[日本語] English
万見
- PDB-4zby: Family 4 uracil-DNA glycosylase from Sulfolobus tokodaii (uracil ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zby
タイトルFamily 4 uracil-DNA glycosylase from Sulfolobus tokodaii (uracil complex form)
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / Uracil-DNA glycosylase / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 4 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / URACIL / Type-4 uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kawai, A. / Miyamoto, S.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of family 4 uracil-DNA glycosylase from Sulfolobus tokodaii and a function of tyrosine 170 in DNA binding
著者: Kawai, A. / Higuchi, S. / Tsunoda, M. / Nakamura, K.T. / Yamagata, Y. / Miyamoto, S.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Database references
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0194
ポリマ－22,3601
非ポリマー6593
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.056, 52.222, 74.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase


分子量: 22360.035 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌)
株: 7 / 遺伝子: STK_22380 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96YD0, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 15% PEG3350, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 23005 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 37.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4ZBX

4zbx


解像度: 1.7→42.679 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 1162 5.09 %
Rwork0.1648 --
obs0.1669 22831 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1569 0 28 200 1797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1952356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.819691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.77740.26211550.20142652X-RAY DIFFRACTION100
1.7774-1.87120.20771520.17952655X-RAY DIFFRACTION100
1.8712-1.98840.20291520.16682654X-RAY DIFFRACTION100
1.9884-2.14190.24921290.16412683X-RAY DIFFRACTION100
2.1419-2.35740.22851460.15922698X-RAY DIFFRACTION100
2.3574-2.69850.21031400.17132707X-RAY DIFFRACTION100
2.6985-3.39960.20471420.17362742X-RAY DIFFRACTION100
3.3996-42.69260.18341460.15282878X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.9435 Å / Origin y: 0.3923 Å / Origin z: 8.1688 Å
111213212223313233
T0.1543 Å2-0.0167 Å2-0.0097 Å2-0.1282 Å20.0054 Å2--0.1295 Å2
L1.8699 °2-0.1453 °2-0.994 °2-1.9088 °2-0.1502 °2--2.6535 °2
S-0.1218 Å °0.0173 Å °-0.0642 Å °-0.0377 Å °0.1451 Å °0.0723 Å °0.3011 Å °-0.077 Å °-0.0347 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A'

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る