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- PDB-4z5v: Crystal Structure of MHV ns2 PDE Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z5v
タイトルCrystal Structure of MHV ns2 PDE Domain
要素Non-structural protein 2a
キーワードVIRAL PROTEIN / Murine hepatitis virus / ns2 protein / Phosphodiesterase
機能・相同性Coronavirus NS2A / NS2A-like / Coronavirus NS2A protein / host cell cytoplasm / Non-structural protein 2a
機能・相同性情報
生物種Murine coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.049 Å
データ登録者Sui, B.K. / Huang, J.H. / Peng, G.Q. / Zhao, L.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the mouse hepatitis virus ns2 phosphodiesterase domain that antagonizes RNase L activation
著者: Sui, B.K. / Huang, J.H. / Jha, B.K. / Yin, P. / Zhou, M. / Fu, Z.F. / Silverman, R.H. / Weiss, S.R. / Peng, G.Q. / Zhao, L.
履歴
登録2015年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 2a
B: Non-structural protein 2a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2802
ポリマ－48,2802
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area17270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)101.042, 101.042, 165.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 2a / ns2a / 30 kDa accessory protein / 30 kDa non-structural protein / ns2 / p30


分子量: 24139.852 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: phosphodiesterase
由来: (組換発現) Murine coronavirus (strain A59) (ウイルス)
株: A59 / 遺伝子: 2a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P19738
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.9 %
解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 16% PEG3350, 0.1M succinic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 32650 / Num. obs: 31292 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 92.19 Å2 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.277 / Net I/av σ(I): 32.926 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 274550
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1752 / CC1/2: 0.899 / Rpim(I) all: 0.223 / Rrim(I) all: 0.903 / Χ2: 1.312 / Rejects: 0 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000data processing
PHENIX1.8.2-1309位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.049→48.489 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.76 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 3124 10 %
Rwork0.2262 --
obs0.2301 31252 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.049→48.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2511 0 0 0 2511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2523457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.748954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0493-3.09690.3471390.31231264X-RAY DIFFRACTION99
3.0969-3.14770.35331390.30331287X-RAY DIFFRACTION100
3.1477-3.2020.31241430.28411266X-RAY DIFFRACTION100
3.202-3.26020.35071420.28431315X-RAY DIFFRACTION100
3.2602-3.32290.35761390.27291271X-RAY DIFFRACTION100
3.3229-3.39070.32721390.22591284X-RAY DIFFRACTION100
3.3907-3.46440.23521430.23061277X-RAY DIFFRACTION100
3.4644-3.5450.29311420.23911266X-RAY DIFFRACTION100
3.545-3.63360.28611470.24281288X-RAY DIFFRACTION100
3.6336-3.73180.2661460.24171295X-RAY DIFFRACTION100
3.7318-3.84160.25231380.23391265X-RAY DIFFRACTION100
3.8416-3.96550.23731400.241284X-RAY DIFFRACTION100
3.9655-4.10720.29851390.22751272X-RAY DIFFRACTION100
4.1072-4.27150.26061390.21461266X-RAY DIFFRACTION100
4.2715-4.46580.20991380.19831295X-RAY DIFFRACTION100
4.4658-4.70110.21681420.17031273X-RAY DIFFRACTION100
4.7011-4.99530.23861460.17571291X-RAY DIFFRACTION100
4.9953-5.38050.19541470.19671268X-RAY DIFFRACTION100
5.3805-5.92120.26421420.22881288X-RAY DIFFRACTION100
5.9212-6.7760.2931420.23731280X-RAY DIFFRACTION100
6.776-8.52940.25851480.25141267X-RAY DIFFRACTION100
8.5294-48.4950.2951440.22961266X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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