PDB-4z5z: The 2.5-angstrom crystal structure of Mg(2+)-bound PqqB from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z5z

タイトル

The 2.5-angstrom crystal structure of Mg(2+)-bound PqqB from Pseudomonas Putida

要素

Coenzyme PQQ synthesis protein B

キーワード

HYDROLASE / PqqB / PQQ / metallo-beta-lactamase / beta-lactamase / Pyrroloquinoline quinone

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroloquinoline quinone biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Tu, X. / Wilmot, C.M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures reveal metal-binding plasticity at the active site of PqqB
著者: Tu, X. / Wilmot, C.M.

履歴

登録	2015年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z5z.cif.gz	134 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z5z.ent.gz	103.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4z5z_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z5z_full_validation.pdf.gz	441 KB	表示
XML形式データ	4z5z_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	4z5z_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/4z5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/4z5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z5yC 4z60C 4z67C 4z6x C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z60-1 6e13-1 4z6x-1 3c41-d 6bjm-2 4z5y-1 3uca-d 5c4f-1 6bq7-d 6bq6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coenzyme PQQ synthesis protein B

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coenzyme PQQ synthesis protein B

ヘテロ分子

A: Coenzyme PQQ synthesis protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.150, 86.150, 106.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Coenzyme PQQ synthesis protein B / Pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein B 分子量: 33985.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain KT2440) (バクテリア) 株: KT2440 / 遺伝子: pqqB, PP_0379 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88QV5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 11% PEG4000, 0.2M NaCl, 1mM MgCl2, 1mM Malic acid, 0.1M Bis-Tris Propane

-
データ収集

回折

平均測定温度: 108 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.54→30 Å / Num. obs: 13539 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 0.834 / Net I/av σ(I): 9.441 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 84784

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.54-2.58	4.9	0.472	641	0.687	0.217	0.522	0.677	97.1
2.58-2.63	5	0.436	658	0.656	0.2	0.483	0.656	97.3
2.63-2.68	5.2	0.434	675	0.721	0.195	0.478	0.732	98
2.68-2.74	5.2	0.416	647	0.723	0.188	0.458	0.666	96.7
2.74-2.8	5.4	0.364	675	0.816	0.162	0.401	0.709	97.5
2.8-2.86	5.4	0.351	668	0.834	0.154	0.385	0.737	98.4
2.86-2.93	5.6	0.32	654	0.846	0.139	0.351	0.765	97.8
2.93-3.01	5.8	0.275	668	0.924	0.116	0.3	0.759	97.9
3.01-3.1	5.8	0.264	676	0.943	0.112	0.288	0.826	97.7
3.1-3.2	6.1	0.219	671	0.959	0.09	0.237	0.782	96.5
3.2-3.31	6.3	0.196	662	0.977	0.079	0.212	0.872	97.8
3.31-3.45	6.4	0.178	688	0.967	0.071	0.192	0.941	98.3
3.45-3.6	6.8	0.148	673	0.979	0.057	0.16	0.981	97.3
3.6-3.79	7.4	0.153	668	0.989	0.057	0.164	1.498	97.8
3.79-4.03	7	0.125	679	0.99	0.047	0.134	0.954	97.8
4.03-4.34	7.3	0.105	691	0.993	0.039	0.112	0.782	97.3
4.34-4.77	7.4	0.098	688	0.995	0.035	0.104	0.734	97.6
4.77-5.46	7.5	0.083	698	0.996	0.03	0.089	0.444	97.4
5.46-6.87	7.4	0.095	712	0.994	0.035	0.102	0.806	96.9
6.87-30	7	0.086	747	0.986	0.033	0.092	1.068	93.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.54→23.894 Å / FOM work R set: 0.8495 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 21.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	679	5.02 %
R_work	0.1881	12848	-
obs	0.19	13527	97.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.48 Å² / B_iso mean: 45.56 Å² / B_iso min: 18.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.54→23.894 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2380	0	11	57	2448
B_iso mean	-	-	70.7	38.9	-
残基数	-	-	-	-	308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2445
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.699	3320
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	357
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	445
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.56	898

