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- PDB-4z9x: Crystal structure of 2-keto-3-deoxy-D-gluconate dehydrogenase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9x
タイトルCrystal structure of 2-keto-3-deoxy-D-gluconate dehydrogenase from Streptococcus pyogenes
要素Gluconate 5-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glycosaminoglycan metabolism / Short-chain dehydrogenase/reductase / Rossmann fold / NADH specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 5-keto-D-gluconate 5-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Maruyama, Y. / Takase, R. / Oiki, S. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Grants-in-aid from the Japan Society for the Promotion of Science 日本
Program for Promotion of Basic Research Activities for Innovative Biosciences (PROBRAIN) of Japan 日本
Targeted Proteins Research Program from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science, and Technology (MEXT) of Japan 日本
Research fellowships from the Japan Society for the Promotion of Science for Young Scientists 日本
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Structural determinants in bacterial 2-keto-3-deoxy-D-gluconate dehydrogenase KduD for dual-coenzyme specificity
著者: Takase, R. / Maruyama, Y. / Oiki, S. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
履歴
登録2015年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gluconate 5-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2081
ポリマ－28,2081
非ポリマー00
水1,72996
1
A: Gluconate 5-dehydrogenase

A: Gluconate 5-dehydrogenase

A: Gluconate 5-dehydrogenase

A: Gluconate 5-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8334
ポリマ－112,8334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area16070 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area34270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.621, 67.621, 108.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-366-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Gluconate 5-dehydrogenase / 2-keto-3-deoxy-D-gluconic acid 5-dehydrogenase / Putative 5-keto-D-gluconate 5-reductase


分子量: 28208.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: idnO, M5005_Spy0524, SPy_0636 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9A0T1, EC: 1.1.1.127
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, sodium citrate, ammonium sulfate, nicotinamide adenine dinucleotide, 5-keto-D-gluconic acid potassium salt

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 28162 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 58
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CXR

3cxr


解像度: 1.7→32.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.829 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20066 1420 5 %RANDOM
Rwork0.18234 ---
obs0.18326 26769 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.612 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å2-0 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 0 96 2024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191967
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1021.9622662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72634403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5475257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8825.0683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25115331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.23159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9112.2171028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9092.2151027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5213.3131282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.523.3151283
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2772.493939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2772.495940
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1173.6661380
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.36818.1372252
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.32218.0552226
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 97 -
Rwork0.205 1938 -
obs--98.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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