PDB-4zeo: Crystal structure of eIF2B delta from Chaetomium thermophilum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zeo

タイトル

Crystal structure of eIF2B delta from Chaetomium thermophilum

要素

Translation initiation factor eif-2b-like protein

キーワード

TRANSLATION / eIF2B / eIF2 / guanine nucleotide exchange factor / GEF / regulatory subcomplex / regulatory subunit / translation initiation

機能・相同性

機能・相同性情報

translation initiation factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Kuhle, B. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Architecture of the eIF2B regulatory subcomplex and its implications for the regulation of guanine nucleotide exchange on eIF2.
著者: Kuhle, B. / Eulig, N.K. / Ficner, R.

履歴

登録	2015年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zeo.cif.gz	233.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zeo.ent.gz	186.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zeo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zeo_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zeo_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	4zeo_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	4zeo_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/4zeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/4zeo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zemC 5dboC 3ecsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pyg-1 1afk-d 1glu-d 2pyg-2 6maj-d 2gq0-2 2qy9-d 4kyu-d 3toa-d 7bow-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

H: Translation initiation factor eif-2b-like protein

A: Translation initiation factor eif-2b-like protein

99.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Translation initiation factor eif-2b-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Translation initiation factor eif-2b-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.790, 94.460, 107.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLN	GLN	chain A	A	B	150 - 443	150 - 443
2	HIS	HIS	chain H	H	A	152 - 443	152 - 443

#1: タンパク質	Translation initiation factor eif-2b-like protein / eIF2B delta 分子量: 49742.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0028980 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S811
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 100 mM MES, 0.8 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 25018 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.75 % / B_iso Wilson estimate: 48.91 Å² / R_merge F obs: 0.099 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.969 / Net I/σ(I): 16.38 / Num. measured all: 93747

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.55-2.65		0.565	0.481	3.03	10009	2745	2697	0.557	98.3
2.65-2.75		0.402	0.356	4.12	8852	2349	2331	0.411	99.2
2.75-2.95		0.272	0.235	6.09	14412	3824	3792	0.272	99.2
2.95-3.63		0.102	0.089	13.45	28360	7588	7481	0.104	98.6
3.63-3.97		0.043	0.043	24.77	7730	2095	2042	0.049	97.5
3.97-4.31		0.031	0.036	29.24	5360	1482	1439	0.042	97.1
4.31-4.65		0.027	0.033	31.25	3949	1101	1069	0.038	97.1
4.65-14		0.024	0.027	33.72	14603	4232	4012	0.032	94.8
14-17		0.015	0.024	46.72	240	81	73	0.028	90.1
17-50		0.015	0.022	43.38	232	114	82	0.026	71.9
	50					8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.55 Å	43.73 Å
Translation	2.55 Å	43.73 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ECS

3ecs

解像度: 2.55→43.733 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2287	1251	5 %
R_work	0.1753	23746	-
obs	0.1779	24997	97.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.39 Å² / B_iso mean: 63.8187 Å² / B_iso min: 24.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→43.733 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4208	0	0	144	4352
B_iso mean	-	-	-	54.64	-
残基数	-	-	-	-	543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.193	5800
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	672
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	750
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.084	1578

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2414	X-RAY DIFFRACTION	6.295	TORSIONAL
1	2	H	2414	X-RAY DIFFRACTION	6.295	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.55-2.6521	0.3094	137	0.2334	2608	2745	98
2.6521-2.7728	0.2811	139	0.221	2642	2781	99
2.7728-2.919	0.3119	138	0.2151	2623	2761	99
2.919-3.1018	0.2429	140	0.2003	2643	2783	99
3.1018-3.3412	0.2563	139	0.194	2644	2783	99
3.3412-3.6773	0.2096	139	0.1741	2642	2781	98
3.6773-4.2091	0.2119	138	0.1498	2621	2759	97
4.2091-5.3015	0.1904	139	0.1544	2639	2778	96
5.3015-43.7393	0.2221	142	0.1667	2684	2826	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2437	-0.7972	-0.6298	4.5175	0.1699	4.3726	0.2135	0.7987	-0.3833	-0.3675	-0.2646	-0.0998	0.2203	0.2836	0.0405	0.3428	0.0858	-0.0401	0.4166	0.0067	0.2914	47.644	-28.7689	-17.1872
2	2.7758	-0.5775	-0.1526	4.1026	0.82	4.4557	0.2617	0.0763	0.2163	-0.086	-0.2159	0.0666	-0.4917	0.0265	-0.0236	0.2984	-0.0158	0.0671	0.2915	-0.0081	0.284	23.1322	-13.7221	-7.207
3	4.5253	-5.1	0.965	7.7681	2.644	7.1619	-0.1475	0.3004	-0.6077	-1.0927	0.0251	-1.1975	-0.2261	0.4754	0.3369	0.6354	0.0672	0.237	0.5349	-0.1128	0.547	40.2903	-40.7844	-41.9082
4	5.4492	0.7034	-1.1782	4.9254	-0.8971	4.7845	0.193	0.3087	0.7762	-0.8759	-0.1219	-0.6125	-1.177	0.1721	-0.0965	0.9054	0.0663	0.2054	0.4554	0.0119	0.6019	36.8236	-25.31	-41.1699
5	2.3416	0.9273	0.5281	6.3645	0.8204	3.4423	0.2014	-0.1307	-0.357	0.5684	-0.6636	0.7862	0.5334	-0.8386	0.42	0.4247	-0.073	0.0831	0.6213	-0.217	0.6288	14.1304	-46.6958	-24.2351
6	3.8832	1.6796	0.1373	6.9544	0.4037	3.394	0.0204	0.4913	-0.4015	-1.0996	-0.5004	1.3711	0.4638	-1.3017	0.3754	0.5747	0.1526	-0.1849	1.0215	-0.39	0.7571	10.4447	-43.2586	-38.03
7	6.5893	-0.1973	-2.2898	3.4051	0.4695	3.69	-0.092	0.3663	0.2726	-0.816	-0.5672	0.8535	-0.1309	-0.6076	0.3804	0.5422	0.1267	-0.1288	0.6356	-0.2132	0.5302	14.6238	-36.6417	-36.9134
8	7.0552	4.0932	2.1164	6.2999	-0.6507	5.0581	-0.2302	0.6939	-0.1817	-1.345	-0.181	1.3402	-0.2684	-0.9048	0.4183	0.6327	0.1831	-0.171	0.911	-0.319	0.7733	10.3317	-36.0391	-36.6787

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 152 through 264 )	H
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 265 through 443 )	H
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 150 through 173 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 174 through 264 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 265 through 353 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 354 through 384 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 385 through 425 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 426 through 443 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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