PDB-4zdm: Pleurobrachia bachei iGluR3 LBD Glycine Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zdm

タイトル

Pleurobrachia bachei iGluR3 LBD Glycine Complex

要素

Glutamate receptor kainate-like protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Glutamate Receptor / Ion Channel

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / signaling receptor activity / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pleurobrachia bachei (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Grey, R.J. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Glycine activated ion channel subunits encoded by ctenophore glutamate receptor genes.
著者: Alberstein, R. / Grey, R. / Zimmet, A. / Simmons, D.K. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2015年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月18日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zdm.cif.gz	167.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zdm.ent.gz	134.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zdm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zdm_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zdm_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	4zdm_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	4zdm_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ykiSC 4ykjC 4ykkC 4ykpC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6al2-1 6eie-d 1m7u-d 5ovd-d 1fm0-2 5lxg-d 6krz-2 5dsg-1 4rix-1 4riy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (10) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor kainate-like protein

ヘテロ分子

29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor kainate-like protein

ヘテロ分子

A: Glutamate receptor kainate-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.850, 159.850, 55.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-711- HOH

詳細

The dimer packing observed in this crystal form is not biologically relevant

#1: タンパク質	Glutamate receptor kainate-like protein / PbiGluR3 分子量: 28835.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The construct contains residues N399-D519 and D660-N795 of the PbiGluR3 ligand binding domain connected by a synthetic GT linker, with an E399N mutation of the native sequence introduced to ...詳細: The construct contains residues N399-D519 and D660-N795 of the PbiGluR3 ligand binding domain connected by a synthetic GT linker, with an E399N mutation of the native sequence introduced to facilitate removal of the affinity purification tag. 由来: (組換発現) Pleurobrachia bachei (無脊椎動物) 遺伝子: PbiGluR3 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: H6S0J1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.42 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Reservoir: 10% PEG 400, 1.6 M Li2SO4, 200 mM MgSO4, 100 mM cacodylate. Protein buffer: 100 mM NaCl, 10 mM HEPES, pH 7.5, 0.5 mM EDTA, 2 mM glutamate PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 67078 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 59.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1951	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YKI

4yki

解像度: 1.5→29.384 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1769	3184	4.84 %	Random
R_work	0.1564	-	-	-
obs	0.1574	65828	98.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1943	0	17	406	2366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	2082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.567	2828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.897	787
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5224	0.2439	120	0.2261	2356	X-RAY DIFFRACTION	86
1.5224-1.5462	0.2173	136	0.2044	2619	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5462-1.5715	0.2226	116	0.1977	2684	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5715-1.5986	0.2261	133	0.1825	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5986-1.6277	0.1837	130	0.1758	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6277-1.659	0.1939	151	0.1638	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
1.659-1.6929	0.198	124	0.1537	2686	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6929-1.7297	0.2048	135	0.1631	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7297-1.7699	0.1941	137	0.1547	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7699-1.8142	0.194	153	0.158	2686	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8142-1.8632	0.17	128	0.1543	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8632-1.918	0.174	141	0.1516	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
1.918-1.9799	0.1591	152	0.1488	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9799-2.0507	0.1502	136	0.1425	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0507-2.1327	0.1595	141	0.1356	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1327-2.2298	0.1611	135	0.1351	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2298-2.3473	0.1478	127	0.1346	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3473-2.4943	0.158	151	0.1427	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4943-2.6868	0.1573	131	0.1485	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6868-2.9569	0.1889	142	0.1525	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9569-3.3842	0.1716	150	0.1709	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3842-4.2617	0.1731	164	0.1489	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2617-29.3892	0.196	151	0.1725	2938	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0039	0.0056	0.0006	0.0051	-0.0008	0.004	-0.046	-0.0517	0.0315	0.0271	0.0073	-0.0111	-0.0421	0.0648	-0	0.1575	-0.0106	-0.0397	0.1384	-0.0242	0.135	-69.6085	27.3665	24.5103
2	0.0416	0.0064	-0.0098	0.0255	-0.0093	0.046	-0.0918	-0.0821	-0.15	0.0031	0.0084	0.0414	0.1078	0.0846	-0.0444	0.1233	0.0236	0.0082	0.0446	0.0115	0.1358	-65.9501	10.7961	10.0935
3	0.1095	0.0302	-0.0837	0.0359	-0.0188	0.0445	-0.0589	0.0208	-0.0909	-0.0188	0.0112	0.0802	-0.0152	-0.047	-0.0389	0.104	0.0063	-0.033	0.0867	-0.0156	0.0915	-71.222	18.7845	7.2624
4	0.0203	0.0099	-0.0076	0.0123	0.0022	0.0215	0.0152	0.079	-0.0428	-0.0204	-0.0027	0.0447	-0.0545	-0.0635	0.0063	0.0853	0.0078	-0.018	0.0633	-0.001	0.0604	-71.0694	24.1777	2.8483
5	0.0339	0.059	-0.0321	0.0713	-0.0175	0.0416	0.0486	-0.0085	-0.0305	-0.1256	0.0173	-0.0411	-0.0553	-0.0124	0.0047	0.141	0.0087	-0.0191	0.068	-0.0144	0.0791	-59.9983	23.8349	-1.9302
6	0.0133	0.0023	0.0162	0.0273	0.0086	0.0178	-0.0371	0.0507	-0.0365	-0.3169	-0.0789	-0.0021	0.003	-0.0458	-0.0962	0.3022	0.0276	-0.0069	0.1072	-0.1014	0.0108	-58.2266	17.3907	-19.0787
7	0.2208	0.1151	-0.0458	0.1296	-0.099	0.1563	-0.0922	0.1758	-0.0453	-0.3174	-0.1199	0.0275	-0.0647	0.0178	-0.0865	0.2811	0.0283	-0.0447	0.0336	-0.1009	0.0903	-61.7437	16.5401	-15.1019
8	0.0265	0.0073	0.0171	0.0023	0.0056	0.0209	-0.0359	-0.0185	-0.0616	-0.1156	0.0309	-0.0478	-0.0012	0.2367	-0.0128	0.1601	0.0339	0.0168	0.1048	-0.0219	0.1111	-51.664	16.543	-8.3936
9	0.0285	0.0126	0.0123	0.0002	-0.0099	0.0549	-0.0247	-0.0259	0.0008	-0.039	0.0051	0.0011	-0.1632	0.0353	0.002	0.1015	0.0057	-0.0305	0.0756	-0.0071	0.0734	-64.0286	29.0742	11.2577
10	0.006	-0.0037	0.0038	0.0146	-0.0072	0.009	0.0085	-0.0779	-0.0881	-0.0056	-0.0099	-0.0373	0.0925	0.1836	-0.0006	0.1203	0.0556	-0.0155	0.1527	0.0124	0.1802	-50.0702	15.0422	8.4859

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:8)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 9:46)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 47:82)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 83:102)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 103:121)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 122:152)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 153:192)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 193:216)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 217:240)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 241:255)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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