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- PDB-4za6: Structure of the R. erythropolis transcriptional repressor QsdR f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4za6
タイトルStructure of the R. erythropolis transcriptional repressor QsdR from TetR family
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / Quorum-sensing / NAHL degradation / qsdA transcriptional regulator / Rhodococcus erythropolis R138
機能・相同性QsdR, TetR regulatory C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / metal ion binding / ACETATE ION / TetR family transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者El Sahili, A. / Morera, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Natural Guided Genome Engineering Reveals Transcriptional Regulators Controlling Quorum-Sensing Signal Degradation.
著者: El Sahili, A. / Kwasiborski, A. / Mothe, N. / Velours, C. / Legrand, P. / Morera, S. / Faure, D.
履歴
登録2015年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,50812
ポリマ－42,6012
非ポリマー90710
水5,711317
1
A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8727
ポリマ－21,3011
非ポリマー5726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6365
ポリマ－21,3011
非ポリマー3354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.630, 91.630, 145.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-332-

HOH

21B-344-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator / QsdR


分子量: 21300.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
遺伝子: QV65_28910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C2W9F0
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Na Acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 42157 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 34.16 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 12.44
反射 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Rsym value: 0.902 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Phasing from S-SAD model

解像度: 1.97→45.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9376 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2281 2107 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.2071 42146 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5943 Å20 Å20 Å2
2---4.5943 Å20 Å2
3---9.1885 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.266 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→45.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 0 58 317 3277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092988HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.034044HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1076SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes68HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes430HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2988HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.41
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion406SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3676SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2652 155 5.01 %
Rwork0.2182 2937 -
all0.2205 3092 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10980.01750.65530.48640.04551.2550.09690.0895-0.1561-0.0111-0.03740.04930.19250.0441-0.0595-0.19960.0038-0.0259-0.1545-0.0002-0.1834-9.7469-8.63570.6073
20.67490.00890.05021.2820.4561.2807-0.00980.0354-0.11810.17760.0714-0.17540.08060.184-0.0616-0.1597-0.0021-0.0404-0.1421-0.0373-0.1584-37.0975-9.633120.0355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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