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- PDB-4zac: Structure of S. cerevisiae Fdc1 with the prenylated-flavin cofact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zac
タイトルStructure of S. cerevisiae Fdc1 with the prenylated-flavin cofactor in the iminium form.
要素Ferulic acid decarboxylase 1
キーワードLYASE / (de)carboxylase / prenylated flavin binding / UbiD-type enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ferulate catabolic process / phenacrylate decarboxylase / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / carboxy-lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4570 / UbiD-like decarboxylase/ferulic acid decarboxylase 1 / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4570 / UbiD-like decarboxylase/ferulic acid decarboxylase 1 / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LU / : / : / Ferulic acid decarboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者White, M.D. / Leys, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: New cofactor supports alpha , beta-unsaturated acid decarboxylation via 1,3-dipolar cycloaddition.
著者: Payne, K.A. / White, M.D. / Fisher, K. / Khara, B. / Bailey, S.S. / Parker, D. / Rattray, N.J. / Trivedi, D.K. / Goodacre, R. / Beveridge, R. / Barran, P. / Rigby, S.E. / Scrutton, N.S. / Hay, S. / Leys, D.
履歴
登録2015年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferulic acid decarboxylase 1
B: Ferulic acid decarboxylase 1
C: Ferulic acid decarboxylase 1
D: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,47419
ポリマ－224,9274
非ポリマー2,54715
水26,0681447
1
A: Ferulic acid decarboxylase 1
D: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7259
ポリマ－112,4632
非ポリマー1,2627
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area34990 Å2
手法PISA
2
B: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子

C: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,74810
ポリマ－112,4632
非ポリマー1,2858
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area7780 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area34660 Å2
手法PISA
3
C: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子

B: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,74810
ポリマ－112,4632
非ポリマー1,2858
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area7780 Å2
ΔGint-73.4 kcal/mol
Surface area34660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.410, 96.180, 116.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ferulic acid decarboxylase 1


分子量: 56231.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: FDC1, YDR539W, D3703.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q03034, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離

-
非ポリマー , 5種, 1462分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-4LU / 1-deoxy-5-O-phosphono-1-(3,3,4,5-tetramethyl-9,11-dioxo-2,3,8,9,10,11-hexahydro-7H-quinolino[1,8-fg]pteridin-12-ium-7-y l)-D-ribitol / prenylated-FMN iminium form


分子量: 525.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N4O9P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: crystals were obtained in 0.2M calcium acetate, 20% PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→54.19 Å / Num. obs: 282233 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rpim(I) all: 0.392 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZA4

4za4


解像度: 1.65→54.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.642 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19231 15010 5 %RANDOM
Rwork0.16289 ---
obs0.16437 282233 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0.72 Å2
2--0.59 Å2-0 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→54.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15758 0 155 1447 17360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.02216692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4671.98322778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.42952096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93724.694669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.716152864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0611557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2670.22543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.02112573
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.631.510320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.541216848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.74136372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9394.55929
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 1068 -
Rwork0.316 21062 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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