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- PDB-4z45: Structure of OBP3 from the currant-lettuce aphid Nasonovia ribisnigri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z45
タイトルStructure of OBP3 from the currant-lettuce aphid Nasonovia ribisnigri
要素Odorant-binding protein NribOBP3
キーワードodorant binding protein
機能・相同性Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / Odorant-binding protein 3 / Odorant-binding protein NribOBP3
機能・相同性情報
生物種Nasonovia ribisnigri (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Northey, T. / Venthur, H. / De Biasio, F. / Chauviac, F.-X. / Cole, A.R. / Field, L.M. / Zhou, J.-J. / Keep, N.H.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L001683/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I024941/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures and Binding Dynamics of Odorant-Binding Protein 3 from two aphid species Megoura viciae and Nasonovia ribisnigri.
著者: Northey, T. / Venthur, H. / De Biasio, F. / Chauviac, F.X. / Cole, A. / Ribeiro, K.A. / Grossi, G. / Falabella, P. / Field, L.M. / Keep, N.H. / Zhou, J.J.
履歴
登録2015年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Odorant-binding protein NribOBP3
B: Odorant-binding protein NribOBP3
D: Odorant-binding protein NribOBP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9373
ポリマ－40,9373
非ポリマー00
水6,593366
1
A: Odorant-binding protein NribOBP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6461
ポリマ－13,6461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Odorant-binding protein NribOBP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6461
ポリマ－13,6461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Odorant-binding protein NribOBP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6461
ポリマ－13,6461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.250, 87.250, 95.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22D
13B
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 1161 - 116
21BB1 - 1161 - 116
12AA1 - 1181 - 118
22DC1 - 1181 - 118
13BB1 - 1161 - 116
23DC1 - 1161 - 116

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Odorant-binding protein NribOBP3


分子量: 13645.580 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nasonovia ribisnigri (昆虫) / 遺伝子: obp3 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: C5J8G4, UniProt: A0A0M4AUH6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M Sodium Citrate pH 5 10mM ZnCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→59.16 Å / Num. obs: 27953 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.02→59.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.211 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20743 1402 5 %RANDOM
Rwork0.16359 ---
obs0.16576 26520 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.37 Å2-0 Å2
3---1.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.02→59.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2767 0 0 366 3133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.022887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.022720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1161.9743917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9693.0026336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.465.053377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05526.581117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33215562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.3153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5321.6151435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5311.6131434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3532.3971795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3532.3991796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6781.9651452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6711.9611450
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1552.8152109
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.77714.5373842
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.44413.7543652
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A135520.09
12B135520.09
21A135400.11
22D135400.11
31B134580.11
32D134580.11
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 110 -
Rwork0.194 1946 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.31110.31530.19420.5678-0.10390.7217-0.0198-0.0115-0.0169-0.0679-0.01220.0146-0.0240.04720.03190.0668-0.0257-0.00610.0504-0.00430.052414.0365-22.49181.1202
20.97550.52570.06751.1179-0.12160.0349-0.0022-0.1064-0.0709-0.02120.0065-0.01520.0043-0.0209-0.00430.0604-0.02840.02490.0341-0.01960.0746-4.7174-45.22164.0318
31.49980.712-0.60411.0805-0.11770.28320.1684-0.15670.0640.1065-0.14440.033-0.050.0414-0.0240.126-0.07960.01660.06-0.01320.003936.0679-51.84110.9544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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