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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z5v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of MHV ns2 PDE Domain | ||||||
![]() | Non-structural protein 2a | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Murine hepatitis virus / ns2 protein / Phosphodiesterase | ||||||
機能・相同性 | Coronavirus NS2A / NS2A-like / Coronavirus NS2A protein / host cell cytoplasm / Non-structural protein 2a![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sui, B.K. / Huang, J.H. / Peng, G.Q. / Zhao, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the mouse hepatitis virus ns2 phosphodiesterase domain that antagonizes RNase L activation 著者: Sui, B.K. / Huang, J.H. / Jha, B.K. / Yin, P. / Zhou, M. / Fu, Z.F. / Silverman, R.H. / Weiss, S.R. / Peng, G.Q. / Zhao, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24139.852 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: phosphodiesterase 由来: (組換発現) ![]() 株: A59 / 遺伝子: 2a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.9 % 解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 16% PEG3350, 0.1M succinic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 32650 / Num. obs: 31292 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 92.19 Å2 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.277 / Net I/av σ(I): 32.926 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 274550 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1752 / CC1/2: 0.899 / Rpim(I) all: 0.223 / Rrim(I) all: 0.903 / Χ2: 1.312 / Rejects: 0 / % possible all: 96.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.049→48.489 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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