PDB-4z7r: The 1.98-angstrom crystal structure of Zn(2+)-bound PqqB from Met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z7r

タイトル

The 1.98-angstrom crystal structure of Zn(2+)-bound PqqB from Methylobacterium extorquens

要素

Coenzyme PQQ synthesis protein B

キーワード

HYDROLASE / PqqB / PQQ / Pyrroloquinoline quinone / Pyrroloquinoline quinone B / metallo-beta-lactamase / beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroloquinoline quinone biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylobacterium extorquens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.982 Å

データ登録者

Tu, X. / Wilmot, C.M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures reveal metal-binding plasticity at active site of PqqB
著者: Tu, X. / Wimot, C.M.

履歴

登録	2015年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z7r.cif.gz	227.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z7r.ent.gz	183.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/4z7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/4z7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6drh-1 6drh-2 3py6-1 6drh-4 2hte-1 6e13-1 3krp-3 2vdv-d 3fcx-d 5b1s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coenzyme PQQ synthesis protein B

B: Coenzyme PQQ synthesis protein B

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.431, 51.991, 120.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid A
2	1	chain B and segid B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and segid A	A	0
2	1	1	chain B and segid B	B	0

#1: タンパク質	Coenzyme PQQ synthesis protein B / Coenzyme PQQ synthesis protein G / Pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein B 分子量: 32198.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / AM1) (バクテリア) 株: ATCC 14718 / DSM 1338 / AM1 / 遺伝子: pqqB, pqqG, MexAM1_META1p1750 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q49149
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 20% PEG8000, 0.2M NaCl, Bis-Tris Propane pH7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 108 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 38935 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 15.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.14 / Χ²: 1.865 / Net I/av σ(I): 12.631 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 117845

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.98-2.01	2.1	0.45	1860	0.706	0.366	0.582	1.555	96.9
2.01-2.05	2.2	0.419	1921	0.72	0.334	0.538	1.623	98.5
2.05-2.09	2.4	0.36	1912	0.745	0.279	0.457	1.746	98.6
2.09-2.13	2.6	0.356	1908	0.781	0.269	0.448	1.605	99.4
2.13-2.18	2.7	0.328	1971	0.809	0.238	0.407	1.683	99.7
2.18-2.23	2.8	0.303	1916	0.854	0.211	0.371	1.622	99.9
2.23-2.29	3.1	0.284	1960	0.889	0.187	0.342	2.833	99.8
2.29-2.35	3.2	0.265	1945	0.911	0.174	0.318	1.661	100
2.35-2.42	3.2	0.247	1934	0.925	0.162	0.296	1.737	100
2.42-2.49	3.2	0.234	1969	0.921	0.154	0.281	1.733	100
2.49-2.58	3.3	0.198	1938	0.952	0.13	0.238	1.762	99.9
2.58-2.69	3.2	0.169	1940	0.959	0.11	0.202	1.652	100
2.69-2.81	3.3	0.155	1965	0.97	0.101	0.186	1.655	99.9
2.81-2.96	3.3	0.137	1940	0.977	0.089	0.163	1.818	100
2.96-3.14	3.3	0.108	1961	0.984	0.07	0.129	1.714	99.9
3.14-3.39	3.3	0.079	1973	0.99	0.051	0.095	1.715	100
3.39-3.73	3.4	0.063	1977	0.994	0.04	0.075	1.924	99.9
3.73-4.26	3.4	0.052	1959	0.995	0.033	0.061	2.023	99.8
4.26-5.37	3.3	0.046	1987	0.995	0.03	0.055	2.206	99.7
5.37-50	3	0.055	1999	0.99	0.038	0.067	2.619	96.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.982→21.788 Å / FOM work R set: 0.8589 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	1956	5.03 %
R_work	0.1748	36958	-
obs	0.1771	38914	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 200.45 Å² / B_iso mean: 15.85 Å² / B_iso min: 4.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.982→21.788 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4363	0	4	235	4602
B_iso mean	-	-	21.03	27.09	-
残基数	-	-	-	-	578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4445
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.794	6051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	794
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.413	1611

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2512	X-RAY DIFFRACTION	4.369	TORSIONAL
1	2	B	2512	X-RAY DIFFRACTION	4.369	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.982-2.0316	0.2627	156	0.218	2472	2628	95
2.0316-2.0864	0.2467	146	0.2111	2618	2764	99
2.0864-2.1478	0.2196	137	0.205	2616	2753	99
2.1478-2.2171	0.267	130	0.1992	2636	2766	100
2.2171-2.2962	0.2264	144	0.1882	2612	2756	100
2.2962-2.388	0.2304	134	0.1855	2674	2808	100
2.388-2.4966	0.2712	132	0.1799	2637	2769	100
2.4966-2.628	0.2284	145	0.1752	2633	2778	100
2.628-2.7923	0.2238	139	0.1732	2628	2767	100
2.7923-3.0074	0.2504	139	0.1751	2700	2839	100
3.0074-3.3091	0.2219	129	0.1724	2652	2781	100
3.3091-3.7858	0.2017	122	0.1585	2703	2825	100
3.7858-4.7615	0.1854	146	0.1479	2663	2809	100
4.7615-21.7892	0.1962	157	0.1664	2714	2871	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0964	-0.0203	-0.0589	0.1267	-0.1388	0.2297	-0.011	0.0252	0.0026	0.0286	0.0218	-0.0221	-0.0457	-0.0214	-0.0002	0.0854	0.0036	-0.0031	0.0949	0.0004	0.0949	51.2303	-1.2897	21.4093
2	0.0156	-0.0232	-0.0041	0.0285	0.0079	0.0113	-0.0021	0.0397	-0.0441	-0.0224	0.0258	0.0464	-0.0734	-0.123	0	0.1502	-0.0041	-0.0069	0.1668	0.0078	0.1557	46.4176	-1.4485	7.4624
3	0.0522	0.0199	-0.0526	0.0124	-0.0485	0.1182	0.0028	0.028	-0.0074	-0.0665	0.0322	-0.0093	0.0279	0.0092	0.0641	0.0694	-0.0128	0.0081	0.1177	-0.0005	0.1104	58.7826	-9.0916	4.6548
4	0.1285	0.1465	0.081	0.2413	-0.1145	0.3362	-0.0135	0.0036	-0.0226	0.0697	0.0314	0.0264	0.0264	-0.0212	0.0133	0.0948	0.0087	0.0102	0.0819	0.0092	0.0862	49.4431	-18.3609	38.3501
5	0.1274	0.1014	0.0034	0.1003	-0.02	0.1371	0.0244	-0.04	0.0191	0.2095	0.0513	0.0343	-0.0463	0.0281	0.1343	0.1886	0.0259	-0.0095	0.0889	0	0.0946	55.2719	-8.3144	53.6374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 164 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 165 through 193 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 194 through 299 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 207 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 208 through 299 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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