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5345-2.7299	0.3455	159	0.2744	2417	2576	96
2.7299-3.0042	0.2856	128	0.2361	2559	2687	98
3.0042-3.4378	0.241	139	0.1982	2554	2693	98
3.4378-4.3271	0.2049	123	0.1548	2591	2714	98
4.3271-23.8948	0.1603	130	0.164	2727	2857	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1367	-0.1376	0.1235	0.1439	-0.1299	0.0875	-0.0522	-0.0197	0.1108	0.0024	0.0462	-0.0932	-0.0961	0.0491	0	0.2281	-0.0064	-0.0079	0.2393	-0.0054	0.227	-13.3881	-13.2305	-9.7425
2	0.3719	0.2832	0.185	0.3579	0.0625	0.1157	0.0029	0.2928	0.0382	0.0915	-0.0527	0.5007	0.1165	0.0606	-0.0097	0.2439	0.0302	0.0302	0.1825	-0.0051	0.1815	-27.0722	-12.8588	-5.4237
3	0.2485	0.2133	0.1219	0.3434	0.0465	0.5686	0.0209	0.0746	-0.1827	-0.0424	0.1263	0.1948	0.0422	-0.1623	0.0202	0.1917	-0.028	0.0193	0.2413	-0.0218	0.2557	-34.2282	-19.3725	-12.5649
4	0.0241	0.0132	0.0331	0.0039	0.0141	0.0345	0.0052	0.0495	0.1331	0.0993	0.0085	0.0967	0.0949	-0.1311	-0	0.4949	0.0611	-0.0997	0.2589	-0.0443	0.4472	-25.9098	-34.0817	-15.9946
5	0.6072	-0.2761	-0.2473	0.2124	0.0613	0.1385	0.2194	0.1151	0.1073	-0.2562	-0.0328	-0.2693	0.439	-0.3669	0.0201	0.3849	0.0002	-0.0995	0.2296	-0.0133	0.3546	-25.4634	-11.4372	-26.4799
6	0.0827	-0.0099	-0.0109	0.0998	-0.0502	0.1586	0.0228	0.0002	-0.2492	-0.7059	0.0509	0.1537	0.3616	-0.3273	-0.0042	0.6501	0.0228	-0.1516	0.4776	-0.0234	0.4754	-20.3843	-23.5569	-31.4408
7	0.2499	0.1542	-0.0532	0.0989	-0.0223	0.0233	-0.0678	-0.0219	-0.2395	-0.1745	0.179	-0.2808	-0.069	0.1328	0.0001	0.3985	0.0189	0.0405	0.4564	-0.0508	0.5873	-7.7443	-24.8888	-21.0661
8	0.1316	0.0123	-0.1762	0.1899	-0.0228	0.4101	-0.0205	-0.1284	-0.1954	0.0827	-0.4109	-0.2196	0.0343	0.2823	-0.0082	0.6007	0.0143	0.0672	0.2966	-0.0894	0.4965	-9.1351	-31.6415	-20.3797
9	0.1972	-0.1403	-0.0168	0.0935	0.0038	0.0426	0.1838	0.0502	0.0371	-0.1176	-0.1083	-0.1302	0.0095	0.1951	0	0.4156	0.0001	0.0273	0.304	-0.0071	0.3466	-7.5653	-17.9703	-24.3175
10	1.4242	0.8787	0.7465	0.7174	0.3102	0.5858	-0.1732	-0.1982	0.4198	-0.1124	0.0184	0.0497	0.1871	0.1007	-0.4078	0.3689	-0.0012	0.0633	0.3543	0.0646	0.282	-8.8512	-10.7108	-24.9087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 70 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 103 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 160 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 161 through 180 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 181 through 197 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 198 through 213 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 214 through 232 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 233 through 252 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 253 through 281 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 282 through 307 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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