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- PDB-4zbg: Crystal Structure of a GNAT family Acetyltransferase from Brucell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zbg
タイトルCrystal Structure of a GNAT family Acetyltransferase from Brucella melitensis in complex with Acetyl-CoA
要素Acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SGCID / N-acetyltransferase / Acyl_CoA_acyltransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus str. 2308 A (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a GNAT family Acetyltransferase from Brucella melitensis in complex with Acetyl-CoA
著者: SSGCID / Dranow, D.M. / Trakaki, T. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list ...entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / reflns_shell
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5333
ポリマ－18,6311
非ポリマー9022
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.810, 57.110, 44.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Acetyltransferase


分子量: 18631.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus str. 2308 A (ウシ流産菌)
株: 2308 A / 遺伝子: BAAA_2000484 / プラスミド: BrabA.17468.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4IR59
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BrabA.17468.b.B1.PS02320 at 10.4mg/ml, mixed with 4mM acetyl-CoA, then 1:1 with MCSG1(c12): 0.1M Bis-Tris:HCl, pH=6.5, 25% PEG-3350, cryo-protected with 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月12日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
Reflection数: 218334 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 0.99 / D res high: 1.25 Å / Num. obs: 40267 / % possible obs: 99.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
3.955.5985810.025
3.233.95108810.025
2.83.23128010.028
2.52.8144610.031
2.282.5161010.032
2.112.28173310.033
1.982.11189810.037
1.861.98195710.039
1.771.86211310.048
1.691.77221010.055
1.611.69231310.066
1.551.61240010.078
1.491.55248210.091
1.441.49259110.111
1.41.44267210.137
1.361.4274310.169
1.321.36287310.203
1.281.32286410.238
1.251.28268210.26
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 40267 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 9.23 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 23.66 / Num. measured all: 218334
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.25-1.2840.9320.264.8210635295426820.390.8
1.28-1.320.9580.2386.3214220290928640.26798.5
1.32-1.360.970.2037.8115682287628730.22599.9
1.36-1.40.9810.1699.4115101274027430.188100
1.4-1.440.9860.13711.3514701267326720.152100
1.44-1.490.9910.11113.7514326259225910.122100
1.49-1.550.9940.09116.5213803248224820.1100
1.55-1.610.9960.07819.1513368240224000.08699.9
1.61-1.690.9960.06622.1912935231423130.073100
1.69-1.770.9970.05525.7912392220922100.061100
1.77-1.860.9980.04828.9111882211621130.05299.9
1.86-1.980.9990.03935.3711071195319570.043100
1.98-2.110.9990.03738.8210718189818980.04100
2.11-2.280.9990.03342.539814173317330.037100
2.28-2.50.9990.03244.839071161416100.03599.8
2.5-2.80.9990.03147.598204144514460.034100
2.8-3.230.9990.02850.867234128312800.03199.8
3.23-3.950.9990.02553.836136108910880.02899.9
3.95-5.590.9990.02554.4647398598580.02899.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RS2

4rs2


解像度: 1.25→26.291 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.163 2003 4.98 %
Rwork0.1417 38238 -
obs0.1429 40241 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.45 Å2 / Biso mean: 15.191 Å2 / Biso min: 4.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→26.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1162 0 57 247 1466
Biso mean--16.16 26.29 -
残基数----154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2041803
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.096498
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.25-1.28120.22411280.1592451257991
1.2812-1.31590.17261480.14362699284798
1.3159-1.35460.17231300.136827772907100
1.3546-1.39830.19221250.130227592884100
1.3983-1.44830.17951450.12827062851100
1.4483-1.50630.15281460.121727742920100
1.5063-1.57480.15231420.123527642906100
1.5748-1.65780.161310.127827522883100
1.6578-1.76170.15791430.130527632906100
1.7617-1.89770.16821380.138727602898100
1.8977-2.08860.17421670.133427162883100
2.0886-2.39060.15961390.14727752914100
2.3906-3.01120.16031460.157327772923100
3.0112-26.29720.15351750.14982765294099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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