15692634X-RAY DIFFRACTION100
3.9713-28.87950.17021480.15162782X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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