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- PDB-4z8z: Crystal structure of the hypothetical protein from Ruminiclostrid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8z
タイトルCrystal structure of the hypothetical protein from Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Human Microbiome / Midwest Center For Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, J. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein from Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, J. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / entity_src_gen ...audit_author / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _audit_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._audit_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0501
ポリマ－38,0501
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.353, 141.353, 112.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 38050.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372) (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: Cthe_0134 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DBP6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris, 20% PEG2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月24日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 14192 / Num. obs: 14192 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 51.7
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 21.269 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22171 694 4.9 %RANDOM
Rwork0.17505 13496 --
obs0.17745 13496 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å2-1.01 Å20 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3---6.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2619 0 0 27 2646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7331.9833607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01635959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2765318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9124.545132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.50515463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.91513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0654.3891278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0644.3871277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.256.5761594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2496.5781595
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4934.6541397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4934.6561398
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9226.8662014
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.32734.3232903
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.32334.3312903
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.551→2.617 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 49 -
Rwork0.257 970 -
obs--97.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1125-1.6498-0.68558.99121.08190.3007-0.09-0.0797-0.1656-0.19450.00470.1604-0.05960.11190.08540.2857-0.0854-0.04960.2760.03240.0654106.6335133.5031123.8781
23.00930.6996-0.03281.42830.50673.429-0.0673-0.078-0.6175-0.32790.001-0.04320.39650.13260.06620.20160.0405-0.01820.03840.02160.142996.955108.2275130.769
32.97960.4521.6915.8184-2.34642.19650.1681-0.4977-0.42240.2366-0.237-0.66630.0293-0.03690.06890.0450.0686-0.02920.57750.17030.1369103.2341113.9036152.6684
41.6428-0.1822-1.41843.27221.8022.6056-0.0527-0.7237-0.16530.08480.0173-0.09890.09190.52860.03540.09960.0544-0.05450.46430.09330.0665101.5222118.5096144.7921
57.7172-3.4555-5.05551.79042.81684.6375-0.0203-0.62290.2507-0.08310.1712-0.1087-0.18380.2672-0.15090.1536-0.0396-0.01770.3304-0.02190.0994104.5293132.5613143.5191
62.1020.3985-0.42091.3020.05141.751-0.0599-0.3299-0.0839-0.2294-0.01960.1683-0.02480.13080.07950.13110.0302-0.05710.19060.02970.042193.0358122.0074133.676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3A49 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4A72 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5A106 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6A120 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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