PDB-4z4v: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 19mM fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z4v

タイトル

Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 19mM fucose

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / fucose / norovirus / protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus GII.10 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid.
著者: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z4v.cif.gz	263.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z4v.ent.gz	210.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z4v_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z4v_full_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示
XML形式データ	4z4v_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	4z4v_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z4rC 4z4sC 4z4tC 4z4uC 4z4wC 4z4yC 4z4zC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z4u-d 6gw1-d 4z4s-d 3q39-d 5bsy-d 3q6q-d 4z4t-d 5hzb-d 5hza-d 3q38-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.109, 78.823, 68.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.770, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 224 - 538 / Label seq-ID: 1 - 315

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質

Capsid protein

分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: Protruding domain, UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Norovirus GII.10 (ウイルス) / プラスミド: pMBP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5

#2: 化合物

ChemComp-NO3 / NITRATE ION

分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.984463 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.984463 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.799→43.05 Å / Num. obs: 62752 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 16.73

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.799-1.863	2.9	0.3816	3.02	1	95.1
				1
				1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.11 Å	43.08 Å
Translation	7.11 Å	43.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.8→43 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1794	3136	5 %
R_work	0.1483	59590	-
obs	0.1498	62726	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.15 Å² / B_iso mean: 25.3622 Å² / B_iso min: 8.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4736	0	47	625	5408
B_iso mean	-	-	30.95	34.61	-
残基数	-	-	-	-	619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4971
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.288	6805
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	762
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	900
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.147	1764

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2826	X-RAY DIFFRACTION	6.387	TORSIONAL
1	2	B	2826	X-RAY DIFFRACTION	6.387	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.799-1.8271	0.2805	129	0.2167	2446	2575	91
1.8271-1.857	0.2417	142	0.2025	2698	2840	99
1.857-1.889	0.2576	139	0.1937	2661	2800	99
1.889-1.9234	0.1949	143	0.1937	2726	2869	99
1.9234-1.9604	0.2417	143	0.1833	2704	2847	99
1.9604-2.0004	0.2272	142	0.181	2711	2853	99
2.0004-2.0439	0.2099	145	0.166	2740	2885	100
2.0439-2.0914	0.2327	143	0.1601	2721	2864	99
2.0914-2.1438	0.1932	142	0.1529	2695	2837	100
2.1438-2.2017	0.2274	143	0.1582	2726	2869	100
2.2017-2.2665	0.1887	144	0.1516	2731	2875	100
2.2665-2.3396	0.1581	143	0.1484	2717	2860	100
2.3396-2.4233	0.1861	144	0.1418	2726	2870	100
2.4233-2.5203	0.1815	141	0.1494	2697	2838	99
2.5203-2.635	0.2056	145	0.1517	2750	2895	99
2.635-2.7739	0.17	144	0.1586	2722	2866	99
2.7739-2.9476	0.1846	143	0.1518	2717	2860	99
2.9476-3.1751	0.1677	144	0.1522	2734	2878	99
3.1751-3.4945	0.1651	143	0.1432	2721	2864	99
3.4945-3.9999	0.1508	143	0.1326	2727	2870	99
3.9999-5.0382	0.1349	145	0.1096	2749	2894	99
5.0382-43.0675	0.1564	146	0.1343	2771	2917	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5749	-0.0806	-0.1327	1.0562	0.1957	1.8056	-0.0007	0.0499	0.047	-0.0643	0.0069	-0.0159	-0.1528	0.0402	-0.016	0.1616	-0.0101	-0.015	0.1479	0.0077	0.1465	8.5727	9.1619	11.7727
2	0.7246	0.0324	-0.141	1.0305	-0.1627	1.3888	-0.0271	0.0606	0.0583	-0.0663	0.0611	0.0472	-0.1209	-0.0284	-0.0338	0.1227	-0.0035	-0.0075	0.1119	0.0064	0.107	4.0131	8.5644	13.3224
3	3.9369	1.2785	-0.9529	1.5892	-0.6077	3.3061	-0.0909	0.1792	-0.1942	-0.2799	0.0653	-0.1407	0.1756	0.2581	0.0322	0.2751	0.002	0.0376	0.2181	-0.0377	0.1258	15.464	-3.7782	-9.1496
4	2.0193	0.64	0.1271	1.5763	-0.1575	0.7337	0.0478	-0.0219	-0.1306	0.0425	-0.0111	-0.1167	0.0946	0.0416	-0.0275	0.1433	0.0046	-0.0139	0.1206	0.0005	0.13	17.6656	-9.5772	22.6742
5	1.2513	-0.2869	0.2062	1.1471	-0.0653	0.7842	-0.015	-0.1387	-0.1449	0.1308	0.0494	-0.0551	0.0584	-0.0074	-0.0344	0.1352	-0.0034	-0.0069	0.1144	0.0145	0.1107	11.5582	-8.9124	29.6125
6	2.4918	0.1744	0.3888	1.5531	0.7864	2.459	0.0653	0.1761	-0.0996	-0.1184	0.1116	-0.559	-0.1934	0.3148	-0.1547	0.155	-0.0157	0.0373	0.2037	-0.0271	0.3071	36.4809	0.8541	20.0549

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 224 through 341 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 342 through 472 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 473 through 538 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 224 through 327 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 328 through 455 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 456 through 538 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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