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- PDB-4za5: Structure of A. niger Fdc1 with the prenylated-flavin cofactor in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4za5
タイトルStructure of A. niger Fdc1 with the prenylated-flavin cofactor in the iminium and ketimine forms.
要素Fdc1
キーワードLYASE / (de)carboxylase / prenylated flavin binding / UbiD-type enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / carboxy-lyase activity / manganese ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UbiD-like decarboxylase/ferulic acid decarboxylase 1 / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LU / Chem-FZZ / : / : / Ferulic acid decarboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Payne, K.A.P. / Leys, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: New cofactor supports alpha , beta-unsaturated acid decarboxylation via 1,3-dipolar cycloaddition.
著者: Payne, K.A. / White, M.D. / Fisher, K. / Khara, B. / Bailey, S.S. / Parker, D. / Rattray, N.J. / Trivedi, D.K. / Goodacre, R. / Beveridge, R. / Barran, P. / Rigby, S.E. / Scrutton, N.S. / Hay, S. / Leys, D.
履歴
登録2015年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fdc1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5196
ポリマ－56,3361
非ポリマー1,1835
水8,485471
1
A: Fdc1
ヘテロ分子

A: Fdc1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,03812
ポリマ－112,6722
非ポリマー2,36610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area32700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.020, 63.790, 87.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-936-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Fdc1


分子量: 56335.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: An03g06590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QHE5, 4-hydroxybenzoate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 476分子

#2: 化合物 ChemComp-4LU / 1-deoxy-5-O-phosphono-1-(3,3,4,5-tetramethyl-9,11-dioxo-2,3,8,9,10,11-hexahydro-7H-quinolino[1,8-fg]pteridin-12-ium-7-y l)-D-ribitol / prenylated-FMN iminium form


分子量: 525.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-FZZ / 1-deoxy-5-O-phosphono-1-[(10aR)-2,2,3,4-tetramethyl-8,10-dioxo-1,2,8,9,10,10a-hexahydro-6H-indeno[1,7-ef]pyrimido[4,5-b][1,4]diazepin-6-yl]-D-ribitol


分子量: 524.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, Bis-Tris propane 6.5, 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→48.01 Å / Num. obs: 206025 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→48.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.963 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15613 10689 4.9 %RANDOM
Rwork0.14442 ---
obs0.145 206025 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.711 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å2-0 Å2
2---2.26 Å2-0 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 75 471 4380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0224356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4851.9835991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.42737122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3885571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44824.023174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23415706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4361524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2020.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0214997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0230.02848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4521.52724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.6821.51082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19824451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.88331632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6234.51540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.15837254
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 729 -
Rwork0.259 14820 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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