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- PDB-4z61: The plant peptide hormone receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z61
タイトルThe plant peptide hormone receptor complex
要素
  • PTR-ILE-PTR-THR-GLN
  • Phytosulfokine receptor 1
  • Somatic embryogenesis receptor kinase 2
キーワードTRANSFERASE / hormone receptor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microsporogenesis / pollen maturation / brassinosteroid mediated signaling pathway / response to other organism / receptor serine/threonine kinase binding / defense response / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / signaling receptor binding ...microsporogenesis / pollen maturation / brassinosteroid mediated signaling pathway / response to other organism / receptor serine/threonine kinase binding / defense response / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / signaling receptor binding / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phytosulfokine receptor 1 / Somatic embryogenesis receptor kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Daucus carota (ニンジン)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Arabidopsis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Chai, J. / Wang, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Allosteric receptor activation by the plant peptide hormone phytosulfokine
著者: Wang, J. / Li, H. / Han, Z. / Zhang, H. / Wang, T. / Lin, G. / Chang, J. / Yang, W. / Chai, J.
履歴
登録2015年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytosulfokine receptor 1
B: Phytosulfokine receptor 1
C: Somatic embryogenesis receptor kinase 2
D: Somatic embryogenesis receptor kinase 2
P: PTR-ILE-PTR-THR-GLN
Q: PTR-ILE-PTR-THR-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,61823
ポリマ－190,8576
非ポリマー3,76117
水3,693205
1
A: Phytosulfokine receptor 1
C: Somatic embryogenesis receptor kinase 2
Q: PTR-ILE-PTR-THR-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,64113
ポリマ－95,4293
非ポリマー2,21210
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phytosulfokine receptor 1
D: Somatic embryogenesis receptor kinase 2
P: PTR-ILE-PTR-THR-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,97710
ポリマ－95,4293
非ポリマー1,5487
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)486.185, 73.495, 67.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-830-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phytosulfokine receptor 1 / DcPSKR1 / Phytosulfokine LRR receptor kinase 1


分子量: 70140.000 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-659 / 変異: A245E, I355L, E368A, A575S, A613D, V625A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Daucus carota (ニンジン) / 遺伝子: PSKR
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q8LPB4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Somatic embryogenesis receptor kinase 2 / AtSERK2 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 2


分子量: 24441.812 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-216 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SERK2, At1g34210, F23M19.11
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9XIC7, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質・ペプチド PTR-ILE-PTR-THR-GLN


分子量: 846.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Arabidopsis (植物)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.5, 0.4M KCl, 30%(v/v) Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→99 Å / Num. obs: 54303 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 14.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→29.87 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 2770 5.1 %
Rwork0.196 --
obs0.2 54303 87.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12227 0 238 205 12670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43317285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2784674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1132040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7501-2.79750.34521160.2381976X-RAY DIFFRACTION68
2.7975-2.84830.37421480.23822613X-RAY DIFFRACTION89
2.8483-2.90310.31851360.22432639X-RAY DIFFRACTION91
2.9031-2.96230.2961290.2322632X-RAY DIFFRACTION90
2.9623-3.02660.31971460.23672617X-RAY DIFFRACTION90
3.0266-3.0970.34241370.23512622X-RAY DIFFRACTION90
3.097-3.17430.31631490.2462617X-RAY DIFFRACTION90
3.1743-3.260.30491370.23572611X-RAY DIFFRACTION90
3.26-3.35580.31751370.22282643X-RAY DIFFRACTION89
3.3558-3.4640.28251570.21762571X-RAY DIFFRACTION89
3.464-3.58760.27621370.19942635X-RAY DIFFRACTION90
3.5876-3.7310.26321380.18442631X-RAY DIFFRACTION89
3.731-3.90050.22841280.16552580X-RAY DIFFRACTION88
3.9005-4.10560.2021210.1562651X-RAY DIFFRACTION89
4.1056-4.36210.19451630.1492607X-RAY DIFFRACTION89
4.3621-4.69770.22911450.1462590X-RAY DIFFRACTION89
4.6977-5.16830.20961320.15082609X-RAY DIFFRACTION88
5.1683-5.91110.2231360.18752598X-RAY DIFFRACTION88
5.9111-7.42840.27261440.21062572X-RAY DIFFRACTION86
7.4284-29.87360.27371340.24332519X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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