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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z5s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apo-form of aldehyde deformylating oxygenase from Synechocystis sp.PCC 6803 | ||||||
要素 | Aldehyde decarbonylase | ||||||
キーワード | LYASE / oxygenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.582 Å | ||||||
データ登録者 | Jia, C. / Li, M. / Chang, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: BMC Biotechnol. / 年: 2017 タイトル: Identification of residues important for the activity of aldehyde-deformylating oxygenase through investigation into the structure-activity relationship 著者: Wang, Q. / Bao, L. / Jia, C. / Li, M. / Li, J.J. / Lu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z5s.cif.gz | 115.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z5s.ent.gz | 89.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4z5s_validation.pdf.gz | 419.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4z5s_full_validation.pdf.gz | 419 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4z5s_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4z5s_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/4z5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/4z5s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2oc5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26202.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: sll0208 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55688, aldehyde oxygenase (deformylating) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.04 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 19%(v/v) 2-Propanol, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate pH5.2, 18% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月8日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.582→44.014 Å / Num. obs: 29825 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.5 % / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OC5 解像度: 1.582→44.014 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.55 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.582→44.014 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.2667 Å / Origin y: 102.1311 Å / Origin z: 46.6198 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |