PDB-4z4y: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 7.5mM B anti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z4y

タイトル

Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 7.5mM B antigen (trisaccharide)

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / HBGA / norovirus / protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus GII.10 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.797 Å

データ登録者

Leuthold, M.M. / Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid.
著者: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z4y.cif.gz	264.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z4y.ent.gz	210.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z4y_validation.pdf.gz	828.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z4y_full_validation.pdf.gz	831.7 KB	表示
XML形式データ	4z4y_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	4z4y_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z4rC 4z4sC 4z4tC 4z4uC 4z4vC 4z4wC 4z4zC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ony-2 2obr-1 3r6j-1 4wze-d 3ony-1 5lkg-d 5hza-d 5hzb-d 5f4m-d 4z4u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.123, 78.671, 69.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.360, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 224 - 538 / Label seq-ID: 1 - 315

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質

Capsid protein

分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: Protruding domain, UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Norovirus GII.10 (ウイルス) / プラスミド: pMBP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.984463 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984463 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.797→43.2 Å / Num. obs: 63976 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.04777 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.797→1.861 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) all: 6.12 / Mean I/σ(I) obs: 6.12 / Rejects: 0 / % possible all: 95.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.797→43.2 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1834	3199	5 %
R_work	0.1455	60771	-
obs	0.1474	63970	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.93 Å² / B_iso mean: 19.3708 Å² / B_iso min: 4.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.797→43.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4766	0	69	579	5414
B_iso mean	-	-	21.83	27.64	-
残基数	-	-	-	-	622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5014
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.243	6865
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	775
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	903
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.64	1786

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2782	X-RAY DIFFRACTION	6.047	TORSIONAL
1	2	B	2782	X-RAY DIFFRACTION	6.047	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7968-1.8236	0.2058	125	0.1739	2385	2510	90
1.8236-1.8521	0.2315	140	0.1599	2655	2795	100
1.8521-1.8825	0.1918	141	0.1561	2677	2818	100
1.8825-1.915	0.1899	138	0.1501	2626	2764	100
1.915-1.9498	0.1925	139	0.15	2639	2778	100
1.9498-1.9873	0.1696	139	0.1468	2647	2786	100
1.9873-2.0279	0.1818	141	0.1422	2661	2802	100
2.0279-2.072	0.1918	138	0.146	2638	2776	100
2.072-2.1202	0.1837	140	0.1422	2648	2788	100
2.1202-2.1732	0.2075	139	0.1453	2653	2792	99
2.1732-2.2319	0.1988	139	0.1514	2632	2771	100
2.2319-2.2976	0.1791	138	0.1471	2623	2761	99
2.2976-2.3718	0.1903	139	0.1445	2639	2778	99
2.3718-2.4565	0.1867	139	0.1495	2648	2787	99
2.4565-2.5549	0.1884	140	0.146	2658	2798	100
2.5549-2.6711	0.1815	140	0.1556	2661	2801	100
2.6711-2.8119	0.2176	141	0.1563	2675	2816	100
2.8119-2.9881	0.1912	140	0.151	2656	2796	100
2.9881-3.2187	0.1668	140	0.1522	2654	2794	100
3.2187-3.5425	0.1894	140	0.1455	2672	2812	100
3.5425-4.0547	0.1434	141	0.137	2670	2811	99
4.0547-5.1073	0.1455	140	0.119	2655	2795	98
5.1073-43.2179	0.2191	142	0.1472	2699	2841	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7924	-0.187	0.0086	1.0012	0.3086	1.9144	-0.0224	0.0566	0.0776	-0.0363	-0.0099	-0.0025	-0.1673	0.0376	0.0156	0.087	-0.0154	-0.0082	0.0731	0.0113	0.0834	9.1701	9.8504	11.177
2	0.8651	0.027	-0.0538	1.0176	-0.3107	1.274	-0.0368	0.0039	0.0837	0.0375	0.0562	0.0615	-0.1891	-0.0997	-0.0006	0.0795	0.0125	0.0015	0.0638	0.0021	0.0818	1.6139	9.8684	16.9655
3	2.0299	0.5256	-0.1844	0.8854	-0.0453	1.9893	-0.1052	0.2901	-0.1558	-0.2591	0.0926	-0.1124	0.0879	0.2767	0.0112	0.1701	-0.0122	0.0298	0.1777	-0.0126	0.1024	15.7663	-2.0692	-5.5927
4	1.7234	0.457	0.1775	1.148	-0.1573	0.9299	0.0881	-0.0275	-0.1858	0.0627	-0.0257	-0.0677	0.1225	0.0386	-0.0268	0.0959	-0.0014	-0.0152	0.0637	0.0115	0.0994	17.4131	-8.3206	23.1412
5	1.5138	-0.3199	0.3722	0.8498	-0.2672	0.8982	0.0313	-0.1491	-0.26	0.0594	0.0348	0.0847	0.1207	-0.0822	-0.0425	0.1051	-0.0179	-0.0039	0.0811	0.0383	0.1234	7.9237	-11.4334	29.0178
6	1.8924	-0.0403	-0.3178	0.8658	0.2654	1.259	0.0831	0.0742	-0.0146	-0.0202	0.0173	-0.2895	-0.0738	0.2387	-0.0666	0.0891	-0.01	-0.005	0.1231	-0.0087	0.1588	33.7551	1.0261	23.4754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 224 through 327 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 328 through 455 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 456 through 538 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 224 through 318 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 319 through 426 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 427 through 538 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)