PDB-4zdn: Streptomyces platensis isomigrastatin ketosynthase domain MgsF KS4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zdn

タイトル

Streptomyces platensis isomigrastatin ketosynthase domain MgsF KS4

要素

AT-less polyketide synthase

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / NATPRO / MGSF / ENZYME DISCOVERY FOR NATURAL PRODUCT BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

: / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces platensis subsp. rosaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.509 Å

データ登録者

Chang, C. / Li, H. / Endres, M. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural and evolutionary relationships of "AT-less" type I polyketide synthase ketosynthases.
著者: Lohman, J.R. / Ma, M. / Osipiuk, J. / Nocek, B. / Kim, Y. / Chang, C. / Cuff, M. / Mack, J. / Bigelow, L. / Li, H. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.

履歴

登録	2015年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2015年5月13日	ID: 4TL2
改定 1.0	2015年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月2日	Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.2	2023年3月22日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zdn.cif.gz	237.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zdn.ent.gz	191 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zdn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zdn_validation.pdf.gz	447 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zdn_full_validation.pdf.gz	452 KB	表示
XML形式データ	4zdn_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	4zdn_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4opeC 4opfC 4oqjC 4qyrC 4tktC 4wkyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4na2-2 5erb-1 5eny-3 4na1-d 5eny-4 5eny-2 4na3-d 5elp-2 4z37-1 5e6k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109613

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AT-less polyketide synthase

ヘテロ分子

67.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AT-less polyketide synthase

ヘテロ分子

A: AT-less polyketide synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
136 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.685, 126.685, 143.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	AT-less polyketide synthase 分子量: 67671.812 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 550-1188 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces platensis subsp. rosaceus (バクテリア) プラスミド: PMCSG68 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: D0U2E4
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1M SODIUM MALONATE, 0.1M HEPES PH7.0, 0.5% JEFFAMINE ED2001 PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97913 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月17日
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.509→50 Å / Num. obs: 40687 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.56 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.509→2.55 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.973 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.509→40.515 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2261	3306	5 %	Random selection
R_work	0.1874	-	-	-
obs	0.1893	66176	86.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.509→40.515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4355	0	16	126	4497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4494
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.661	6137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.718	1576
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	665
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	820

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5086-2.5444	0.2644	58	0.2621	1136	X-RAY DIFFRACTION	38
2.5444-2.5824	0.358	62	0.2606	1321	X-RAY DIFFRACTION	43
2.5824-2.6227	0.3221	81	0.2724	1418	X-RAY DIFFRACTION	47
2.6227-2.6657	0.3539	76	0.2762	1613	X-RAY DIFFRACTION	53
2.6657-2.7117	0.293	102	0.2904	1840	X-RAY DIFFRACTION	61
2.7117-2.761	0.3542	130	0.2893	2189	X-RAY DIFFRACTION	72
2.761-2.8141	0.3136	123	0.287	2548	X-RAY DIFFRACTION	84
2.8141-2.8715	0.3716	149	0.2877	2731	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8715-2.9339	0.3064	180	0.2806	2897	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9339-3.0021	0.3036	152	0.2675	3004	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0021-3.0772	0.3268	168	0.2601	3023	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0772-3.1604	0.3576	159	0.2404	2969	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1604-3.2533	0.2936	140	0.2294	3044	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2533-3.3583	0.256	147	0.2219	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3583-3.4783	0.2285	165	0.1964	2998	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4783-3.6174	0.2028	152	0.1815	3006	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6174-3.782	0.2318	147	0.1653	3017	X-RAY DIFFRACTION	99
3.782-3.9812	0.1542	166	0.1434	3011	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9812-4.2304	0.1781	130	0.1334	3016	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2304-4.5566	0.1277	165	0.1222	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5566-5.0144	0.1676	151	0.128	3013	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0144-5.7382	0.1997	168	0.1562	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7382-7.2229	0.1869	143	0.1652	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2229-40.52	0.189	192	0.1542	2962	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1261	-0.3544	0.6535	2.3194	-0.9211	2.1805	0.0671	0.3157	-0.3963	-0.2756	-0.1193	0.416	0.28	-1.0513	-0.051	0.1934	0.0397	-0.0058	0.8591	-0.1652	0.418	31.7731	10.7158	7.2303
2	1.9462	-1.4402	-0.1642	3.0409	-1.1556	1.8085	-0.2133	0.0971	-0.3206	0.5397	0.2593	0.28	0.0596	-0.2238	-0.0468	0.4593	0.1878	0.0256	0.4577	-0.0638	0.3257	34.6673	18.4223	21.5879
3	0.9939	-1.1527	-0.5265	2.2447	-0.6488	2.0518	-0.1264	0.5444	-0.0687	-0.1402	0.0688	0.3391	-0.2107	-0.7644	0.0676	0.3402	0.2613	-0.0377	0.8617	-0.047	0.3052	31.2726	22.8178	6.3264
4	5.5836	-1.8808	0.5607	2.4974	-0.3739	0.2656	0.1034	0.402	0.578	-0.1472	-0.1204	-0.0961	-0.5138	-0.2207	0.0069	0.5087	0.4187	0.0621	0.701	0.0801	0.3163	34.4651	35.5901	3.4902
5	2.1062	-0.812	0.3062	2.4987	-0.1967	2.1203	-0.0569	0.9292	0.123	-0.7004	-0.0935	-0.1571	-0.5074	-0.3695	-0.0939	0.4053	0.4369	0.0171	0.9831	0.0322	0.258	38.8345	27.9104	-6.3526
6	2.1012	-1.0941	0.3688	2.4842	1.3706	2.5446	0.1251	0.2099	0.022	-0.2164	-0.2125	-0.102	-0.2481	0.2236	0.0573	0.1274	-0.039	0.0272	0.3465	0.0514	0.2167	59.4973	5.7931	13.1953
7	2.0123	-0.2274	-0.3881	0.1891	-0.7433	3.7806	-0.0155	-0.0113	0.0211	-0.0121	-0.174	-0.0886	-0.1026	0.6597	0.1154	0.1409	-0.0043	0.0188	0.2657	0.0489	0.3109	64.5701	1.1271	24.6208
8	4.2198	-1.5406	0.6559	2.0129	-0.421	3.0761	-0.0181	0.0955	-0.056	0.1163	-0.1911	-0.1017	-0.2124	0.1049	0.069	0.1347	-0.0697	0.0464	0.351	0.0573	0.2092	57.0498	6.6747	20.2203

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 551 through 658 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 659 through 725 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 726 through 807 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 808 through 849 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 850 through 991 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 992 through 1055 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1056 through 1132 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1133 through 1180 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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