PDB-4zbe: Crystal structure of KPC-2 beta-lactamase complexed with avibactam

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zbe

タイトル

Crystal structure of KPC-2 beta-lactamase complexed with avibactam

要素

Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nguyen, N.Q. / van den Akker, F.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Inhibition of Klebsiella beta-Lactamases (SHV-1 and KPC-2) by Avibactam: A Structural Study.
著者: Krishnan, N.P. / Nguyen, N.Q. / Papp-Wallace, K.M. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F.

履歴

登録	2015年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zbe.cif.gz	72.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zbe.ent.gz	51 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zbe_validation.pdf.gz	774.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zbe_full_validation.pdf.gz	775.4 KB	表示
XML形式データ	4zbe_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	4zbe_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/4zbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/4zbe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zamC 3rxwS 4fh4 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pm7-d 5mgi-d 6b1f-2 6xd7-d 3bfc-3 3bfg-3 6cyk-1 6vhs-2 1ylj-d 6z25-d 6cyn-7 3c5a-d 5kmt-1 6ook-1 6v7h-1 3rxw-d 6h2h-2 3q07-1 4dds-2 6d7i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC

ヘテロ分子

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.315, 66.695, 73.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-1 / KPC-2 beta-lactamase 分子量: 27992.506 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form 分子量: 267.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃N₃O₆S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% PEG6000, 100 mM potassium thiocyanate, 100 mM citrate, pH 4.0, crystals soaked for 8 minutes with 5 mM avibactam in mother liquor (25% PEG600, 100 mM citrate, pH 5.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1272 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月1日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 22206 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3RXW

3rxw

解像度: 1.8→36.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 3.156 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21912	1136	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15247	-	-	-
obs	0.15569	21017	92.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→36.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1972	0	30	256	2258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.02	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.77	1.973	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.926	3.002	4526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.392	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.76	23.614	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.157	15	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.62	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.224	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.998	2.112	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.986	2.11	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.442	3.147	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.433	3.147	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.604	2.51	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.603	2.511	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.172	3.615	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.718	18.887	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.514	18.196	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	82	-
R_work	0.263	1372	-
obs	-	-	84.19 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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