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- PDB-4z9l: THE STRUCTURE OF JNK3 IN COMPLEX WITH AN IMIDAZOLE-PYRIMIDINE INH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9l
タイトルTHE STRUCTURE OF JNK3 IN COMPLEX WITH AN IMIDAZOLE-PYRIMIDINE INHIBITOR
要素Mitogen-activated protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / MAP KINASE / APOPTOSIS / INHIBITION / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / cellular senescence / rhythmic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-880 / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitogen-activated protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Scapin, G. / Patel, S.B. / Lisnock, J. / Becker, J.W. / Lograsso, P.V. / Smart, O.S. / Bricogne, G.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2003
タイトル: The structure of JNK3 in complex with small molecule inhibitors: structural basis for potency and selectivity.
著者: Scapin, G. / Patel, S.B. / Lisnock, J. / Becker, J.W. / LoGrasso, P.V.
#1: ジャーナル: Multifaceted Roles Of Crystallography In Modern Drug Discovery
年: 2015
タイトル: Achieving High Quality Ligand Chemistry in Protein-Ligand Crystal Structures for Drug Design
著者: Smart, O.S. / Bricogne, G.
履歴
登録2015年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年5月6日ID: 1PMQ
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.d_res_high / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0216
ポリマ－42,0021
非ポリマー1,0205
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.951, 71.525, 106.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated ...MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3


分子量: 42001.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-401 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-880 / CYCLOHEXYL-{4-[5-(3,4-DICHLOROPHENYL)-2-PIPERIDIN-4-YL-3-PROPYL-3H-IMIDAZOL-4-YL]-PYRIMIDIN-2-YL}AMINE


分子量: 513.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34Cl2N6
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG MME 550, ETHYLENE GLYCOL, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→17 Å / Num. obs: 19586 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 25.31 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1PMN

1pmn


解像度: 2.1→16.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9182 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8926 / SU R Cruickshank DPI: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.256 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.188
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 957 4.89 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs0.201 19586 84.31 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.8069 Å20 Å20 Å2
2---3.0291 Å20 Å2
3----4.7778 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.294 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→16.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2636 0 69 67 2772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012826HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.993889HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d961SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes64HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes447HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2826HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion355SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3303SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3129 65 5.5 %
Rwork0.1792 1117 -
all0.187 1182 -
obs--35.39 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.464 Å / Origin y: 15.1023 Å / Origin z: 23.1047 Å
111213212223313233
T-0.0929 Å2-0.0159 Å2-0.0011 Å2--0.1595 Å2-0.0099 Å2---0.1329 Å2
L0.48 °2-0.1745 °20.4235 °2-1.5444 °20.4799 °2--4.0401 °2
S0.0236 Å °-0.0045 Å °-0.0112 Å °-0.0301 Å °-0.0509 Å °0.03 Å °-0.0191 Å °-0.1145 Å °0.0272 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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