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- PDB-4za1: Crystal Structure of NosA Involved in Nosiheptide Biosynthesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4za1
タイトルCrystal Structure of NosA Involved in Nosiheptide Biosynthesis
要素NosA
キーワードTRANSFERASE / beta barrel
機能・相同性Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / NosA
機能・相同性情報
生物種Streptomyces actuosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, S. / Guo, H. / Zhang, T. / Han, L. / Yao, P. / Zhang, Y. / Rong, N. / Yu, Y. / Lan, W. / Wang, C. ...Liu, S. / Guo, H. / Zhang, T. / Han, L. / Yao, P. / Zhang, Y. / Rong, N. / Yu, Y. / Lan, W. / Wang, C. / Ding, J. / Wang, R. / Liu, W. / Cao, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structure-based Mechanistic Insights into Terminal Amide Synthase in Nosiheptide-Represented Thiopeptides Biosynthesis
著者: Liu, S. / Guo, H. / Zhang, T. / Han, L. / Yao, P. / Zhang, Y. / Rong, N. / Yu, Y. / Lan, W. / Wang, C. / Ding, J. / Wang, R. / Liu, W. / Cao, C.
履歴
登録2015年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Other
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NosA
B: NosA
C: NosA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0614
ポリマ－48,9073
非ポリマー1541
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)143.371, 143.371, 143.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 NosA


分子量: 16302.233 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces actuosus (バクテリア)
遺伝子: nosA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6FX40
#2: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 5100 / PH範囲: 6.0 - 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 18105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 81.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.243 / Net I/av σ(I): 87.136 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 1483177
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.5981.80.46417651.002100
2.59-2.69820.3817591.141100
2.69-2.8282.70.2417781.025100
2.82-2.9683.30.18817651.015100
2.96-3.1583.50.12517741.045100
3.15-3.3984.20.0917981.12100
3.39-3.7383.60.0917941.492100
3.73-4.2782.30.0918202.16100
4.27-5.3880.20.07218521.484100
5.38-5076.20.04120000.93299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 913 -
Rwork0.179 --
obs0.263 17056 100 %
原子変位パラメータBiso max: 157.53 Å2 / Biso mean: 48.4845 Å2 / Biso min: 7.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2207 0 8 128 2343
拘束条件タイプ: r_bond_refined_d / Dev ideal: 0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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